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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4u2v | ||||||||||||
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Title | Bak BH3-in-Groove dimer (GFP) | ||||||||||||
![]() | Green fluorescent protein,Bcl-2 homologous antagonist/killer | ||||||||||||
![]() | APOPTOSIS / Bak / Bcl-2 | ||||||||||||
Function / homology | ![]() Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / response to fungus / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria ...Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / response to fungus / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / B cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / activation of cysteine-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / response to UV-C / fibroblast apoptotic process / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / porin activity / pore complex / thymocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / vagina development / positive regulation of proteolysis / B cell homeostasis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to unfolded protein / blood vessel remodeling / Pyroptosis / animal organ regeneration / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / heat shock protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / bioluminescence / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / generation of precursor metabolites and energy / establishment of localization in cell / response to gamma radiation / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / response to hydrogen peroxide / response to organic cyclic compound / cellular response to mechanical stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / protein-folding chaperone binding / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / regulation of cell cycle / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / apoptotic process / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Brouwer, J.M. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Bak Core and Latch Domains Separate during Activation, and Freed Core Domains Form Symmetric Homodimers. Authors: Brouwer, J.M. / Westphal, D. / Dewson, G. / Robin, A.Y. / Uren, R.T. / Bartolo, R. / Thompson, G.V. / Colman, P.M. / Kluck, R.M. / Czabotar, P.E. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in CIF | ![]() | 66.7 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4u2uC ![]() 4bduS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 35420.773 Da / Num. of mol.: 4 Fragment: UNP P42212 residues 1-230, UNP Q16611 residues 68-148 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() Gene: GFP, BAK1, BAK, BCL2L7, CDN1 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-CAC / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | Residue SER 65 of GFP underwent mutation into GLY 65. GLY 65, TYR 66, and GLY 67 circularized into ...Residue SER 65 of GFP underwent mutation into GLY 65. GLY 65, TYR 66, and GLY 67 circularized into one chromophore. | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.02 Å3/Da / Density % sol: 59.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 4.5% PEG 8000, 40% MPD, 100 mM tri-sodium citrate, 90 mM cacodylate acid pH 6.5 and 1% Octyl glucoside PH range: 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 9, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.953726 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.29→20 Å / Num. obs: 74519 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 40.25 Å2 / Rmerge F obs: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rrim(I) all: 0.185 / Χ2: 1.053 / Net I/σ(I): 7.93 / Num. measured all: 307853 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4BDU Resolution: 2.3→19.997 Å / FOM work R set: 0.7611 / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 30.51 / Stereochemistry target values: ML Details: Despite the resolution of the GFP-Bak(alpha2-alpha5) tetramer crystal structure, one of the four GFP molecules has poor electron density; this is most likely due to an absence of crystal ...Details: Despite the resolution of the GFP-Bak(alpha2-alpha5) tetramer crystal structure, one of the four GFP molecules has poor electron density; this is most likely due to an absence of crystal contacts with this moiety.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 297.21 Å2 / Biso mean: 60.89 Å2 / Biso min: 21.18 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→19.997 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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