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万見
- PDB-4b55: Crystal Structure of the Covalent Adduct Formed between Mycobacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b55
タイトルCrystal Structure of the Covalent Adduct Formed between Mycobacterium marinum Aryalamine N-acetyltransferase and Phenyl vinyl ketone a derivative of Piperidinols
要素ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT
キーワードTRANSFERASE / TUBERCULOSIS / COVALENT INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Arylamine N-acetyltransferase / Cysteine proteinases / Arylamine N-acetyltransferase fold / Arylamine N-acetyltransferase / N-acetyltransferase / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Lipocalin / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-hydroxy-1-phenylpropan-1-one / Arylamine N-acetyltransferase Nat
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM MARINUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Abuhammad, A. / Fullam, E. / Lowe, E.D. / Staunton, D. / Kawamura, A. / Westwood, I.M. / Bhakta, S. / Garner, A.C. / Wilson, D.L. / Seden, P.T. ...Abuhammad, A. / Fullam, E. / Lowe, E.D. / Staunton, D. / Kawamura, A. / Westwood, I.M. / Bhakta, S. / Garner, A.C. / Wilson, D.L. / Seden, P.T. / Davies, S.G. / Russell, A.J. / Garman, E.F. / Sim, E.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Piperidinols that Show Anti-Tubercular Activity as Inhibitors of Arylamine N-Acetyltransferase: An Essential Enzyme for Mycobacterial Survival Inside Macrophages.
著者: Abuhammad, A. / Fullam, E. / Lowe, E.D. / Staunton, D. / Kawamura, A. / Westwood, I.M. / Bhakta, S. / Garner, A.C. / Wilson, D.L. / Seden, P.T. / Davies, S.G. / Russell, A.J. / Garman, E.F. / Sim, E.
履歴
登録2012年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1012
ポリマ－30,9511
非ポリマー1501
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.840, 51.840, 176.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE NAT / ARYLAMINE N-ACETYLTRANSFERASE


分子量: 30951.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MODIFIED ACTIVE SITE CYS 70
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM MARINUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: B2HIZ6, arylamine N-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-P18 / 3-hydroxy-1-phenylpropan-1-one / β-ヒドロキシプロピオフェノン


分子量: 150.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細3-HYDROXY-1-PHENYLPROPAN-1-ONE (RESIDUE P18) DERIVES FROM PHENYL VINYL KETONE (1-PHENYLPROP-2-EN-1- ...3-HYDROXY-1-PHENYLPROPAN-1-ONE (RESIDUE P18) DERIVES FROM PHENYL VINYL KETONE (1-PHENYLPROP-2-EN-1-ONE) (PVK). THE ADDED OH LEAVING GROUP IN THE P18 IS NOT PRESENT IN THE COMPOUND USED AS A DOUBLE BOND EXISTS BEFORE REACTION WITH CYS 70.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2 M NACL, 0.1 M NA-CACODYLATE PH 6.5 AND 2.0 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→19.46 Å / Num. obs: 7020 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 51.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.69→2.84 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 87.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASERMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LTW

3ltw


解像度: 2.7→19.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.883 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7932 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.442
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2895 315 4.54 %RANDOM
Rwork0.2309 ---
obs0.2334 6944 96.78 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.8511 Å20 Å20 Å2
2---6.8511 Å20 Å2
3---13.7022 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.401 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2030 0 10 39 2079
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0062101HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.822874HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d681SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes40HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes332HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2101HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.02
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion275SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2357SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→3.02 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3098 78 4.39 %
Rwork0.255 1699 -
all0.2574 1777 -
obs--96.78 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.2241 Å / Origin y: 22.1945 Å / Origin z: -12.0276 Å
111213212223313233
T-0.0555 Å20.0113 Å2-0.0101 Å2--0.0215 Å20.0002 Å2---0.1062 Å2
L1.2961 °20.0908 °2-0.0379 °2-0.7129 °2-0.1555 °2--1.1535 °2
S0.0119 Å °0.052 Å °0.0499 Å °-0.0693 Å °-0.0132 Å °0.0491 Å °-0.0519 Å °-0.093 Å °0.0012 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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