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万見
- PDB-4be0: PFV intasome with inhibitor XZ-115 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4be0
タイトルPFV intasome with inhibitor XZ-115
要素
  • 17 NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (TRANSFERRED STRAND)
  • 19 NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (NON-TRANSFERRED STRAND)
  • PFV INTEGRASE
キーワードTRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE-DNA COMPLEX / DNA INTEGRATION / ENDONUCLEASE / METAL-BINDING / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / NUCLEASE / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / NUCLEUS / TRANSFERASE / VIRAL NUCLEOPROTEIN / VIRION / DNA-BINDING / ZINC BINDING / HHCC MOTIF / VIRAL PROTEIN / RECOMBINATION / INHIBITOR / RECOMBINATION-INHIBITOR-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / DNA integration / virion component / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity ...ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / DNA integration / virion component / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / proteolysis / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #110 / Endonuclease III; domain 1 - #70 / Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / : / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #110 / Endonuclease III; domain 1 - #70 / Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / : / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / Endonuclease III; domain 1 / SH3 type barrels. - #140 / Helix non-globular / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Special / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / SH3 type barrels. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Roll / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BF3 / DNA / DNA (> 10) / Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN SPUMARETROVIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Hare, S. / Cherepanov, P.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Activities, Crystal Structures and Molecular Dynamics of Dihydro-1H-Isoindole Derivatives, Inhibitors of HIV-1 Integrase.
著者: Metifiot, M. / Maddali, K. / Johnson, B.C. / Hare, S. / Smith, S.J. / Zhao, X.Z. / Marchand, C. / Burke, T.R. / Hughes, S.H. / Cherepanov, P. / Pommier, Y.
履歴
登録2012年10月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Derived calculations
改定 1.22013年1月30日Group: Database references
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PFV INTEGRASE
B: PFV INTEGRASE
C: 19 NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (NON-TRANSFERRED STRAND)
D: 17 NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (TRANSFERRED STRAND)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,12816
ポリマ－99,9444
非ポリマー1,18412
水4,089227
1
A: PFV INTEGRASE
B: PFV INTEGRASE
C: 19 NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (NON-TRANSFERRED STRAND)
D: 17 NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (TRANSFERRED STRAND)
ヘテロ分子

A: PFV INTEGRASE
B: PFV INTEGRASE
C: 19 NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (NON-TRANSFERRED STRAND)
D: 17 NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (TRANSFERRED STRAND)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,25632
ポリマ－199,8878
非ポリマー2,36924
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area28250 Å2
ΔGint-285.5 kcal/mol
Surface area56940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.120, 160.120, 124.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PFV INTEGRASE / INTEGRASE / IN / P42IN


分子量: 44456.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HUMAN SPUMARETROVIRUS (ウイルス) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P14350, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 19 NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (NON-TRANSFERRED STRAND) / 5' UTR


分子量: 5834.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HUMAN SPUMARETROVIRUS (ウイルス)
#3: DNA鎖 17 NUCLEOTIDE PREPROCESSED PFV DONOR DNA (TRANSFERRED STRAND) / 5' UTR


分子量: 5195.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HUMAN SPUMARETROVIRUS (ウイルス)

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非ポリマー , 6種, 239分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-BF3 / 2-(3-chloro-2-fluorobenzyl)-4,5-dihydroxy-1H-isoindole-1,3(2H)-dione


分子量: 321.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H9ClFNO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.55 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.35 M AMMONIUM SULFATE, 25% (V/V) GLYCEROL, 4.8% (V/V) 1,6-HEXANEDIOL, 50 MM MES-NAOH, 1MM EDTA, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器日付: 2010年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→40 Å / Num. obs: 42938 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.68→2.82 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3L2T

3l2t
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.68→39.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 7.355 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21753 2283 5 %RANDOM
Rwork0.18306 ---
obs0.18483 42938 98.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.699 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å20 Å20 Å2
2--0.94 Å20 Å2
3----1.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→39.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4343 732 70 227 5372
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0185343
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5761.8797438
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3185550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.75823.716183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.02915724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6681525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2811
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213775
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.68→2.749 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 164 -
Rwork0.367 2899 -
obs--99.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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