PDB-4bi3: Structure and function of amidase toxin - antitoxin combinations ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bi3

タイトル

Structure and function of amidase toxin - antitoxin combinations associated with the type VI secretion system of Serratia marcescens.

要素

SSP1

キーワード

TOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) - #80 / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B - #80 / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / Type VI secretion system (T6SS), amidase effector protein 4 / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

SERRATIA MARCESCENS (霊菌)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Srikannathasan, V. / English, G. / Bui, N.K. / Trunk, K. / Rourke, P.E.F.O. / Rao, V.A. / Vollmer, W. / Coulthurst, S.J. / Hunter, W.N.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Type Vi Secreted Peptidoglycan Dl-Endopeptidase Function, Specificity and Neutralization in Serratia Marcescens
著者: Srikannathasan, V. / English, G. / Bui, N.K. / Trunk, K. / Rourke, P.E.F.O. / Rao, V.A. / Vollmer, W. / Coulthurst, S.J. / Hunter, W.N.

履歴

登録	2013年4月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月11日	Group: Database references
改定 1.2	2013年12月18日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bi3.cif.gz	138 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bi3.ent.gz	115.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bi3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/4bi3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/4bi3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zfiC 3zibC 4bi4C 4bi8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ej3-d 2irt-d 7e43-1 1z15-d 1fn0-3 7kyj-d 3d8d-3 2fia-d 3pp8-d 3sea-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SSP1

B: SSP1

ヘテロ分子

37 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.828, 65.260, 97.504
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SSP1 分子量: 18205.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SERRATIA MARCESCENS (霊菌) / 株: DB10 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: S4S1W1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.4 / 詳細: 0.2M POTASSIUM SULPHATE, 20% PEG3350, pH 6.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU (SATURN 944 HG) / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月29日
放射	モノクロメーター: CU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→48.75 Å / Num. obs: 31054 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 16 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 33.7
反射シェル	解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 10.2 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.85→54.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 5.061 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23685	1586	5 %	RANDOM
R_work	0.20732	-	-	-
obs	0.20881	29862	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.425 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.32 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→54.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2565	0	28	300	2893

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.02	2699
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.967	1.971	3650
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.046	5	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.695	24.071	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.805	15	468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.333	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	382
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	102	-
R_work	0.259	1911	-
obs	-	-	91.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2826	-0.7024	0.3323	1.2848	-0.9328	1.099	-0.0265	0.0101	-0.0465	0.0073	0.024	0.0535	-0.0443	0.0011	0.0025	0.0177	-0.0034	0.0109	0.0202	0.0024	0.0255	28.3953	9.1014	23.3597
2	4.6757	0.7358	-0.2543	0.9979	-0.8243	0.9496	-0.0449	-0.0012	0.2053	0.0144	0.1142	0.0491	-0.176	-0.1456	-0.0692	0.1076	0.0317	0.0276	0.0273	0.0067	0.0197	29.7095	16.2495	28.09
3	6.4411	-1.8781	-4.3738	1.4577	0.8544	5.8046	-0.0274	-0.3929	0.0793	0.0921	0.0508	-0.0382	-0.1814	0.154	-0.0234	0.0359	-0.0081	-0.0087	0.0602	0.0001	0.0032	49.3217	12.3273	28.3
4	1.2893	0.1654	-0.4245	0.3644	-0.064	1.5696	-0.026	-0.0191	-0.1051	0.0092	-0.0112	-0.0198	-0.0102	0.0971	0.0372	0.023	0.0067	0.0171	0.0234	0.0165	0.0331	44.8141	6.3764	22.0733
5	1.0144	-0.1202	0.0438	2.4365	-0.3293	0.8614	0.0092	0.0146	-0.0022	0.0112	-0.0196	0.0392	0.0535	-0.0346	0.0105	0.0175	-0.0033	0.0142	0.0314	0.0036	0.0141	53.8499	9.5363	6.5576
6	0.573	0.0707	0.0901	0.5408	-0.1489	0.8355	0.0017	-0.0253	0.0499	0.0051	0.0234	-0.0096	-0.0974	0.0215	-0.0251	0.0278	-0.0042	0.0064	0.0356	-0.0052	0.0391	64.3689	15.3494	3.4913
7	2.3502	0.4228	3.2634	3.7181	3.5157	7.6277	0.1884	0.0862	-0.1571	0.2434	-0.0108	-0.2416	0.3427	0.1849	-0.1776	0.0434	0.0063	-0.0473	0.0306	0.0215	0.0811	67.448	-5.5554	-0.6645
8	1.0694	0.1712	-0.2878	1.0877	-0.2654	2.0091	-0.0242	0.084	-0.0803	-0.0375	0.0151	0.0552	0.1115	-0.0197	0.0091	0.0343	-0.0018	-0.0032	0.0175	-0.018	0.0263	58.4718	-1.7386	-2.3666

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	72 - 93
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	94 - 111
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	112 - 163
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 33
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	34 - 93
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	94 - 111
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	112 - 163

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