PDB-4kwe: GDP-bound, double-stranded, curved FtsZ protofilament structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kwe

タイトル

GDP-bound, double-stranded, curved FtsZ protofilament structure

要素

Cell division protein FtsZ

キーワード

GTP-BINDING PROTEIN / Rossmann Fold / bacterial cell division

機能・相同性

機能・相同性情報

septin ring assembly / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / protein polymerization / positive regulation of cell cycle / cell division / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.91 Å

データ登録者

Li, Y. / Hsin, J. / Zhao, L. / Cheng, Y. / Shang, W. / Huang, K.C. / Wang, H.W. / Ye, S.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: FtsZ protofilaments use a hinge-opening mechanism for constrictive force generation
著者: Li, Y. / Hsin, J. / Zhao, L. / Cheng, Y. / Shang, W. / Huang, K.C. / Wang, H.W. / Ye, S.

履歴

登録	2013年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月4日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kwe.cif.gz	338.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kwe.ent.gz	281.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kwe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kwe_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kwe_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	4kwe_validation.xml.gz	31 KB	表示
CIF形式データ	4kwe_validation.cif.gz	41.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/4kwe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/4kwe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2rho-2 6ll6-d 5mn8-1 2vxy-d 3wgk-2 2pa5-1 2hk9-3 3wgl-2 4ri4-1 4b8z-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (8) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (8) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Cell division protein FtsZ

B: Cell division protein FtsZ

C: Cell division protein FtsZ

ヘテロ分子

119 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Cell division protein FtsZ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Cell division protein FtsZ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Cell division protein FtsZ

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	132.509, 132.509, 321.549
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	GLY	GLY	A	A	8 - 59	11 - 62
2	1	LEU	LEU	GLY	GLY	B	B	8 - 59	11 - 62
3	1	LEU	LEU	GLY	GLY	C	C	8 - 59	11 - 62
1	2	ALA	ALA	PHE	PHE	A	A	70 - 312	73 - 315
2	2	ALA	ALA	PHE	PHE	B	B	70 - 312	73 - 315
3	2	ALA	ALA	PHE	PHE	C	C	70 - 312	73 - 315
1	3	GDP	GDP	GDP	GDP	A	D	1000
2	3	GDP	GDP	GDP	GDP	B	E	1000
3	3	GDP	GDP	GDP	GDP	C	F	1000

#1: タンパク質	Cell division protein FtsZ 分子量: 39073.004 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: ftsZ, MT2209, MTCY270.18, Rv2150c / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/pLysS / 参照: UniProt: P64170, UniProt: P9WN95*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 3M Na formate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 37489 / Num. obs: 37414 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 21.1 % / B_iso Wilson estimate: 125.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.134 / R_sym value: 0.134 / Net I/σ(I): 65.7
反射シェル	解像度: 2.9→2.95 Å / R_merge(I) obs: 0.634 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.91→32.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 42.581 / SU ML: 0.332 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.572 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26749	1496	4 %	RANDOM
R_work	0.24099	-	-	-
obs	0.24204	35815	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 130.301 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.59 Å²	1.29 Å²	0 Å²
2-	-	2.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.91→32.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6371	0	84	0	6455

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	6507
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.981	1.997	8811
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.362	5	890
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.793	25.502	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.237	15	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.467	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	4804
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.184	0.2	2903
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.291	0.2	4509
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.377	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.316	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.366	1.5	4464
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.644	2	6911
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.602	3	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.129	4.5	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2129 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.02	0.05
2	B	tight positional	0.02	0.05
3	C	tight positional	0.02	0.05
1	A	tight thermal	0.03	0.5
2	B	tight thermal	0.03	0.5
3	C	tight thermal	0.03	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.91→2.987 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.428	112	-
R_work	0.394	2528	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0522	-0.6612	-1.4136	2.2996	0.5579	5.317	0.4279	-0.0235	0.1686	-0.0509	-0.1293	-0.1724	-0.4925	-0.2355	-0.2986	0.1761	0.2635	0.0999	-0.4652	0.0557	-0.0596	51.166	-17.3251	-24.2627
2	3.5633	0.8936	-0.9125	3.9465	-0.9393	3.449	0.1751	-0.1589	0.2004	0.4352	-0.1037	0.1708	-0.2185	-0.1848	-0.0714	0.2431	-0.2617	0.1288	-0.4535	-0.0015	-0.1516	27.1496	-14.804	20.8848
3	2.8	1.1608	-0.6488	2.8855	-0.4616	5.365	0.1272	-0.0158	0.0255	0.0679	-0.0459	0.0361	0.04	-0.4097	-0.0812	0.1203	-0.4405	0.153	-0.3397	-0.0266	-0.1348	3.5751	-52.847	46.2707
4	4.4276	-2.625	-0.5451	4.7272	1.2838	7.2415	0.435	-0.0193	-0.0192	0.2109	0.1263	-0.2077	0.4957	0.2644	-0.5613	0.2118	0.2912	-0.0661	-0.4697	-0.0054	-0.1481	61.9894	-38.1656	-26.4153
5	5.6057	-1.709	-1.6138	3.3455	0.5449	4.7218	0.233	0.43	-0.1594	0.2482	-0.2178	-0.0208	0.2542	0.0309	-0.0152	0.1952	-0.0961	0.0356	-0.3906	0.0879	-0.1846	40.4082	-23.4718	4.6346
6	4.5721	1.3566	-1.7443	3.7965	-0.5196	4.8568	0.0065	0.406	0.0994	-0.0971	-0.1143	-0.0388	-0.0148	-0.1068	0.1078	0.1959	-0.3892	0.19	-0.3853	0.0252	-0.0965	17.0378	-42.8146	31.2622

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 202
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1000
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	8 - 202
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1000
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	8 - 202
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1000
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	203 - 312
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	203 - 312
9	X-RAY DIFFRACTION	6	C	203 - 312

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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