PDB-4bgu: 1.50 A resolution structure of the malate dehydrogenase from Halo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bgu

タイトル

1.50 A resolution structure of the malate dehydrogenase from Haloferax volcanii

要素

MALATE DEHYDROGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / TRICARBOXYLIC ACID CYCLE

機能・相同性

機能・相同性情報

malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / tricarboxylic acid cycle
類似検索 - 分子機能

生物種

HALOFERAX VOLCANII (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.487 Å

データ登録者

Talon, R. / Madern, D. / Girard, E.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Insight Into Structural Evolution of Extremophilic Proteins
著者: Talon, R. / Girard, E. / Franzetti, B. / Zaccai, G. / Madern, D.

履歴

登録	2013年3月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bgu.cif.gz	524.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bgu.ent.gz	430.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bgu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4bgu_validation.pdf.gz	964.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bgu_full_validation.pdf.gz	981.8 KB	表示
XML形式データ	4bgu_validation.xml.gz	67.6 KB	表示
CIF形式データ	4bgu_validation.cif.gz	103 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/4bgu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/4bgu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4bgvC 4cl3 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2j5q-d 1o6z-d 2j5r-d 2hlp-1 4plv-d 1d3a-1 4jco-d 2j5k-d 4plw-d 7bya-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (6) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (7) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (6)

登録構造単位

A: MALATE DEHYDROGENASE

B: MALATE DEHYDROGENASE

C: MALATE DEHYDROGENASE

D: MALATE DEHYDROGENASE

ヘテロ分子

136 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.760, 82.319, 112.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.72, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-1330- CL

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	MALATE DEHYDROGENASE 分子量: 32551.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成詳細: COMPLETE GENE WAS SYNTHESIZED BY GENECUST EUROPE COMPANY 由来: (合成) HALOFERAX VOLCANII (古細菌) / 参照: UniProt: Q9P9L2, malate dehydrogenase

-
非ポリマー , 8種, 1918分子

#2: 化合物	... ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₃₀O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1814 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	DUE TO THE PROTEIN PRODUCTION PROTOCOL, EACH MONOMER WERE FOUND DELETED OF THEIR N-TERMINAL METHIONINE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / pH: 8 詳細: 31-36% PEG 400, 0.1 M TRIS HCL PH 8.0, 0.1 M MGCL2, 293 K, 2-4 DAYS

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月23日 / 詳細: TWO MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTALS MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→48.34 Å / Num. obs: 205562 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 12.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.6
反射シェル	解像度: 1.49→1.58 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS	10-05-2010	データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.487→48.479 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.47 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE PROTEIN WERE FOUND IN ITS NATIVE HOMOTETRAMERIC STATE INSIDE THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1788	10263	5 %
R_work	0.1558	-	-
obs	0.1569	205541	97.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.487→48.479 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9152	0	211	1814	11177

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	9705
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.303	13201
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.582	3652
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	1477
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1784

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4866-1.5035	0.2498	93	0.2214	1991	X-RAY DIFFRACTION	30
1.5035-1.5212	0.2117	318	0.2038	6102	X-RAY DIFFRACTION	92
1.5212-1.5397	0.2304	351	0.1954	6664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5397-1.5592	0.2096	353	0.1852	6695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5592-1.5797	0.2171	348	0.1904	6619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5797-1.6014	0.2206	349	0.1873	6657	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6014-1.6242	0.205	352	0.1781	6689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6242-1.6485	0.1852	349	0.1783	6625	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6485-1.6742	0.2167	350	0.1758	6663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6742-1.7017	0.2026	353	0.1715	6682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7017-1.731	0.1916	349	0.1694	6653	X-RAY DIFFRACTION	100
1.731-1.7625	0.1896	353	0.1695	6706	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7625-1.7964	0.1952	350	0.1726	6646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7964-1.8331	0.1974	349	0.1688	6631	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8331-1.8729	0.1855	351	0.1635	6671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8729-1.9165	0.192	352	0.1633	6693	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9165-1.9644	0.1896	353	0.1603	6692	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9644-2.0176	0.1666	351	0.158	6675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0176-2.0769	0.189	350	0.157	6642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0769-2.144	0.1783	349	0.1507	6647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.144-2.2206	0.1813	352	0.1465	6686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2206-2.3095	0.1817	352	0.1513	6692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3095-2.4146	0.1773	354	0.1517	6697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4146-2.5419	0.1778	352	0.1507	6697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5419-2.7012	0.1672	353	0.1506	6706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7012-2.9097	0.17	352	0.154	6702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9097-3.2025	0.1857	353	0.1491	6709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2025-3.6657	0.1529	355	0.1359	6738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6657-4.6178	0.1315	355	0.1251	6760	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6178-48.5046	0.1933	362	0.1664	6848	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4943	0.0645	-0.1803	1.0635	-0.0957	2.1011	-0.0177	-0.0828	-0.0722	0.1013	-0.0154	-0.1259	0.0444	0.2079	0.0183	0.0586	0.0021	-0.0038	0.0891	0.0058	0.0799	29.1085	16.0978	42.4723
2	2.8391	0.6418	0.2072	0.6474	-0.6284	2.6092	0.0141	-0.2453	-0.187	0.052	0.0009	-0.1512	0.071	0.1626	-0.0106	0.077	0.0217	-0.0177	0.1293	0.0158	0.0782	23.2135	9.1511	58.1047
3	1.3281	0.2738	0.5028	0.3816	0.2286	1.6926	-0.0093	-0.046	-0.1727	0.0138	0.0425	0.0057	0.1204	-0.0156	-0.0403	0.0821	0.0076	0.0176	0.0405	0.0146	0.0787	4.4822	-0.4533	40.4918
4	1.8329	1.252	-0.2188	2.1687	-0.647	2.0117	0.0302	-0.1197	-0.8591	0.0197	-0.032	-0.0622	0.3696	0.0496	0.0244	0.2092	0.0233	-0.0093	0.0908	0.0192	0.2034	10.8638	-10.3589	40.1269
5	1.1111	0.03	-0.226	0.7016	0.0187	0.6561	-0.0177	-0.1283	-0.036	0.0775	0.0044	0.0189	0.006	0.0372	0.0104	0.0586	0.0094	-0.0056	0.0689	0.0135	0.0453	10.6935	10.5697	50.1447
6	5.2407	0.417	2.2685	2.5073	-0.8181	3.5272	0.1126	-0.4501	-0.4408	0.0895	0.0203	0.1685	0.4023	-0.3413	-0.1333	0.1654	-0.0097	0.0397	0.1182	0.0464	0.1534	3.0284	-4.0111	57.0535
7	2.1428	-2.6288	1.358	4.3372	0.2882	4.2991	-0.1488	-0.4765	-0.3935	0.4997	-0.0181	-0.2809	0.3945	0.3502	0.0144	0.1979	0.0727	-0.0121	0.2955	0.1015	0.1507	18.7018	-1.4442	66.3226
8	1.0304	0.0712	-0.5601	1.1297	0.0676	1.6403	-0.0906	0.1281	-0.2283	-0.0356	0.0066	-0.1266	0.1936	0.0732	0.0581	0.0828	0.0102	0.0237	0.0981	-0.0244	0.1079	21.5185	0.4168	24.338
9	6.7242	2.2934	0.2452	3.9882	1.1425	2.5577	0.1252	0.2189	-0.683	0.1239	-0.005	-0.5925	0.3448	0.2728	-0.1357	0.1978	0.0573	0.0513	0.2079	-0.0398	0.2383	38.1278	-1.1318	13.089
10	1.461	-0.6835	-0.956	3.2249	-1.1349	1.5496	-0.1547	0.2088	-0.0859	-0.3573	0.0198	0.0651	0.2823	-0.1396	0.1164	0.1688	-0.0031	0.0659	0.1771	-0.064	0.1031	24.8911	3.0908	10.9559
11	0.608	0.2098	-0.0582	1.1502	0.3889	0.6829	-0.016	0.1189	-0.0126	-0.0566	0.0178	-0.0817	0.0102	0.1177	-0.0044	0.0573	0.0004	0.0192	0.1413	0.0009	0.087	33.2713	21.1401	17.5902
12	1.0432	1.5686	-1.0963	3.3976	-2.6964	3.0297	-0.0485	-0.189	-0.1027	0.1444	-0.2435	-0.6653	-0.0974	0.365	0.2841	0.0973	-0.0047	0.0106	0.1968	0.0095	0.1936	43.938	23.7743	27.9695
13	0.4625	0.0428	0.2676	0.8214	-0.1085	0.1777	-0.0482	0.1775	-0.0428	-0.119	0.0055	-0.0549	-0.0108	0.12	0.0534	0.0776	0.0006	0.0276	0.165	-0.0095	0.0867	27.9005	15.8581	13.902
14	1.2762	-0.5919	-0.3719	1.1758	0.4585	1.2529	-0.0372	0.3106	0.0815	-0.2175	0.1176	-0.2907	-0.0859	0.2269	-0.0971	0.1388	-0.0225	0.056	0.268	-0.0085	0.1684	38.3932	19.7725	6.7377
15	1.4413	0.5845	0.0736	1.9284	0.2888	1.1895	-0.0085	-0.0124	0.2109	0.1014	-0.0303	0.1224	-0.1352	-0.0485	0.0256	0.0725	-0.0055	0.0001	0.0572	0.0015	0.0711	-2.7813	37.1273	36.0476
16	2.016	0.2857	-0.8186	2.3208	-0.0268	1.9312	0.0001	0.0283	0.2872	-0.0602	-0.0256	0.1852	-0.2347	-0.1192	0.023	0.1371	-0.0126	-0.0295	0.0621	-0.0167	0.1638	6.0252	52.8636	34.9049
17	1.2512	0.0669	-0.3927	0.8155	0.5348	1.3234	-0.031	0.14	0.1162	-0.0857	0.0118	-0.1399	-0.1072	0.0853	0.0134	0.0913	-0.0295	0.0029	0.109	0.0465	0.1014	16.5857	39.1436	13.6575
18	1.6094	1.5196	-1.2086	1.5046	-0.8787	2.0086	-0.016	0.5486	0.4527	-0.1936	0.0926	0.0171	-0.15	-0.0485	-0.0845	0.1679	-0.0236	0.0007	0.1819	0.0696	0.1473	8.5164	44.4692	6.6122
19	1.2062	0.0403	-0.0921	0.8825	-0.1548	0.9018	-0.0013	-0.0306	0.1466	0.0557	-0.0057	-0.1388	-0.1468	0.1726	0.0052	0.0957	-0.0284	0.0031	0.0812	0.0086	0.1039	15.858	43.1212	29.0384
20	1.329	-0.0865	-0.1495	1.2037	0.2425	0.8318	0.1203	0.2765	0.3678	-0.441	-0.0192	-0.4218	-0.3842	0.1893	-0.0675	0.3019	-0.0804	0.0554	0.184	0.0745	0.2831	22.1412	54.493	16.8752
21	0.8101	-1.0953	0.047	4.3472	-0.9209	7.0142	0.1886	0.1435	0.5991	-0.2596	0.1842	0.0388	-0.5744	-0.3162	-0.3683	0.2929	-0.0535	-0.0001	0.1179	0.0395	0.2909	10.8232	63.9683	27.4361
22	0.9424	0.7443	0.1828	1.6237	0.3171	1.2398	-0.0677	0.2088	0.1291	-0.0947	0.0458	0.1639	-0.0458	-0.0768	0.0054	0.0717	-0.0081	0.0008	0.1088	0.0231	0.0636	-3.6453	27.7707	12.6814
23	1.9457	1.3611	-0.563	2.4018	-0.4247	2.4199	0.0623	0.4319	0.4155	-0.2026	0.0711	0.5136	-0.3262	-0.434	-0.1202	0.1383	-0.0238	-0.051	0.2266	0.0496	0.2029	-22.5546	21.9923	11.4442
24	1.7139	-0.0588	0.5331	2.1951	-2.4888	3.7856	-0.1578	0.1809	-0.0772	-0.2798	0.0669	0.0698	0.3154	0.1544	0.09	0.0796	-0.0614	-0.014	0.1307	-0.01	0.0769	-10.6947	16.6475	10.8867
25	0.6787	0.203	0.3339	0.5002	0.0424	1.7374	-0.0072	0.0014	-0.0146	-0.0039	0.0108	0.0554	0.0549	-0.0636	-0.0059	0.0422	-0.008	0.0096	0.0483	0.0042	0.0613	-13.0607	14.4358	31.2938
26	0.9961	1.6881	-1.1107	3.6789	-2.1138	2.2871	0.1176	-0.0621	0.1771	0.3116	0.1304	0.4838	-0.2578	-0.2372	-0.2347	0.0829	0.0088	0.0212	0.1301	-0.0035	0.1182	-19.4475	23.7162	41.0433
27	0.6868	0.0277	-0.1687	1.2241	-0.1048	0.7029	-0.0478	0.0903	-0.0503	-0.0159	0.0448	0.0345	0.1093	-0.0214	0.0031	0.0642	-0.0148	-0.0033	0.0759	0.0044	0.0334	-9.9538	12.6783	23.4066
28	1.6005	-0.06	-0.1881	1.3896	-0.4988	1.8157	-0.0403	0.0156	-0.0525	-0.0087	0.0651	0.2016	0.1075	-0.2424	-0.0227	0.0936	-0.0482	0.0025	0.096	-0.0269	0.1115	-21.9951	6.7695	26.5717

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 2:84)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 85:143)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 144:196)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 197:218)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 219:279)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 280:296)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 297:304)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 2:84)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 85:109)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 110:121)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 122:196)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 197:218)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 219:270)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 271:304)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN C AND RESID 2:84)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN C AND RESID 85:143)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN C AND RESID 144:196)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN C AND RESID 197:218)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN C AND RESID 219:279)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN C AND RESID 280:296)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN C AND RESID 297:304)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN D AND RESID 2:84)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN D AND RESID 85:109)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN D AND RESID 110:121)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(CHAIN D AND RESID 122:196)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(CHAIN D AND RESID 197:218)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(CHAIN D AND RESID 219:270)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(CHAIN D AND RESID 271:304)

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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