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- PDB-4bfl: Structure of natively expressed catalase HPII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bfl
タイトルStructure of natively expressed catalase HPII
要素CATALASE HPII
キーワードOXIDOREDUCTASE / NATIVE EXPRESSION / WILD TYPE
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase / catalase activity / hyperosmotic response / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / iron ion binding / heme binding / DNA damage response / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catalase, four-helical domain / C-terminal domain found in long catalases / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Large catalase, C-terminal domain / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. ...Catalase, four-helical domain / C-terminal domain found in long catalases / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2 / Large catalase, C-terminal domain / Catalase, mono-functional, haem-containing, clade 2, helical domain / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Catalase HPII
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Gabrielsen, M. / Schuttelkopf, A.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Accidents Happen: Crystallisation of Catalase from a Mixed Protein Solution
著者: Gabrielsen, M. / Schuttelkopf, A.W. / Akpunarlieva, S.N.
履歴
登録2013年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月17日Group: Atomic model
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CATALASE HPII
B: CATALASE HPII
C: CATALASE HPII
D: CATALASE HPII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,73811
ポリマ－337,0864
非ポリマー2,6527
水35,5621974
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area64450 Å2
ΔGint-274.4 kcal/mol
Surface area79760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.402, 171.669, 123.209
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.991765, -0.121859, -0.039405), (-0.120732, 0.786921, 0.605128), (-0.042731, 0.604902, -0.795153)-16.2801, -22.3958, 62.969
2given(0.877782, -0.033487, 0.477888), (-0.033272, -0.999407, -0.008919), (0.477903, -0.008071, -0.878376)-15.6955, -32.9169, 59.3719
3given(-0.887444, 0.153769, -0.434509), (0.155241, -0.787911, -0.5959), (-0.433986, -0.596281, 0.675356)0.7793, -10.5265, -3.5574

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要素

#1: タンパク質
CATALASE HPII / HYDROXYPEROXIDASE II


分子量: 84271.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: PLYSS / 株: BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21179, catalase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1974 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.97 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 10 % PEG 20000, 20% PEG 500MME, 30 MM SODIUM NITRATE, 30 MM DISODIUM HYDROGENPHOSPHATE, 30 MM AMMONIUM SULFATE, AND 100 MM MES/IMIDAZOLE PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→48.95 Å / Num. obs: 290359 / % possible obs: 81.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 18.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.64→1.73 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 35.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CF9

1cf9


解像度: 1.64→48.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9381 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9215 / SU R Cruickshank DPI: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.113 / SU Rfree Blow DPI: 0.105 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.106
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=HEM. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=25521. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=168. ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=HEM. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=25521. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=168. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=4.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 14725 5.07 %RANDOM
Rwork0.1743 ---
obs0.1757 290359 80.85 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.2108 Å20 Å2-2.9753 Å2
2--7.0711 Å20 Å2
3----1.8603 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→48.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23400 0 184 1974 25558
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00924399HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0133251HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8233SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes648HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3603HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it24399HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.62
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3086SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact30227SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.68 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2707 380 4.82 %
Rwork0.2479 7505 -
all0.249 7885 -
obs--80.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.11620.0584-0.17180.4073-0.19580.8460.01720.01230.00440.2482-0.00250.113-0.1503-0.1622-0.01470.34860.02440.10410.0692-0.00520.0304-24.925-13.62254.114
20.12740.0634-0.17480.5902-0.20430.79430.0397-0.01470.0056-0.0319-0.0802-0.146-0.23860.17640.04050.2617-0.04330.04580.08660.0280.03477.992.64212.782
30.12780.0451-0.17910.5139-0.14110.8672-0.02690.0619-0.0142-0.2182-0.01080.01490.0613-0.13150.03780.26110.00260.03110.0728-0.01180.0004-11.251-19.0240.044
40.13980.0247-0.16550.4768-0.19680.8829-0.0591-0.0593-0.05670.1846-0.0618-0.06180.1720.16240.12090.32390.02510.05430.07230.03680.029-2.792-36.68951.643
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESSEQ 10-753
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND RESSEQ 9-753
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C AND RESSEQ 11-753
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D AND RESSEQ 19-753

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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