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- PDB-4bew: SERCA bound to phosphate analogue -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bew
タイトルSERCA bound to phosphate analogue
要素SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1
キーワードHYDROLASE / P-TYPE ATPASE / CALCIUM TRANSPORT / ION TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / H zone / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / regulation of striated muscle contraction / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity ...positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / H zone / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / regulation of striated muscle contraction / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity / I band / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / sarcoplasmic reticulum membrane / sarcoplasmic reticulum / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus ...Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ACETATE ION / Chem-CZA / : / TRIFLUOROMAGNESATE / : / Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Drachmann, N.D. / Mattle, D. / Laursen, M. / Bublitz, M. / Olesen, C. / Moeller, J.V. / Nissen, P. / Morth, J.P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Serca Bound to Phosphate Analogue
著者: Mattle, D. / Drachmann, N.D. / Liu, X.Y. / Gourdon, P. / Pedersen, B.P. / Morth, P. / Wang, J. / Nissen, P.
履歴
登録2013年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1
B: SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,69519
ポリマ－219,3212
非ポリマー2,37417
水8,413467
1
A: SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,87510
ポリマ－109,6611
非ポリマー1,2149
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,8209
ポリマ－109,6611
非ポリマー1,1598
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.430, 108.870, 274.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 SARCOPLASMIC/ENDOPLASMIC RETICULUM CALCIUM ATPASE 1 / SERCA1 / SR CA(2+)-ATPASE 1 / CALCIUM PUMP 1 / CALCIUM-TRANSPORTING ATPASE SARCOPLASMIC RETICULUM ...SERCA1 / SR CA(2+)-ATPASE 1 / CALCIUM PUMP 1 / CALCIUM-TRANSPORTING ATPASE SARCOPLASMIC RETICULUM TYPE / FAST TWITCH SKELETAL MUSCLE ISOFORM / ENDOPLASMIC RETICULUM CLASS 1/2 CA(2+) ATPASE


分子量: 109660.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ORYCTOLAGUS CUNICULUS (ウサギ) / 組織: FAST TWITCH SKELETAL MUSCLE / 参照: UniProt: P04191, EC: 3.6.3.8

-
非ポリマー , 8種, 484分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-CZA / (6AR,11AS,11BR)-10-ACETYL-9-HYDROXY-7,7-DIMETHYL-2,6,6A,7,11A,11B-HEXAHYDRO-11H-PYRROLO[1',2':2,3]ISOINDOLO[4,5,6-CD]INDOL-11-ONE


分子量: 336.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20N2O3
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#7: 化合物 ChemComp-MGF / TRIFLUOROMAGNESATE / トリフルオロマグネサ-ト


分子量: 81.300 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: F3Mg
#8: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 467 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.38 % / 解説: NONE
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 14% PEG 6000, 6% 2-METHYL-2,4- PENTANE DIOL, 70MM SODIUM ACETATE, 10MM MANGANESE CHLORIDE, 3MM ZWITTERGENT 3-12 , PH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 103185 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 52.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.58 / Net I/σ(I): 13.89
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.71 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2O9J

2o9j


解像度: 2.5→45.972 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2074 3075 3 %
Rwork0.1687 --
obs0.1698 103173 97.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.972 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15340 0 143 467 15950
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00815768
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16221408
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6495908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0772470
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052728
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.5390.30351430.26434556X-RAY DIFFRACTION99
2.539-2.58070.28851110.24194570X-RAY DIFFRACTION99
2.5807-2.62510.28031540.23084494X-RAY DIFFRACTION98
2.6251-2.67290.26621310.21144596X-RAY DIFFRACTION99
2.6729-2.72430.24551420.20114537X-RAY DIFFRACTION99
2.7243-2.77990.20441390.18184604X-RAY DIFFRACTION100
2.7799-2.84030.24181450.17774557X-RAY DIFFRACTION99
2.8403-2.90640.23651360.17664533X-RAY DIFFRACTION98
2.9064-2.97910.1991440.16944595X-RAY DIFFRACTION99
2.9791-3.05960.22491430.17774543X-RAY DIFFRACTION99
3.0596-3.14960.21731400.17274575X-RAY DIFFRACTION99
3.1496-3.25120.21881450.17214608X-RAY DIFFRACTION99
3.2512-3.36740.24571380.17474570X-RAY DIFFRACTION99
3.3674-3.50220.21811390.1724609X-RAY DIFFRACTION98
3.5022-3.66150.21541410.17244525X-RAY DIFFRACTION98
3.6615-3.85450.20211400.16354516X-RAY DIFFRACTION97
3.8545-4.09580.17951380.15194557X-RAY DIFFRACTION97
4.0958-4.41180.17071410.13914552X-RAY DIFFRACTION97
4.4118-4.85540.17671360.13814543X-RAY DIFFRACTION96
4.8554-5.55690.17371440.1614497X-RAY DIFFRACTION95
5.5569-6.99710.22711410.19294492X-RAY DIFFRACTION94
6.9971-45.97950.19721440.15884469X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.15460.12230.07443.3986-0.55471.66680.0419-0.0421-0.2936-0.0655-0.13180.29840.1304-0.08140.07770.2648-0.02440.00450.25380.01260.409538.499334.429958.8682
2-0.2625-0.4314-0.60630.1455-0.06531.28050.33640.6473-0.0402-0.9982-0.2684-0.01660.1161-0.6385-0.02441.53570.2051-0.09951.36370.10880.598236.516155.925111.2734
32.12150.45940.38742.89090.06832.95070.0810.22270.4589-0.3187-0.07010.1455-0.3715-0.14290.07860.36390.0203-0.02720.28550.06520.388947.756762.41246.0814
42.3049-0.28940.22991.48220.00192.6171-0.0045-0.2253-0.04070.15220.0957-0.14650.08060.0403-0.06490.23840.0043-0.01610.20720.00150.338569.066548.91170.8974
50.9370.16070.19270.48250.5160.04980.07140.71270.1734-1.3075-0.1136-0.1715-0.8775-0.39770.23852.41260.29730.04581.34080.27090.756446.330174.20060.5963
62.8634-0.9647-0.42962.77390.04171.72230.03990.2529-0.0273-0.20740.09330.4878-0.1297-0.2594-0.09770.2670.0326-0.08440.33790.02740.4555-19.926222.089249.4644
70.1981-0.2854-1.387-0.6281.1192.05540.20480.4890.358-0.39460.21220.0582-0.6486-0.4152-0.24771.1601-0.0380.07351.06410.04020.53739.550517.57456.746
82.5351-0.5453-0.27272.0186-0.38252.5484-0.04210.22360.0795-0.2067-0.0656-0.25140.03310.30070.10440.30080.0205-0.02140.38750.00370.30979.659312.128143.0045
92.90450.0469-0.6511.63-0.43132.2989-0.0849-0.2981-0.3737-0.00240.04310.13310.21510.28820.08770.27120.0499-0.01960.40830.05530.4376-6.5562-5.627168.8925
100.03270.0202-0.8212-0.2042-0.6132.0972-0.18380.05790.0036-0.314-0.0752-0.12150.49720.76650.29791.22280.06220.16931.33040.01950.583729.72426.92120.8996
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1:43 OR RESID 123:228)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 44:122 OR RESID 229:329)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 330:359 OR RESID 605:745)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESID 360:604
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND RESID 746:994
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 1:43 OR RESID 123:228)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 44:122 OR RESID 229:329)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 330:359 OR RESID 605:745)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND RESID 360:604
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND RESID 746:994

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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