PDB-4b9q: Open conformation of ATP-bound Hsp70 homolog DnaK

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4b9q

タイトル

Open conformation of ATP-bound Hsp70 homolog DnaK

要素

CHAPERONE PROTEIN DNAK

キーワード

CHAPERONE

機能・相同性

機能・相同性情報

stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / : / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / inclusion body / heat shock protein binding / protein folding chaperone / ATP-dependent protein folding chaperone / ADP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Kopp, J. / Mayer, M.P. / Sinning, I.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2012
タイトル: Structure and Dynamics of the ATP-Bound Open Conformation of Hsp70 Chaperones
著者: Kityk, R. / Kopp, J. / Sinning, I. / Mayer, M.P.

履歴

登録	2012年9月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月21日	Group: Database references
改定 1.2	2013年1月9日	Group: Database references
改定 1.3	2019年5月22日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4b9q.cif.gz	934.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4b9q.ent.gz	786.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4b9q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/4b9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/4b9q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1dkgS 1dkxS 1bpr 1dg4 1dky 1dkz 1q5l 2bpr S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5e84-6 5e84-3 5e84-4 5e84-1 5e84-5 5nro-d 5e84-2 5cbg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (11)

登録構造単位

A: CHAPERONE PROTEIN DNAK

B: CHAPERONE PROTEIN DNAK

C: CHAPERONE PROTEIN DNAK

D: CHAPERONE PROTEIN DNAK

ヘテロ分子

267 kDa, 4 ポリマー
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1

A: CHAPERONE PROTEIN DNAK

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: CHAPERONE PROTEIN DNAK

ヘテロ分子

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3

C: CHAPERONE PROTEIN DNAK

ヘテロ分子

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4

D: CHAPERONE PROTEIN DNAK

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	202.331, 77.470, 182.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.71, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:180 OR RESSEQ 188:249 OR RESSEQ...
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 2:180 OR RESSEQ 188:249 OR RESSEQ...
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 2:180 OR RESSEQ 188:249 OR RESSEQ...
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 2:180 OR RESSEQ 188:249 OR RESSEQ...

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.998052, -0.024674, -0.057306), (-0.023967, 0.999628, -0.012989), (0.057605, -0.01159, -0.998272)	185.667, -4.88265, 84.8367
2	given	(0.972173, 3.3E-5, -0.234264), (-0.001974, -0.999963, -0.008335), (-0.234256, 0.008565, -0.972137)	22.9601, 137.01, 195.726
3	given	(0.983583, 0.042388, 0.175407), (-0.040773, -0.999086, 0.012805), (0.17579, 0.005443, 0.984413)	179.639, 145.081, 71.2913
4	given	(0.998052, -0.024674, -0.057306), (-0.023967, 0.999628, -0.012989), (0.057605, -0.01159, -0.998272)	185.667, -4.88265, 84.8367
5	given	(0.972173, 3.3E-5, -0.234264), (-0.001974, -0.999963, -0.008335), (-0.234256, 0.008565, -0.972137)	22.9601, 137.01, 195.726
6	given	(0.983583, 0.042388, 0.175407), (-0.040773, -0.999086, 0.012805), (0.17579, 0.005443, 0.984413)	179.639, 145.081, 71.2913
7	given	(0.998052, -0.024674, -0.057306), (-0.023967, 0.999628, -0.012989), (0.057605, -0.01159, -0.998272)	185.667, -4.88265, 84.8367
8	given	(0.972173, 3.3E-5, -0.234264), (-0.001974, -0.999963, -0.008335), (-0.234256, 0.008565, -0.972137)	22.9601, 137.01, 195.726
9	given	(0.983583, 0.042388, 0.175407), (-0.040773, -0.999086, 0.012805), (0.17579, 0.005443, 0.984413)	179.639, 145.081, 71.2913
10	given	(0.998052, -0.024674, -0.057306), (-0.023967, 0.999628, -0.012989), (0.057605, -0.01159, -0.998272)	185.667, -4.88265, 84.8367
11	given	(0.972173, 3.3E-5, -0.234264), (-0.001974, -0.999963, -0.008335), (-0.234256, 0.008565, -0.972137)	22.9601, 137.01, 195.726
12	given	(0.983583, 0.042388, 0.175407), (-0.040773, -0.999086, 0.012805), (0.17579, 0.005443, 0.984413)	179.639, 145.081, 71.2913
13	given	(0.998052, -0.024674, -0.057306), (-0.023967, 0.999628, -0.012989), (0.057605, -0.01159, -0.998272)	185.667, -4.88265, 84.8367
14	given	(0.972173, 3.3E-5, -0.234264), (-0.001974, -0.999963, -0.008335), (-0.234256, 0.008565, -0.972137)	22.9601, 137.01, 195.726
15	given	(0.983583, 0.042388, 0.175407), (-0.040773, -0.999086, 0.012805), (0.17579, 0.005443, 0.984413)	179.639, 145.081, 71.2913

#1: タンパク質	CHAPERONE PROTEIN DNAK / HSP70 / HEAT SHOCK 70 KDA PROTEIN / HEAT SHOCK PROTEIN 70 分子量: 66268.461 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PDMI.1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BB1553 / 参照: UniProt: P0A6Y8
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.8 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 291 K / pH: 7.6 詳細: 28% PEG4000, 5% GLYCEROL, 0.1 M AMMONIUM ACETATE, 0.085 M SODIUM CITRATE PH 5.6, 5 MM ATP, 10 MM MGCL2, 291 K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9792
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→59.72 Å / Num. obs: 108374 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 44.05 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 5.23
反射シェル	解像度: 2.4→2.47 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.8_1069)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1DKG AND 1DKX

1dkg

1dkx

解像度: 2.4→59.717 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0.46 / 位相誤差: 26.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2387	5501	5.1 %
R_work	0.1964	-	-
obs	0.1986	108315	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→59.717 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18118	0	128	514	18760

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	18473
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.099	25008
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.479	7036
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	2932
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3284

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3603	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	3603	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	3	C	3630	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
1	4	D	3592	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4273	0.3554	177	0.2942	3408	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4273-2.4558	0.3883	188	0.2836	3404	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4558-2.4858	0.3462	172	0.2774	3454	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4858-2.5172	0.3326	174	0.263	3433	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5172-2.5504	0.3259	182	0.2511	3392	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5504-2.5853	0.3226	178	0.2367	3465	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5853-2.6222	0.2709	197	0.2386	3330	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6222-2.6614	0.2959	197	0.2311	3456	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6614-2.703	0.2939	176	0.2272	3425	X-RAY DIFFRACTION	100
2.703-2.7473	0.3038	196	0.2259	3367	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7473-2.7947	0.2967	177	0.231	3443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7947-2.8455	0.3237	173	0.2271	3462	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8455-2.9002	0.2676	185	0.2177	3419	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9002-2.9594	0.2755	171	0.2163	3429	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9594-3.0237	0.3044	195	0.2134	3404	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0237-3.0941	0.2574	190	0.2066	3463	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0941-3.1715	0.2883	189	0.219	3387	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1715-3.2572	0.2517	179	0.2144	3434	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2572-3.353	0.2612	183	0.2071	3452	X-RAY DIFFRACTION	100
3.353-3.4612	0.2558	180	0.2015	3405	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4612-3.5849	0.2511	197	0.1944	3444	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5849-3.7285	0.2009	172	0.1796	3424	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7285-3.8981	0.1984	174	0.1724	3451	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8981-4.1036	0.1991	171	0.1791	3426	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1036-4.3606	0.191	181	0.1627	3435	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3606-4.6972	0.2114	183	0.1581	3426	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6972-5.1696	0.2287	178	0.1635	3450	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1696-5.9171	0.1902	206	0.1751	3430	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9171-7.4527	0.2094	180	0.1984	3457	X-RAY DIFFRACTION	99
7.4527-59.7352	0.1861	200	0.1832	3439	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3459	0.6776	0.9865	4.3385	-0.5937	4.2835	0.0586	0.1402	-0.2965	-0.3266	-0.1079	-0.3164	0.0259	0.2165	0.0125	0.2628	0.0143	0.0398	0.2367	0.0379	0.3025	110.6698	88.2305	94.7495
2	1.6261	-2.0966	0.7221	6.7162	-0.267	1.6598	0.2203	-0.1846	0.0196	0.086	-0.0508	-0.5781	0.3251	0.0394	-0.0816	0.3607	-0.0769	-0.0322	0.3377	0.0543	0.461	109.3339	71.4801	105.6626
3	3.6888	2.1023	1.8086	5.3493	1.6439	4.3592	0.0215	-0.7445	0.666	1.0369	-0.2397	0.3332	-1.0685	-0.2669	0.1976	0.9275	-0.0126	0.0737	0.564	-0.0913	0.4703	104.1098	102.4207	118.5543
4	0.7777	-1.0273	-1.632	3.1675	5.1803	7.0265	0.1164	0.0105	0.1452	-0.0559	0.1924	-0.2182	-0.2252	0.2089	-0.2107	0.763	0.0356	0.1046	0.309	0.0923	0.4472	117.0507	88.8716	62.5122
5	2.3874	-0.0717	-0.8212	2.7641	0.4049	4.4475	0.0184	-0.2106	0.0462	0.3013	0.0696	-0.1556	-0.2719	0.0307	-0.0703	0.3968	0.0048	-0.0919	0.2609	0.0027	0.2843	77.7292	93.034	-10.4931
6	5.2362	3.0474	-2.1271	4.9607	-2.0565	3.9587	0.2661	-0.1435	-0.0721	0.4422	0.087	0.2783	0.3381	-0.3129	-0.3045	0.5537	-0.006	-0.0911	0.3065	-0.0209	0.3106	69.0654	73.7461	-16.2569
7	1.2768	-0.3459	0.0818	2.1475	-0.5025	3.4738	0.0002	-0.0441	0.2633	0.2696	0.1853	0.0703	-0.9765	-0.3156	-0.1988	0.6506	0.038	-0.0381	0.3144	-0.0398	0.4719	74.8025	102.6871	-5.7686
8	2.7519	-0.1427	0.8085	6.4842	-1.538	3.5852	0.1987	-0.0555	0.2318	0.974	-0.1206	0.158	-0.1887	0.1211	0.0311	0.467	0.0187	0.1168	0.2349	0.0577	0.3753	105.245	49.3038	76.1255
9	1.0403	2.9578	-0.8287	8.5377	-1.5175	1.7431	0.3127	-0.1553	-0.1854	0.683	-0.1703	-0.365	-0.4578	0.0491	-0.1269	0.5131	0.0901	0.0522	0.3221	0.0999	0.5013	110.3074	67.4526	67.1816
10	1.5219	-0.0764	0.7304	3.4977	2.0259	4.232	0.4876	0.3247	-0.272	0.0862	0.0994	-0.059	0.9446	0.4677	-0.5535	0.3848	0.0047	0.0424	0.2316	0.1459	0.5163	107.3155	39.4853	78.446
11	3.3511	-0.4233	-0.2434	3.7173	0.2361	5.5926	0.0439	0.1429	0.2661	-0.411	0.195	-0.3775	-0.097	-0.2491	-0.2422	0.4568	-0.0268	0.0068	0.2394	-0.0234	0.421	74.2845	54.0019	10.26
12	0.792	-1.3798	0.5027	5.2088	0.0269	2.3179	0.0987	-0.2581	0.0687	0.2304	0.2355	-0.6216	-0.2433	0.0574	-0.2907	0.4932	-0.0927	-0.0409	0.4228	-0.0333	0.5446	80.1867	64.8641	22.9771
13	1.5208	-0.527	1.6455	1.3237	-1.244	4.9156	0.1826	-0.0785	-0.2276	-0.1507	0.1167	-0.0293	0.9963	-0.2279	-0.3161	0.6505	-0.0711	-0.1035	0.3517	-0.0235	0.4941	70.2726	46.6473	0.7094

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 2 THROUGH 163 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 164 THROUGH 369 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 370 THROUGH 508 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 509 THROUGH 602 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 2 THROUGH 228 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 229 THROUGH 369 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 370 THROUGH 605 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN C AND (RESID 2 THROUGH 213 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND (RESID 214 THROUGH 369 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND (RESID 370 THROUGH 603 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN D AND (RESID 2 THROUGH 163 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN D AND (RESID 164 THROUGH 435 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN D AND (RESID 436 THROUGH 605 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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