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- PDB-4baj: MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS CHORISMATE SYNTHASE after exposure to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4baj
タイトルMYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS CHORISMATE SYNTHASE after exposure to 266nm UV laser
要素CHORISMATE SYNTHASE
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


chorismate synthase / chorismate synthase activity / Chorismate via Shikimate Pathway / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / NAD binding / FMN binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chorismate synthase signature 3. / Chorismate synthase, AroC fold / Chorismate synthase AroC / Chorismate synthase signature 2. / Chorismate synthase / Chorismate synthase, conserved site / Chorismate synthase AroC superfamily / Chorismate synthase / Chorismate synthase signature 1. / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chorismate synthase / Chorismate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Pereira, P.J.B. / Royant, A. / Panjikar, S. / de Sanctis, D.
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2013
タイトル: In-house UV radiation-damage-induced phasing of selenomethionine-labeled protein structures.
著者: Pereira, P.J. / Royant, A. / Panjikar, S. / de Sanctis, D.
履歴
登録2012年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年4月4日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / diffrn_source / software
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.source / _software.name
改定 2.12019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHORISMATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3073
ポリマ－43,1891
非ポリマー1182
水2,198122
1
A: CHORISMATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: CHORISMATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: CHORISMATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: CHORISMATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,22912
ポリマ－172,7564
非ポリマー4728
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area28240 Å2
ΔGint-120.1 kcal/mol
Surface area47670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.820, 131.820, 160.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3-

ARG

21A-2041-

HOH

31A-2121-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 CHORISMATE SYNTHASE / 5-ENOLPYRUVYLSHIKIMATE-3-PHOSPHATE PHOSPHOLYASE


分子量: 43189.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P63611, UniProt: P9WPY1*PLUS, chorismate synthase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 73 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 4.8 M NH4-ACETATE, 0.1 M NA-ACETATE, PH 4.5, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION GEMINI / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: AGILENT / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月19日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 34953 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 25.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / % possible all: 71.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→14.81 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0.81 / 位相誤差: 19.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2091 3325 5.2 %
Rwork0.19 --
obs0.191 34925 93.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 0 Å2 / ksol: 0 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→14.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2740 0 8 122 2870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142813
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2783819
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9151025
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.127438
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006514
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.33280.28441120.2681765X-RAY DIFFRACTION65
2.3328-2.36750.2533950.2561858X-RAY DIFFRACTION68
2.3675-2.40430.28221140.23921990X-RAY DIFFRACTION73
2.4043-2.44360.26091200.25442172X-RAY DIFFRACTION79
2.4436-2.48550.25751330.24192334X-RAY DIFFRACTION86
2.4855-2.53050.30271600.22362647X-RAY DIFFRACTION97
2.5305-2.57890.23251640.22692620X-RAY DIFFRACTION99
2.5789-2.63130.231620.22162754X-RAY DIFFRACTION100
2.6313-2.68810.23491590.2162710X-RAY DIFFRACTION100
2.6881-2.75030.23751770.20552670X-RAY DIFFRACTION100
2.7503-2.81860.19841450.20082732X-RAY DIFFRACTION100
2.8186-2.89430.24251490.20982709X-RAY DIFFRACTION100
2.8943-2.97880.23531230.2032754X-RAY DIFFRACTION100
2.9788-3.07410.22431360.20182738X-RAY DIFFRACTION100
3.0741-3.18290.23561400.19742725X-RAY DIFFRACTION100
3.1829-3.3090.17651530.1882729X-RAY DIFFRACTION100
3.309-3.45780.19721650.17772712X-RAY DIFFRACTION100
3.4578-3.63750.21071290.17652677X-RAY DIFFRACTION98
3.6375-3.86160.17781300.16252650X-RAY DIFFRACTION97
3.8616-4.15370.1651400.14962646X-RAY DIFFRACTION97
4.1537-4.56060.15461550.14942625X-RAY DIFFRACTION97
4.5606-5.19540.16721330.16032680X-RAY DIFFRACTION98
5.1954-6.45420.22711040.20052682X-RAY DIFFRACTION97
6.4542-14.81010.20481270.18132557X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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