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万見
- PDB-2rhj: Synthetic Gene Encoded Bacillus Subtilis FtsZ with Two Sulfate Io... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rhj
タイトルSynthetic Gene Encoded Bacillus Subtilis FtsZ with Two Sulfate Ions and Sodium Ion in the Nucleotide Pocket
要素Cell Division Protein ftsZ
キーワードCELL CYCLE / CELL DIVISION PROTEIN / TUBULIN HOMOLOG / GTP-BINDING / POLYMERIZATION / GTPASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure / ATCG3D
機能・相同性
機能・相同性情報


cell septum / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / protein polymerization / cell division / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; ...Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Cell division protein FtsZ
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.761 Å
データ登録者Lovell, S. / Halloran, Z. / Hjerrild, K. / Sheridan, D. / Burgin, A. / Stewart, L. / Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure (ATCG3D)
引用ジャーナル: BMC Biotechnol. / 年: 2009
タイトル: Combined protein construct and synthetic gene engineering for heterologous protein expression and crystallization using Gene Composer.
著者: Raymond, A. / Lovell, S. / Lorimer, D. / Walchli, J. / Mixon, M. / Wallace, E. / Thompkins, K. / Archer, K. / Burgin, A. / Stewart, L.
履歴
登録2007年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell Division Protein ftsZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,10110
ポリマ－34,0521
非ポリマー1,0499
水3,099172
1
A: Cell Division Protein ftsZ
ヘテロ分子

A: Cell Division Protein ftsZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,20120
ポリマ－68,1032
非ポリマー2,09818
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area6710 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area24460 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.135, 82.062, 117.507
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-367-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cell Division Protein ftsZ


分子量: 34051.707 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 12-315 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: ftsZ / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17865

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非ポリマー , 5種, 181分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 50% PEG 400, 0.1M Acetate, 200mM lithium sulfate, pH 4.5, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.761→50 Å / Num. obs: 34949 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 1.048 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル解像度: 1.761→1.82 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.642 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3101 / Χ2: 1.098 / % possible all: 88.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
SBC-Collectcollectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.761→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.063 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 1752 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
all0.181 34925 --
obs0.181 34925 97.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.977 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.41 Å20 Å20 Å2
2---0.93 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.761→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2279 0 64 172 2515
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222356
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.9923178
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91933831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6625320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.326.88293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.64715408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.507159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022633
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02396
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.2503
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.21701
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.21185
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21245
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2270.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0840.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1810.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1990.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0251.51543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2991.5655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.85322461
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1693816
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3474.5712
LS精密化 シェル解像度: 1.761→1.807 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 108 -
Rwork0.234 2018 -
all-2126 -
obs--81.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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