PDB-4baj: MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS CHORISMATE SYNTHASE after exposure to ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4baj

タイトル

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS CHORISMATE SYNTHASE after exposure to 266nm UV laser

要素

CHORISMATE SYNTHASE

キーワード

LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

chorismate synthase / chorismate synthase activity / Chorismate via Shikimate Pathway / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / NAD binding / FMN binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 / OTHER / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Pereira, P.J.B. / Royant, A. / Panjikar, S. / de Sanctis, D.

引用

ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2013
タイトル: In-house UV radiation-damage-induced phasing of selenomethionine-labeled protein structures.
著者: Pereira, P.J. / Royant, A. / Panjikar, S. / de Sanctis, D.

履歴

登録	2012年9月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2018年4月4日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / diffrn_source / software Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.source / _software.name
改定 2.1	2019年3月6日	Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4baj.cif.gz	136 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4baj.ent.gz	116.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4baj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4baj_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4baj_full_validation.pdf.gz	442.3 KB	表示
XML形式データ	4baj_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	4baj_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/4baj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/4baj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bagC 4baiC 4h35C 1ztb C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bai-1 2g85-1 2o11-2 2qhf-1 2o12-2 1ztb-2 3q22-2 1pix-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CHORISMATE SYNTHASE

ヘテロ分子

43.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CHORISMATE SYNTHASE

ヘテロ分子

A: CHORISMATE SYNTHASE

ヘテロ分子

A: CHORISMATE SYNTHASE

ヘテロ分子

A: CHORISMATE SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
173 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.820, 131.820, 160.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-3- ARG
2	1	A-2041- HOH
3	1	A-2121- HOH

#1: タンパク質	CHORISMATE SYNTHASE / 5-ENOLPYRUVYLSHIKIMATE-3-PHOSPHATE PHOSPHOLYASE 分子量: 43189.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P63611, UniProt: P9WPY1*PLUS, chorismate synthase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 73 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5 詳細: 4.8 M NH4-ACETATE, 0.1 M NA-ACETATE, PH 4.5, VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION GEMINI / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: AGILENT / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月19日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 34953 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 25.95 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.56 / % possible all: 71.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→14.81 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 0.81 / 位相誤差: 19.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2091	3325	5.2 %
R_work	0.19	-	-
obs	0.191	34925	93.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 0 Å² / k_sol: 0 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→14.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2740	0	8	122	2870

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	2813
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.278	3819
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.915	1025
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.127	438
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	514

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3001-2.3328	0.2844	112	0.268	1765	X-RAY DIFFRACTION	65
2.3328-2.3675	0.2533	95	0.256	1858	X-RAY DIFFRACTION	68
2.3675-2.4043	0.2822	114	0.2392	1990	X-RAY DIFFRACTION	73
2.4043-2.4436	0.2609	120	0.2544	2172	X-RAY DIFFRACTION	79
2.4436-2.4855	0.2575	133	0.2419	2334	X-RAY DIFFRACTION	86
2.4855-2.5305	0.3027	160	0.2236	2647	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5305-2.5789	0.2325	164	0.2269	2620	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5789-2.6313	0.23	162	0.2216	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6313-2.6881	0.2349	159	0.216	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6881-2.7503	0.2375	177	0.2055	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7503-2.8186	0.1984	145	0.2008	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8186-2.8943	0.2425	149	0.2098	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8943-2.9788	0.2353	123	0.203	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9788-3.0741	0.2243	136	0.2018	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0741-3.1829	0.2356	140	0.1974	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1829-3.309	0.1765	153	0.188	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.309-3.4578	0.1972	165	0.1777	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4578-3.6375	0.2107	129	0.1765	2677	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6375-3.8616	0.1778	130	0.1625	2650	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8616-4.1537	0.165	140	0.1496	2646	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1537-4.5606	0.1546	155	0.1494	2625	X-RAY DIFFRACTION	97
4.5606-5.1954	0.1672	133	0.1603	2680	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1954-6.4542	0.2271	104	0.2005	2682	X-RAY DIFFRACTION	97
6.4542-14.8101	0.2048	127	0.1813	2557	X-RAY DIFFRACTION	93

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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