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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4b8l | ||||||
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タイトル | Aurora B kinase P353G mutant | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / CANCER (悪性腫瘍) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitotic cytokinesis checkpoint signaling / negative regulation of cytokinesis / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation / abscission / mitotic spindle midzone assembly / cleavage furrow formation / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / protein localization to kinetochore / negative regulation of B cell apoptotic process ...mitotic cytokinesis checkpoint signaling / negative regulation of cytokinesis / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation / abscission / mitotic spindle midzone assembly / cleavage furrow formation / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / protein localization to kinetochore / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of cytokinesis / mitotic cytokinesis / chromosome, centromeric region / spindle assembly / pericentric heterochromatin / post-translational protein modification / chromosome segregation / spindle / 動原体 / cellular response to UV / 染色体 / midbody / 微小管 / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / クロマチン / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Sessa, F. / Villa, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structural and Biochemical Analysis of an Aurora B Kinase Mutant Reveals a Multistep Activation Mechanism 著者: Sessa, F. / Villa, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4b8l.cif.gz | 73.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4b8l.ent.gz | 54.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4b8l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/4b8l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/4b8l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33603.992 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 78-361 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: Q6DE08, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5073.755 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 797-840 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O13024 |
#3: 化合物 | ChemComp-A0P / |
非ポリマーの詳細 | THE LIGAND HAS BEEN DEPOSITED UNDER THE HETEROGEN NAME A0P SEE REMARK 3 FOR DETAILS ON REFINEMENT ...THE LIGAND HAS BEEN DEPOSITED UNDER THE HETEROGEN NAME A0P SEE REMARK 3 FOR DETAILS ON REFINEMENT |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.39 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→25 Å / Num. obs: 7248 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.5 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.09 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 95.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 24.42 / SU ML: 0.436 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.529 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE AUTHORS NOTICED DURING THE REFINEMENT OF THE A0P LIGAND A DIFFERENCE IN THE CANONICAL CHIRALITY DUE TO THE TORSION OF THE LIGAND ITSELF ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE AUTHORS NOTICED DURING THE REFINEMENT OF THE A0P LIGAND A DIFFERENCE IN THE CANONICAL CHIRALITY DUE TO THE TORSION OF THE LIGAND ITSELF WITHIN THE ACTIVE SITE OF THE ENZYME, AND THEREFORE DECIDED TO DEPOSIT THE COORDINATES AS THEY APPEAR IN THIS ENTRY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 65.929 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
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拘束条件 |
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