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- PDB-4bd8: Bax domain swapped dimer induced by BimBH3 with CHAPS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bd8
タイトルBax domain swapped dimer induced by BimBH3 with CHAPS
要素APOPTOSIS REGULATOR BAX
キーワードAPOPTOSIS / PROGRAMMED CELL DEATH
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / spermatid differentiation ...T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / spermatid differentiation / Activation, translocation and oligomerization of BAX / positive regulation of B cell apoptotic process / Sertoli cell proliferation / NTRK3 as a dependence receptor / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / development of secondary sexual characteristics / glycosphingolipid metabolic process / B cell homeostatic proliferation / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / retinal cell programmed cell death / B cell negative selection / BAK complex / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / mitochondrial permeability transition pore complex / Release of apoptotic factors from the mitochondria / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / Transcriptional regulation by RUNX2 / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / B cell apoptotic process / regulation of nitrogen utilization / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / fertilization / calcium ion transport into cytosol / motor neuron apoptotic process / mitochondrial fusion / epithelial cell apoptotic process / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / execution phase of apoptosis / apoptotic mitochondrial changes / hypothalamus development / thymocyte apoptotic process / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / pore complex / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / vagina development / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / odontogenesis of dentin-containing tooth / germ cell development / BH3 domain binding / B cell homeostasis / negative regulation of mitochondrial membrane potential / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / blood vessel remodeling / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / response to axon injury / Pyroptosis / cellular response to unfolded protein / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of fibroblast proliferation / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / supramolecular fiber organization / extrinsic apoptotic signaling pathway / homeostasis of number of cells within a tissue / response to salt stress / release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of protein binding / Hsp70 protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of mitochondrial membrane potential / kidney development / response to gamma radiation / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / cerebral cortex development / cellular response to virus / response to toxic substance / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / neuron migration / cellular response to UV / positive regulation of neuron apoptotic process / nuclear envelope / channel activity / retina development in camera-type eye / regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions ...Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PRASEODYMIUM ION / Apoptosis regulator BAX
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Czabotar, P.E. / Westphal, D. / Adams, J.M. / Colman, P.M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: Bax Crystal Structures Reveal How Bh3 Domains Activate Bax and Nucleate its Oligomerization to Induce Apoptosis.
著者: Czabotar, P.E. / Westphal, D. / Dewson, G. / Ma, S. / Hockings, C. / Fairlie, W.D. / Lee, E.F. / Yao, S. / Robin, A.Y. / Smith, B.J. / Huang, D.C. / Kluck, R.M. / Adams, J.M. / Colman, P.M.
履歴
登録2012年10月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APOPTOSIS REGULATOR BAX
B: APOPTOSIS REGULATOR BAX
C: APOPTOSIS REGULATOR BAX
D: APOPTOSIS REGULATOR BAX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,50914
ポリマ－76,7314
非ポリマー77810
水4,071226
1
A: APOPTOSIS REGULATOR BAX
B: APOPTOSIS REGULATOR BAX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,08211
ポリマ－38,3652
非ポリマー7169
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9490 Å2
ΔGint-78.1 kcal/mol
Surface area14770 Å2
手法PISA
2
C: APOPTOSIS REGULATOR BAX
D: APOPTOSIS REGULATOR BAX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4273
ポリマ－38,3652
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7890 Å2
ΔGint-82.8 kcal/mol
Surface area13900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.947, 142.947, 86.712
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2016-

HOH

21A-2017-

HOH

31A-2029-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.6252, 0.2398, 0.7427), (0.2367, -0.9651, 0.1124), (0.7437, 0.1055, -0.6601)-27.027, 49.8599, 42.9004
2given(0.5632, -0.3418, -0.7523), (0.8234, 0.1556, 0.5457), (-0.0695, -0.9268, 0.3691)34.8819, 19.2972, 7.8303
3given(0.4275, -0.8991, 0.0942), (-0.6508, -0.3785, -0.6582), (0.6274, 0.2201, -0.7469)-4.6998, 41.7901, 70.7836

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要素

#1: タンパク質
APOPTOSIS REGULATOR BAX / BAX / BCL-2-LIKE PROTEIN 4 / BCL2-L-4


分子量: 19182.711 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-171 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07812
#2: 化合物 ChemComp-PR / PRASEODYMIUM ION


分子量: 140.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pr
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.49 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1.8 M NH4SO4, 0.1 M HEPES PH 6.5, 10 MM PRCL3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月22日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→19.82 Å / Num. obs: 32132 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 93.5 % / Biso Wilson estimate: 46.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.55
反射 シェル解像度: 2.22→2.35 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BAX DOMAIN SWAPPED DIMER INDUCED BY OCTYLMALTOSIDE

解像度: 2.22→19.823 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 33.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2555 1607 5 %
Rwork0.1972 --
obs0.2003 32132 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 79.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→19.823 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4404 0 34 226 4664
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084520
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0686095
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1451597
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071677
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004766
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2203-2.29180.56871340.52152549X-RAY DIFFRACTION89
2.2918-2.37360.33981430.31562720X-RAY DIFFRACTION98
2.3736-2.46850.27361480.23352810X-RAY DIFFRACTION100
2.4685-2.58060.26781490.21692837X-RAY DIFFRACTION100
2.5806-2.71630.27471480.20422795X-RAY DIFFRACTION100
2.7163-2.8860.30891480.2022825X-RAY DIFFRACTION100
2.886-3.10810.25331480.20622810X-RAY DIFFRACTION100
3.1081-3.41940.25041480.19552807X-RAY DIFFRACTION100
3.4194-3.91090.25281470.17322803X-RAY DIFFRACTION100
3.9109-4.91490.20521490.15872827X-RAY DIFFRACTION100
4.9149-19.8240.2421450.18042742X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3801-0.7482-0.59522.6948-0.13411.94580.0430.06-0.1515-0.1487-0.02480.22980.053-0.0572-00.33720.0168-0.06110.37440.01540.5579-18.7123.14217.9015
21.3460.5507-0.31631.6882-0.01554.31790.252-0.01190.0477-0.1050.0283-0.0079-0.29460.08730.00040.48110.03060.01510.41220.00690.3017-23.860144.081316.7258
31.1220.48871.46382.52841.66441.99010.02490.2201-0.26750.2935-0.0919-0.21040.5040.0735-0.04290.65760.06810.0410.4765-0.05360.5218-28.796211.170149.5806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 1:129) OR CHAIN B AND (RESSEQ 130:170)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND (RESSEQ 1:129) OR CHAIN A AND (RESSEQ 130:170)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C OR CHAIN D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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