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- PDB-4b3j: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis fatty acid beta- ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b3j
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis fatty acid beta- oxidation complex with CoenzymeA bound at the hydratase and thiolase active sites
要素(FATTY ACID BETA-OXIDATION COMPLEX ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE/TRANSFERASE / OXIDOREDUCTASE-TRANSFERASE COMPLEX / TFE / TRIFUNCTIONAL ENZYME / HYDRATASE
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase (NAD+) activity / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / enoyl-CoA hydratase activity / fatty acid beta-oxidation / NAD+ binding / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / peptidoglycan-based cell wall / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 - #50 / : / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. ...N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 - #50 / : / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, NAD binding domain / Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Thiolase-like / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / COENZYME A / Putative acyltransferase Rv0859 / Probable fatty oxidation protein FadB
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Venkatesan, R. / Wierenga, R.K.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structure of Mycobacterial Beta-Oxidation Trifunctional Enzyme Reveals its Altered Assembly and Putative Substrate Channeling Pathway.
著者: Venkatesan, R. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2012年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FATTY ACID BETA-OXIDATION COMPLEX ALPHA-CHAIN FADB
B: FATTY ACID BETA-OXIDATION COMPLEX ALPHA-CHAIN FADB
C: FATTY ACID BETA-OXIDATION COMPLEX BETA-CHAIN FADA
D: FATTY ACID BETA-OXIDATION COMPLEX BETA-CHAIN FADA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,99943
ポリマ－240,9324
非ポリマー7,06739
水15,079837
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23050 Å2
ΔGint-316.3 kcal/mol
Surface area81670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)248.300, 135.250, 118.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-1408-

SO4

21C-2150-

HOH

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要素

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FATTY ACID BETA-OXIDATION COMPLEX ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 FATTY ACID BETA-OXIDATION COMPLEX ALPHA-CHAIN FADB / ENOYLCOA HYDRATASE / HYDROXYACYLCOA DEHYDROGENASE / PROBABLE FATTY OXIDATION PROTEIN FADB


分子量: 78005.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: PET DUET, PACYC DUET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): PLYSS
参照: UniProt: O53872, enoyl-CoA hydratase, 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
#2: タンパク質 FATTY ACID BETA-OXIDATION COMPLEX BETA-CHAIN FADA / THIOLASE / PUTATIVE ACYLTRANSFERASE RV0859


分子量: 42460.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: PET DUET, PACYC DUET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: O53871, acetyl-CoA C-acetyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 876分子

#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 837 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細16 RESIDUES EXTRA AT THE N-TERMINUS INCLUDING HISTINE TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.25 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 2 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月17日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.35 Å / Num. obs: 119944 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.5→48.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 14.401 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.285 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2214 6303 5 %RANDOM
Rwork0.18133 ---
obs0.18333 119944 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.528 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.45 Å20 Å20.62 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---1.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16690 0 418 837 17945
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01917585
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1781.99823905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.06952309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.0124.381687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.666152869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.67515107
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.22719
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02113102
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 442 -
Rwork0.262 8722 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.09240.05850.04290.58460.41770.3034-0.0376-0.0094-0.0213-0.0656-0.0040.0603-0.043-0.01810.04160.0228-0.0099-0.00160.04760.0120.0372-57.444130.6698-42.3606
20.05650.00970.0140.30570.29760.3716-0.018-0.0163-0.01220.00110.02370.0266-0.0106-0.0499-0.00570.01350.00820.00020.07570.04090.027-51.42938.491240.3566
30.34160.01270.12410.31650.13930.4776-0.02360.02080.01080.00580.0174-0.0005-0.00330.02030.00620.01480.00860.00280.02320.02840.0471-24.301749.9278-3.3017
40.22970.054-0.03110.37440.08090.4995-0.0149-0.0099-0.0486-0.00970.0025-0.03090.03260.00190.01240.02420.0006-0.00490.00550.0180.0681-25.065917.5895-2.9475
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-13 - 720
2X-RAY DIFFRACTION2B-14 - 720
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 403
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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