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- PDB-4bi5: CRYSTAL STRUCTURE OF A DOUBLE MUTANT (C202A AND C222D) OF TRIOSEP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bi5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A DOUBLE MUTANT (C202A AND C222D) OF TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE FROM GIARDIA LAMBLIA.
要素TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
キーワードISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / glycolytic process / gluconeogenesis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種GIARDIA INTESTINALIS (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Torres-Larios, A. / Enriquez-Flores, S. / Reyes-Vivas, H. / Oria-Hernandez, J. / Hernandez-Alcantara, G.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural and Functional Perturbation of Giardia Lamblia Triosephosphate Isomerase by Modification of a Non-Catalytic, Non-Conserved Region.
著者: Hernandez-Alcantara, G. / Torres-Larios, A. / Enriquez-Flores, S. / Garcia-Torres, I. / Castillo-Villanueva, A. / Mendez, S.T. / De La Mora-De La Mora, I. / Gomez-Manzo, S. / Torres-Arroyo, A. ...著者: Hernandez-Alcantara, G. / Torres-Larios, A. / Enriquez-Flores, S. / Garcia-Torres, I. / Castillo-Villanueva, A. / Mendez, S.T. / De La Mora-De La Mora, I. / Gomez-Manzo, S. / Torres-Arroyo, A. / Lopez-Velazquez, G. / Reyes-Vivas, H. / Oria-Hernandez, J.
履歴
登録2013年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2013年6月5日ID: 2YC8
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "FA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "GA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "HA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "IA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "JA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "KA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "LA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "MA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "PA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "QA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "RA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "SA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "TA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
B: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
C: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
D: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
E: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
F: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
G: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
H: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
I: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
J: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
K: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
L: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
M: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
N: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
O: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
P: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
Q: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
R: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
S: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
T: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)553,23520
ポリマ－553,23520
非ポリマー00
水00
1
O: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
P: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3242
ポリマ－55,3242
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-25.7 kcal/mol
Surface area19850 Å2
手法PISA
2
G: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
H: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3242
ポリマ－55,3242
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-24.3 kcal/mol
Surface area20190 Å2
手法PISA
3
E: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
F: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3242
ポリマ－55,3242
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-25.6 kcal/mol
Surface area20010 Å2
手法PISA
4
A: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
B: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3242
ポリマ－55,3242
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-24.6 kcal/mol
Surface area20060 Å2
手法PISA
5
K: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
L: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3242
ポリマ－55,3242
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-24.9 kcal/mol
Surface area20020 Å2
手法PISA
6
M: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
N: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3242
ポリマ－55,3242
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-25.1 kcal/mol
Surface area19900 Å2
手法PISA
7
I: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
J: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3242
ポリマ－55,3242
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-23.8 kcal/mol
Surface area20130 Å2
手法PISA
8
C: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
D: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3242
ポリマ－55,3242
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-22.4 kcal/mol
Surface area19850 Å2
手法PISA
9
S: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
T: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3242
ポリマ－55,3242
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-23.6 kcal/mol
Surface area20280 Å2
手法PISA
10
Q: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
R: TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3242
ポリマ－55,3242
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-23.8 kcal/mol
Surface area20460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.219, 131.566, 132.549
Angle α, β, γ (deg.)115.73, 89.81, 90.24
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9967, 0.0412, -0.0703), (0.0374, -0.5355, -0.8437), (-0.0724, -0.8435, 0.5322)62.5262, 82.0834, 48.0543
2given(-0.9996, -0.0227, 0.0175), (0.0256, -0.4307, 0.9021), (-0.0129, 0.9022, 0.4311)54.6026, -63.4444, 39.6248
3given(0.9976, -0.0673, -0.0139), (-0.0477, -0.5318, -0.8455), (0.0495, 0.8442, -0.5337)2.5215, 84.6498, 118.6562
4given(-0.9763, -0.1955, -0.0925), (0.183, -0.519, -0.8349), (0.1153, -0.8321, 0.5425)15.786, 81.1916, 9.6455
5given(0.9715, 0.2363, 0.018), (-0.2362, 0.9717, -0.0076), (-0.0193, 0.0031, 0.9998)49.477, 30.6287, -16.2743
6given(-0.9966, -0.047, 0.0673), (0.0318, 0.5354, 0.844), (-0.0757, 0.8433, -0.5321)7.5953, 4.1913, 39.8887
7given(1, 0.0051, 0.0014), (0.0052, -1, -0.0034), (0.0013, 0.0034, -1)52.4134, 46.4829, 65.0827
8given(0.9972, 0.0735, 0.0122), (-0.0495, 0.5309, 0.846), (0.0558, -0.8442, 0.5331)53.42, -67.8445, 13.4163
9given(-0.9997, 0.0135, -0.0182), (0.0222, 0.4312, -0.902), (-0.0043, -0.9021, -0.4314)5.6666, 109.2015, 108.4978
10given(0.9869, -0.0211, -0.1602), (-0.1471, -0.5276, -0.8367), (-0.0668, 0.8492, -0.5237)74.3345, 142.8006, 34.4168
11given(-0.9852, -0.0557, 0.1621), (0.1702, -0.4272, 0.888), (0.0198, 0.9024, 0.4304)-8.5246, -21.561, -58.8712
12given(0.9713, -0.237, -0.0173), (-0.2369, -0.9715, 0.0068), (-0.0184, -0.0025, -0.9998)-1.2407, 30.7759, 169.1742
13given(-0.9767, 0.1936, 0.0921), (0.1817, 0.5195, 0.835), (0.1139, 0.8323, -0.5426)52.5743, -76.6739, 113.186
14given(0.9868, 0.0327, 0.1589), (-0.1521, 0.5261, 0.8367), (-0.0562, -0.8498, 0.5241)-10.2487, -67.0078, 43.1329
15given(-0.9861, 0.0434, -0.1605), (0.1635, 0.4272, -0.8893), (0.0299, -0.9031, -0.4283)67.1628, 82.3976, 127.5987
16given(-0.9913, 0.1182, -0.0583), (-0.1205, -0.992, 0.0369), (-0.0535, 0.0436, 0.9976)62.3872, 12.8913, 7.0503
17given(0.9886, -0.1504, 0.0061), (0.0757, 0.4617, -0.8838), (0.1301, 0.8742, 0.4679)0.0524, 71.2304, 38.6018
18given(-0.991, -0.1238, 0.0499), (-0.1259, 0.9913, -0.0397), (-0.0445, -0.0456, -0.998)12.1271, -36.9207, 71.5452
19given(0.9875, 0.1576, -0.0056), (0.0783, -0.4589, 0.885), (0.1369, -0.8744, -0.4655)45.4513, 38.9502, 116.5613

-
要素

#1: タンパク質
TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE / TIM / TRIOSE-PHOSPHATE ISOMERASE


分子量: 27661.770 Da / 分子数: 20 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GIARDIA INTESTINALIS (真核生物) / 株: WB / プラスミド: PET3A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYS / 参照: UniProt: P36186, triose-phosphate isomerase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.05 M CESIUM CHLORIDE, 0.1 M MES MONOHYDRATE PH 6.5, 30% V/V JEFFAMINE M-600

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月5日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→79.01 Å / Num. obs: 147201 / % possible obs: 82 % / Observed criterion σ(I): 13 / 冗長度: 2.85 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 82

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASERFOR MR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DP3

2dp3


解像度: 2.7→78.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.424 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27232 7212 5 %RANDOM
Rwork0.23933 ---
obs0.24098 136985 82.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.108 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→78.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数38560 0 0 0 38560
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02239200
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9471.94952880
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.87355060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.2924.6911620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.4157040
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.03715220
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.26000
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02128920
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.7131.525060
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.295240100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.105314140
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.8184.512780
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 544 -
Rwork0.36 10467 -
obs--84.94 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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