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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4u2v | ||||||||||||
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| Title | Bak BH3-in-Groove dimer (GFP) | ||||||||||||
Components | Green fluorescent protein,Bcl-2 homologous antagonist/killer | ||||||||||||
Keywords | APOPTOSIS / Bak / Bcl-2 | ||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationActivation and oligomerization of BAK protein / BAK complex / BH domain binding / endocrine pancreas development / Release of apoptotic factors from the mitochondria / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of mitochondrial membrane permeability ...Activation and oligomerization of BAK protein / BAK complex / BH domain binding / endocrine pancreas development / Release of apoptotic factors from the mitochondria / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of mitochondrial membrane permeability / response to UV-C / Bcl-2 family protein complex / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / porin activity / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / pore complex / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of proteolysis / animal organ regeneration / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to unfolded protein / Pyroptosis / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway / heat shock protein binding / apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / bioluminescence / response to hydrogen peroxide / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / generation of precursor metabolites and energy / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of protein-containing complex assembly / cellular response to UV / protein-folding chaperone binding / channel activity / response to ethanol / transmembrane transporter binding / mitochondrial outer membrane / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / protein heterodimerization activity / negative regulation of gene expression / apoptotic process / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / metal ion binding / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||
| Biological species | ![]() Homo sapiens (human) | ||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.3 Å | ||||||||||||
Authors | Brouwer, J.M. / Colman, P.M. / Czabotar, P.E. | ||||||||||||
| Funding support | Australia, 3items
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Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2014Title: Bak Core and Latch Domains Separate during Activation, and Freed Core Domains Form Symmetric Homodimers. Authors: Brouwer, J.M. / Westphal, D. / Dewson, G. / Robin, A.Y. / Uren, R.T. / Bartolo, R. / Thompson, G.V. / Colman, P.M. / Kluck, R.M. / Czabotar, P.E. | ||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4u2v.cif.gz | 513 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4u2v.ent.gz | 426 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4u2v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/4u2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/4u2v | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4u2uC ![]() 4bduS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 35420.773 Da / Num. of mol.: 4 Fragment: UNP P42212 residues 1-230, UNP Q16611 residues 68-148 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Homo sapiens (human)Gene: GFP, BAK1, BAK, BCL2L7, CDN1 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-CAC / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | Sequence details | Residue SER 65 of GFP underwent mutation into GLY 65. GLY 65, TYR 66, and GLY 67 circularized into ...Residue SER 65 of GFP underwent mutation into GLY 65. GLY 65, TYR 66, and GLY 67 circularized into one chromophore. | |
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-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.02 Å3/Da / Density % sol: 59.23 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 4.5% PEG 8000, 40% MPD, 100 mM tri-sodium citrate, 90 mM cacodylate acid pH 6.5 and 1% Octyl glucoside PH range: 6.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.953726 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 9, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.953726 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.29→20 Å / Num. obs: 74519 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 40.25 Å2 / Rmerge F obs: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rrim(I) all: 0.185 / Χ2: 1.053 / Net I/σ(I): 7.93 / Num. measured all: 307853 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4BDU Resolution: 2.3→19.997 Å / FOM work R set: 0.7611 / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 30.51 / Stereochemistry target values: ML Details: Despite the resolution of the GFP-Bak(alpha2-alpha5) tetramer crystal structure, one of the four GFP molecules has poor electron density; this is most likely due to an absence of crystal ...Details: Despite the resolution of the GFP-Bak(alpha2-alpha5) tetramer crystal structure, one of the four GFP molecules has poor electron density; this is most likely due to an absence of crystal contacts with this moiety.
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 297.21 Å2 / Biso mean: 60.89 Å2 / Biso min: 21.18 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→19.997 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
Australia, 3items
Citation









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