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- PDB-4bge: Crystal structure of InhA(S94A) mutant in complex with pyridomycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bge
タイトルCrystal structure of InhA(S94A) mutant in complex with pyridomycin
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyridomycin / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Pojer, F. / Hartkoorn, R.C. / Cole, S.T.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2014
タイトル: Pyridomycin bridges the NADH- and substrate-binding pockets of the enoyl reductase InhA.
著者: Hartkoorn, R.C. / Pojer, F. / Read, J.A. / Gingell, H. / Neres, J. / Horlacher, O.P. / Altmann, K.H. / Cole, S.T.
履歴
登録2013年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32018年11月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.42019年10月16日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / reflns / reflns_shell
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,47612
ポリマ－171,2336
非ポリマー3,2436
水13,097727
1
C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,3178
ポリマ－114,1554
非ポリマー2,1624
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_545x+1/2,y-1/2,z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17850 Å2
ΔGint-116.1 kcal/mol
Surface area35420 Å2
手法PISA
2
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,3178
ポリマ－114,1554
非ポリマー2,1624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1,y,-z-11
Buried area18360 Å2
ΔGint-118.9 kcal/mol
Surface area35550 Å2
手法PISA
3
C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,3178
ポリマ－114,1554
非ポリマー2,1624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_455x-1/2,y+1/2,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)100.601, 83.049, 190.682
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-ACP reductase / FAS-II enoyl-ACP reductase / NADH-dependent 2-trans-enoyl-ACP reductase


分子量: 28538.781 Da / 分子数: 6 / 変異: S94A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: inhA, Rv1484, MTCY277.05 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WGR1, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物
ChemComp-PYW / Pyridomycin


分子量: 540.565 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H32N4O8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 727 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.93 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器日付: 2012年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 140935 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 31.05 Å2 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.25→2.38 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rrim(I) all: 0.592 / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DTI

4dti


解像度: 2.25→47.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8173 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7606 / SU R Cruickshank DPI: 0.395 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.399 / SU Rfree Blow DPI: 0.256 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.258
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2778 3722 5.03 %RANDOM
Rwork0.2398 ---
obs0.2417 73988 99.42 %-
原子変位パラメータBiso mean: 33.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6731 Å20 Å20.0878 Å2
2---0.3113 Å20 Å2
3---0.9844 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.487 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→47.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11651 0 234 727 12612
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00812122HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0516472HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4134SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes267HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1896HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12122HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.28
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.84
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1617SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14004SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4479 255 4.86 %
Rwork0.3743 4997 -
all0.3777 5252 -
obs--99.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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