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- PDB-4bhh: Crystal structure of tetramer of La Crosse virus nucleoprotein in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bhh
タイトルCrystal structure of tetramer of La Crosse virus nucleoprotein in complex with ssRNA
要素
  • NUCLEOPROTEIN
  • POLY-URIDINE 45-MER
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA / VIRAL PROTEIN-RNA COMPLEX / RNA-BINDING / GENOME PACKAGING
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral nucleocapsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Bunyavirus nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain / Poly(ADP-ribose) Polymerase; domain 1 - #20 / Bunyavirus nucleocapsid (N) protein / Bunyavirus nucleocapsid (N) , C-terminal domain / Bunyavirus nucleocapsid (N) , N-terminal domain / Bunyavirus nucleocapsid (N) protein / Poly(ADP-ribose) Polymerase; domain 1 / Cyclin A; domain 1 / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種LA CROSSE VIRUS (ウイルス)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Reguera, J. / Malet, H. / Weber, F. / Cusack, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Encapsidation of Genomic RNA by La Crosse Orthobunyavirus Nucleoprotein.
著者: Reguera, J. / Malet, H. / Weber, F. / Cusack, S.
履歴
登録2013年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: NUCLEOPROTEIN
D: NUCLEOPROTEIN
F: NUCLEOPROTEIN
R: POLY-URIDINE 45-MER
Z: NUCLEOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,2145
ポリマ－120,2145
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18840 Å2
ΔGint-175.7 kcal/mol
Surface area46220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.950, 86.460, 90.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21F
12D
22Z
13B
23F
14D
24Z

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROLEULEUBA19 - 21220 - 213
21PROPROLEULEUFC19 - 21220 - 213
12PROPROLEULEUDB19 - 21220 - 213
22PROPROLEULEUZE19 - 21220 - 213
13ASPASPGLYGLYBA221 - 231222 - 232
23ASPASPGLYGLYFC221 - 231222 - 232
14ASPASPGLYGLYDB221 - 231222 - 232
24ASPASPGLYGLYZE221 - 231222 - 232

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999566, 0.004473, -0.029106), (-0.006917, 0.925079, 0.379712), (0.028624, 0.379748, -0.924647)-34.99912, 6.35817, -24.62289
2given(-0.998958, 0.033076, -0.031438), (0.012472, 0.860589, 0.509148), (0.043895, 0.508225, -0.860105)-34.62398, 4.22588, -23.98873
3given(-0.996873, 0.045714, 0.064448), (0.072349, 0.855987, 0.511911), (-0.031765, 0.514973, -0.856618)-32.2072, 11.56417, -23.61895
4given(-0.99606, -0.071507, -0.052459), (-0.0868, 0.907372, 0.411268), (0.018192, 0.414201, -0.910004)-37.33685, 3.92409, -23.55891

-
要素

#1: タンパク質
NUCLEOPROTEIN / NUCLEOCAPSID PROTEIN / PROTEIN N


分子量: 26620.275 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LA CROSSE VIRUS (ウイルス) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04873
#2: RNA鎖 POLY-URIDINE 45-MER


分子量: 13732.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
配列の詳細EXTRA G AT N-TERMINUS AFTER HIS-TAG CLEAVAGE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 9
詳細: 0.1 M BICINE PH 9 AND 10% PEG 5K MME PROTEIN:RNA RATIO 4:1.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 18433 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 6.89
反射 シェル解像度: 3.4→3.5 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BGP

4bgp


解像度: 3.4→44.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 33.466 / SU ML: 0.502 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.621 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25213 867 5.1 %RANDOM
Rwork0.19827 ---
obs0.20098 16130 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 83.212 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.05 Å20 Å21.55 Å2
2---5.29 Å20 Å2
3---10.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→44.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7282 877 0 0 8159
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0198424
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.027485
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.121.86711564
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.864317293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3865903
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.06524.239368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.572151283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8481544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0218917
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021959
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11B30808.64
12F30808.64
21D30809.4
22Z30809.4
31B17510.91
32F17510.91
41D17521.7
42Z17521.7
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 63 -
Rwork0.324 1197 -
obs--99.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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