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万見
- PDB-4bdu: Bax BH3-in-Groove dimer (GFP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bdu
タイトルBax BH3-in-Groove dimer (GFP)
要素GREEN FLUORESCENT PROTEIN, APOPTOSIS REGULATOR BAX
キーワードAPOPTOSIS / PROGRAMMED CELL DEATH / BCL-2 FAMILY / CHIMERA
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / B cell negative selection / BAK complex / positive regulation of reproductive process / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process ...T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / B cell negative selection / BAK complex / positive regulation of reproductive process / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / spermatid differentiation / Activation, translocation and oligomerization of BAX / positive regulation of B cell apoptotic process / development of secondary sexual characteristics / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / NTRK3 as a dependence receptor / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / Sertoli cell proliferation / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / glycosphingolipid metabolic process / Release of apoptotic factors from the mitochondria / B cell homeostatic proliferation / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / retinal cell programmed cell death / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / mitochondrial permeability transition pore complex / apoptotic process involved in mammary gland involution / Transcriptional regulation by RUNX2 / B cell apoptotic process / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / regulation of nitrogen utilization / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / fertilization / calcium ion transport into cytosol / myeloid cell homeostasis / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / motor neuron apoptotic process / BH domain binding / epithelial cell apoptotic process / thymocyte apoptotic process / execution phase of apoptosis / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / hypothalamus development / pore complex / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / odontogenesis of dentin-containing tooth / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / B cell homeostasis / vagina development / BH3 domain binding / germ cell development / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / apoptotic mitochondrial changes / negative regulation of mitochondrial membrane potential / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of apoptotic signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / ectopic germ cell programmed cell death / Pyroptosis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / blood vessel remodeling / cellular response to unfolded protein / response to axon injury / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ovarian follicle development / negative regulation of fibroblast proliferation / supramolecular fiber organization / homeostasis of number of cells within a tissue / response to salt stress / release of sequestered calcium ion into cytosol / extrinsic apoptotic signaling pathway / Hsp70 protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / bioluminescence / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / kidney development / regulation of mitochondrial membrane potential / apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein binding / response to gamma radiation / generation of precursor metabolites and energy / positive regulation of protein-containing complex assembly / neuron migration / cellular response to virus / cerebral cortex development / response to toxic substance / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of neuron apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions ...Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein / Apoptosis regulator BAX
類似検索 - 構成要素
生物種AEQUOREA VICTORIA (オワンクラゲ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.998 Å
データ登録者Czabotar, P.E. / Colman, P.M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: Bax Crystal Structures Reveal How Bh3 Domains Activate Bax and Nucleate its Oligomerization to Induce Apoptosis.
著者: Czabotar, P.E. / Westphal, D. / Dewson, G. / Ma, S. / Hockings, C. / Fairlie, W.D. / Lee, E.F. / Yao, S. / Robin, A.Y. / Smith, B.J. / Huang, D.C. / Kluck, R.M. / Adams, J.M. / Colman, P.M.
履歴
登録2012年10月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Source and taxonomy
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 11-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 12-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 11-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 12-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GREEN FLUORESCENT PROTEIN, APOPTOSIS REGULATOR BAX
B: GREEN FLUORESCENT PROTEIN, APOPTOSIS REGULATOR BAX
C: GREEN FLUORESCENT PROTEIN, APOPTOSIS REGULATOR BAX
D: GREEN FLUORESCENT PROTEIN, APOPTOSIS REGULATOR BAX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,6334
ポリマ－139,6334
非ポリマー00
水1,51384
1
A: GREEN FLUORESCENT PROTEIN, APOPTOSIS REGULATOR BAX
B: GREEN FLUORESCENT PROTEIN, APOPTOSIS REGULATOR BAX

A: GREEN FLUORESCENT PROTEIN, APOPTOSIS REGULATOR BAX
B: GREEN FLUORESCENT PROTEIN, APOPTOSIS REGULATOR BAX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,6334
ポリマ－139,6334
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_675-x+1,-y+2,z1
Buried area11450 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area55010 Å2
手法PISA
2
C: GREEN FLUORESCENT PROTEIN, APOPTOSIS REGULATOR BAX
D: GREEN FLUORESCENT PROTEIN, APOPTOSIS REGULATOR BAX

C: GREEN FLUORESCENT PROTEIN, APOPTOSIS REGULATOR BAX
D: GREEN FLUORESCENT PROTEIN, APOPTOSIS REGULATOR BAX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,6334
ポリマ－139,6334
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
Buried area11450 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area55010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.314, 112.314, 293.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 2:64 OR RESSEQ 68:230)
211CHAIN B AND (RESSEQ 2:64 OR RESSEQ 68:230)
311CHAIN C AND (RESSEQ 2:64 OR RESSEQ 68:230)
411CHAIN D AND (RESSEQ 2:64 OR RESSEQ 68:230)
112CHAIN A AND (RESSEQ 1054:1122)
212CHAIN B AND (RESSEQ 1054:1122)
312CHAIN C AND (RESSEQ 1054:1122)
412CHAIN D AND (RESSEQ 1054:1122)

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質
GREEN FLUORESCENT PROTEIN, APOPTOSIS REGULATOR BAX / GFP / BCL-2-LIKE PROTEIN 4 / BCL2-L-4


分子量: 34908.332 Da / 分子数: 4 / 断片: BAX RESIDUES 53-128 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) AEQUOREA VICTORIA (オワンクラゲ), (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
プラスミド: PET-22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212, UniProt: Q07812
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF GFP IS AS DESCRIBED IN SUZUKI ET AL. (2010) ACTA CRYS D 66, 1059, BEARING THE EXTRA ...THE SEQUENCE OF GFP IS AS DESCRIBED IN SUZUKI ET AL. (2010) ACTA CRYS D 66, 1059, BEARING THE EXTRA MUTATION, A206N BAX TRUNCATED TO LEAVE ALPHA2 TO ALPHA5, MUTATIONS S62C, S126C. GFP AND BAX CRYSTALLIZED AS A SINGLE FUSION PROTEIN. 1000 HAS BEEN ADDED TO THE SEQUENCE NUMBERING OF BAX TO PRESERVE UNP NUMBERING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.22 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 10% PEG3350, 20% MPD, 0.5% CHAPS, 0.1 M TRIS PH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月25日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→19.9 Å / Num. obs: 41413 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 20.7 % / Biso Wilson estimate: 82.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1731 / Net I/σ(I): 17.74
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 17.5 % / Rmerge(I) obs: 1.731 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.998→19.959 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 31.34 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: CONSTRUCT USED FOR CRYSTALLISATION CONSISTED OF GFP FUSED TO BAX AS DESCRIBED IN SUZUKI ET AL. (2010) ACTA CRYS D 66, 1059.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 2071 5 %
Rwork0.2149 --
obs0.2165 41413 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.524 Å2 / ksol: 0.263 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 120.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8299 Å20 Å20 Å2
2--2.8299 Å20 Å2
3----5.6597 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.998→19.959 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9464 0 0 84 9548
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099676
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3913072
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0873544
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1121404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041696
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1799X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1799X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.223
13C1799X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.225
14D1799X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.111
21A548X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B548X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.021
23C548X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.022
24D548X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9984-3.06790.36561070.35472478X-RAY DIFFRACTION94
3.0679-3.14440.32422100.30992568X-RAY DIFFRACTION100
3.1444-3.2290.36851090.27632657X-RAY DIFFRACTION100
3.229-3.32360.33061080.27312646X-RAY DIFFRACTION100
3.3236-3.43040.32251030.24732675X-RAY DIFFRACTION100
3.4304-3.55230.28542090.24452569X-RAY DIFFRACTION100
3.5523-3.69370.36421060.23342668X-RAY DIFFRACTION100
3.6937-3.86070.26521020.23142688X-RAY DIFFRACTION100
3.8607-4.06260.2692110.20972552X-RAY DIFFRACTION100
4.0626-4.31470.20981050.19192667X-RAY DIFFRACTION100
4.3147-4.6440.18421010.16962675X-RAY DIFFRACTION100
4.644-5.10430.19562050.16542587X-RAY DIFFRACTION100
5.1043-5.82670.27961010.19962661X-RAY DIFFRACTION100
5.8267-7.28130.2311020.22662681X-RAY DIFFRACTION100
7.2813-19.95920.20391920.19982570X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0498-0.00090.0190.03090.00990.0261-0.02410.1045-0.0535-0.0223-0.0383-0.0212-0.02380.0694-0.03561.2765-0.41460.16660.2384-0.07820.312714.5202102.1189103.9046
20.0389-0.01850.00450.0236-0.00480.0382-0.047-0.11960.08810.0122-0.0234-0.00440.0850.2035-0.06960.69420.6282-0.09130.7536-0.00310.350214.501392.424630.2147
30.01870.00670.01830.05240.00790.0409-0.03150.0364-0.0381-0.110.050.0388-0.25350.03390.00140.97750.37010.03710.06060.04060.644531.130863.6067135.2657
40.06240.0185-0.02260.0461-0.0160.01490.04540.02130.01220.0967-0.05440.0103-0.10390.0877-0.0227-0.16560.4455-0.03691.1744-0.17240.659139.552458.788661.5724
5-0.0018-0.0010.00150.00430.00420.00340.05850.08180.05670.00570.11310.0990.01540.1163-01.18970.192-0.02361.04810.09330.747614.387397.016767.0126
60.0077-0.0043-0.00950.00190.0020.00670.1256-0.0392-0.10490.04320.04230.0062-0.10350.04701.02410.2132-0.04030.91440.09420.698235.042861.225398.5901
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 1:230
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND RESID 1:230
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C AND RESID 1:230
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D AND RESID 1:230
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A OR CHAIN B AND RESID 1053:1125
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN C OR CHAIN D AND RESID 1053:1125

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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