PDB-4b9e: Structure of a putative epoxide hydrolase from Pseudomonas aerugi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4b9e

タイトル

Structure of a putative epoxide hydrolase from Pseudomonas aeruginosa, with bound MFA.

要素

PROBABLE EPOXIDE HYDROLASE

キーワード

HYDROLASE / MONOFLUOROACETATE / DEFLUORINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Schmidberger, J.W. / Schnell, R. / Schneider, G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: The Aeropath Project Targeting Pseudomonas Aeruginosa: Crystallographic Studies for Assessment of Potential Targets in Early-Stage Drug Discovery.
著者: Moynie, L. / Schnell, R. / Mcmahon, S.A. / Sandalova, T. / Boulkerou, W.A. / Schmidberger, J.W. / Alphey, M. / Cukier, C. / Duthie, F. / Kopec, J. / Liu, H. / Jacewicz, A. / Hunter, W.N. / ...

履歴

登録	2012年9月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年2月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4b9e.cif.gz	154.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4b9e.ent.gz	121.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4b9e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/4b9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/4b9e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xu8C 4avfC 4avrC 4avyC 4b79C 4b7cC 4b7xC 4b9aC 4es6C 4etrC 4exaC 4exbC 1y37S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4bau-1 4nvr-1 1mkw-d 6n5v-d 2fpb-d 2vaq-d 4bat-1 1de7-d 4iyg-d 4baz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROBABLE EPOXIDE HYDROLASE

ヘテロ分子

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PROBABLE EPOXIDE HYDROLASE

ヘテロ分子

A: PROBABLE EPOXIDE HYDROLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.920, 83.920, 140.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2238- HOH

#1: タンパク質	PROBABLE EPOXIDE HYDROLASE / PA2086 分子量: 33615.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9I229
#2: 化合物	ChemComp-FAH / fluoroacetic acid / フルオロ酢酸分子量: 78.042 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃FO₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	CLONING AND CLEAVAGE OF THE HIS TAG LEFT AND EXTRA N- TERMINAL SERINE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.5 % 解説: BEING A SOAK EXPERIMENT, THIS DATA WAS ACTUALLY REFINED AGAINST THE NATIVE UNLIGANDED STRUCTURE WITH PDB CODE 4B9A.
結晶化	pH: 8.5 詳細: 0.1 M LI2SO4, 1.25 M (NH4)2SO4, 0.1 M TRIS HCL PH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.0064
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0064 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→36.83 Å / Num. obs: 99408 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 13.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Y37

1y37

解像度: 1.4→36.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.984 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.979 / SU B: 1.143 / SU ML: 0.02 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.13525	4952	5 %	RANDOM
R_work	0.1104	-	-	-
obs	0.11165	94130	99.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.522 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→36.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2346	0	57	417	2820

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	2540
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2395
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.72	1.97	3472
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.912	3	5469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.334	5	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.306	22.031	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.136	15	388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.155	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	371
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	2909
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	633
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.279	0.2	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.221	0.2	2006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.107	0.2	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.091	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.311	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.179	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	10.937	1.529	2540
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	11.304	1.595	2394
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.69	3	4934
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	40.614	5	88
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	12.522	5	5198

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	352	-
R_work	0.243	6771	-
obs	-	-	98.75 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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