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- PDB-4b8z: Crystal structure of human GDP-L-fucose synthase with bound NADP ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b8z
タイトルCrystal structure of human GDP-L-fucose synthase with bound NADP and GDP, rhombohedral crystal form
要素GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP-4-dehydro-D-rhamnose reductase activity / GDP-mannose 3,5-epimerase activity / GDP-fucose biosynthesis / GDP-L-fucose synthase / GDP-L-fucose synthase activity / GDP-mannose metabolic process / positive regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of endothelial cell migration ...GDP-4-dehydro-D-rhamnose reductase activity / GDP-mannose 3,5-epimerase activity / GDP-fucose biosynthesis / GDP-L-fucose synthase / GDP-L-fucose synthase activity / GDP-mannose metabolic process / positive regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of endothelial cell migration / electron transfer activity / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
GDP-L-fucose synthase/GDP-L-colitose synthase / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / GDP-L-fucose synthase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Vollmar, M. / Krojer, T. / Shafqat, N. / Rojkova, A. / Bunkoczi, G. / Yue, W.W. / Kavanagh, K. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. ...Vollmar, M. / Krojer, T. / Shafqat, N. / Rojkova, A. / Bunkoczi, G. / Yue, W.W. / Kavanagh, K. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Gdp-L-Fucose Synthase with Bound Nadp and Gdp, Rhombohedral Crystal Form
著者: Vollmar, M. / Krojer, T. / Shafqat, N. / Rojkova, A. / Bunkoczi, G. / Yue, W.W. / Kavanagh, K. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U.
履歴
登録2012年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22018年6月20日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
B: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
C: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
D: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,75312
ポリマ－144,0064
非ポリマー4,7468
水32418
1
A: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1883
ポリマ－36,0021
非ポリマー1,1872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1883
ポリマ－36,0021
非ポリマー1,1872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1883
ポリマ－36,0021
非ポリマー1,1872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: GDP-L-FUCOSE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1883
ポリマ－36,0021
非ポリマー1,1872
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.447, 91.447, 429.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質
GDP-L-FUCOSE SYNTHASE / GDP-4-KETO-6-DEOXY-D-MANNOSE-3 / 5-EPIMERASE-4-REDUCTASE / PROTEIN FX / RED CELL NADP(H)-BINDING ...GDP-4-KETO-6-DEOXY-D-MANNOSE-3 / 5-EPIMERASE-4-REDUCTASE / PROTEIN FX / RED CELL NADP(H)-BINDING PROTEIN / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE FAMILY 4E MEMBER 1


分子量: 36001.602 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 7-320 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: Q13630, GDP-L-fucose synthase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.3M NABR, 0.1M BIS-TRIS-PROPANE (PH 7.5), 23% PEG3350, 10% ETHYLENE GLYCOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9792
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→77.88 Å / Num. obs: 34584 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 92.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GFS

1gfs


解像度: 2.75→77.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9201 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8928 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.358
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 1742 5.04 %RANDOM
Rwork0.2333 ---
obs0.2347 34583 99.31 %-
原子変位パラメータBiso mean: 83.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.3085 Å20 Å20 Å2
2--3.3085 Å20 Å2
3----6.617 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.521 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→77.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9170 0 304 18 9492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0089746HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9113388HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4172SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes187HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1624HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9746HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.27
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.68
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1342SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10828SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.83 Å / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2828 175 5.76 %
Rwork0.264 2861 -
all0.2651 3036 -
obs--99.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.71120.1548-0.95252.98350.34032.1753-0.00340.36310.1995-0.87150.0791-0.6154-0.20420.3087-0.0757-0.0252-0.02360.2618-0.20390.0538-0.209725.6084.8845-21.2025
23.47410.21130.592.06110.41051.6786-0.00350.3702-0.2089-0.13420.1069-0.07190.16390.1833-0.1035-0.2023-0.07090.0304-0.1168-0.0055-0.117332.47763.928-94.677
32.4407-0.26120.31273.24060.75382.1610.1465-0.26380.14310.3309-0.0028-0.1941-0.00790.2717-0.1437-0.1357-0.087-0.0324-0.22910.0445-0.113112.313922.96319.2397
41.30540.2871-0.67143.9792-0.12721.78250.0531-0.26620.17961.0492-0.04080.7582-0.222-0.2162-0.01230.0571-0.0560.2699-0.2633-0.0161-0.226119.861231.4494-63.7274
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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