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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4u2v | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Bak BH3-in-Groove dimer (GFP) | ||||||||||||
Components | Green fluorescent protein,Bcl-2 homologous antagonist/killer | ||||||||||||
Keywords | APOPTOSIS / Bak / Bcl-2 | ||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationActivation and oligomerization of BAK protein / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / response to mycotoxin / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis ...Activation and oligomerization of BAK protein / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / response to mycotoxin / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / B cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / fibroblast apoptotic process / response to UV-C / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / porin activity / thymocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / pore complex / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / vagina development / B cell homeostasis / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / positive regulation of proteolysis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / blood vessel remodeling / animal organ regeneration / cellular response to unfolded protein / Pyroptosis / heat shock protein binding / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / intrinsic apoptotic signaling pathway / bioluminescence / release of cytochrome c from mitochondria / epithelial cell proliferation / response to gamma radiation / regulation of mitochondrial membrane potential / generation of precursor metabolites and energy / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / response to hydrogen peroxide / establishment of localization in cell / cellular response to mechanical stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / protein-folding chaperone binding / channel activity / response to ethanol / transmembrane transporter binding / mitochondrial outer membrane / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / apoptotic process / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / metal ion binding / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||
| Biological species | ![]() Homo sapiens (human) | ||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.3 Å | ||||||||||||
Authors | Brouwer, J.M. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E. | ||||||||||||
| Funding support | Australia, 3items
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Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2014Title: Bak Core and Latch Domains Separate during Activation, and Freed Core Domains Form Symmetric Homodimers. Authors: Brouwer, J.M. / Westphal, D. / Dewson, G. / Robin, A.Y. / Uren, R.T. / Bartolo, R. / Thompson, G.V. / Colman, P.M. / Kluck, R.M. / Czabotar, P.E. | ||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4u2v.cif.gz | 513 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4u2v.ent.gz | 426 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4u2v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4u2v_validation.pdf.gz | 496.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4u2v_full_validation.pdf.gz | 524.6 KB | Display | |
| Data in XML | 4u2v_validation.xml.gz | 49.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 4u2v_validation.cif.gz | 66.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/4u2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/4u2v | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4u2uC ![]() 4bduS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 35420.773 Da / Num. of mol.: 4 Fragment: UNP P42212 residues 1-230, UNP Q16611 residues 68-148 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Homo sapiens (human)Gene: GFP, BAK1, BAK, BCL2L7, CDN1 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-CAC / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | Sequence details | Residue SER 65 of GFP underwent mutation into GLY 65. GLY 65, TYR 66, and GLY 67 circularized into ...Residue SER 65 of GFP underwent mutation into GLY 65. GLY 65, TYR 66, and GLY 67 circularized into one chromophore. | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.02 Å3/Da / Density % sol: 59.23 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 4.5% PEG 8000, 40% MPD, 100 mM tri-sodium citrate, 90 mM cacodylate acid pH 6.5 and 1% Octyl glucoside PH range: 6.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.953726 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 9, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.953726 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.29→20 Å / Num. obs: 74519 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 40.25 Å2 / Rmerge F obs: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rrim(I) all: 0.185 / Χ2: 1.053 / Net I/σ(I): 7.93 / Num. measured all: 307853 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4BDU Resolution: 2.3→19.997 Å / FOM work R set: 0.7611 / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 30.51 / Stereochemistry target values: ML Details: Despite the resolution of the GFP-Bak(alpha2-alpha5) tetramer crystal structure, one of the four GFP molecules has poor electron density; this is most likely due to an absence of crystal ...Details: Despite the resolution of the GFP-Bak(alpha2-alpha5) tetramer crystal structure, one of the four GFP molecules has poor electron density; this is most likely due to an absence of crystal contacts with this moiety.
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 297.21 Å2 / Biso mean: 60.89 Å2 / Biso min: 21.18 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→19.997 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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