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- PDB-4b2d: human PKM2 with L-serine and FBP bound. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b2d
タイトルhuman PKM2 with L-serine and FBP bound.
要素(PYRUVATE KINASE ISOZYMES ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / TUMOUR / PKM2 / GLYCOLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cytoplasmic translation / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / histone H3T11 kinase activity / programmed cell death / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum ...positive regulation of cytoplasmic translation / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / histone H3T11 kinase activity / programmed cell death / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / glycolytic process / non-specific protein-tyrosine kinase / cilium / cellular response to insulin stimulus / extracellular vesicle / MHC class II protein complex binding / protein tyrosine kinase activity / secretory granule lumen / collagen-containing extracellular matrix / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / transcription coactivator activity / non-specific serine/threonine protein kinase / cadherin binding / phosphorylation / mRNA binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain ...PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / SERINE / Pyruvate kinase PKM
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chaneton, B. / Hillmann, P. / Zheng, L. / Martin, A.C.L. / Maddocks, O.D.K. / Chokkathukalam, A. / Coyle, J.E. / Jankevics, A. / Holding, F.P. / Vousden, K.H. ...Chaneton, B. / Hillmann, P. / Zheng, L. / Martin, A.C.L. / Maddocks, O.D.K. / Chokkathukalam, A. / Coyle, J.E. / Jankevics, A. / Holding, F.P. / Vousden, K.H. / Frezza, C. / O'Reilly, M. / Gottlieb, E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Serine is a natural ligand and allosteric activator of pyruvate kinase M2.
著者: Chaneton, B. / Hillmann, P. / Zheng, L. / Martin, A.C.L. / Maddocks, O.D.K. / Chokkathukalam, A. / Coyle, J.E. / Jankevics, A. / Holding, F.P. / Vousden, K.H. / Frezza, C. / O'Reilly, M. / Gottlieb, E.
履歴
登録2012年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月24日Group: Database references
改定 1.22012年11月21日Group: Database references
改定 1.32013年2月6日Group: Atomic model / Derived calculations / Other
改定 1.42018年2月7日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.journal_id_ISSN ..._audit_author.name / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYRUVATE KINASE ISOZYMES M1/M2
B: PYRUVATE KINASE ISOZYMES M1/M2
C: PYRUVATE KINASE ISOZYMES M1/M2
D: PYRUVATE KINASE ISOZYMES M1/M2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,15714
ポリマ－239,3274
非ポリマー1,82910
水22,3931243
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17950 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area72060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.611, 151.098, 91.791
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
PYRUVATE KINASE ISOZYMES ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 PYRUVATE KINASE ISOZYMES M1/M2 / PYRUVATE KINASE M2 / CYTOSOLIC THYROID HORMONE-BINDING PROTEIN CTHBP / OPA-INTERACTING PROTEIN 3 / ...PYRUVATE KINASE M2 / CYTOSOLIC THYROID HORMONE-BINDING PROTEIN CTHBP / OPA-INTERACTING PROTEIN 3 / OIP-3 / PYRUVATE KINASE 2/3 / PYRUVATE KINASE MUSCLE ISOZYME / THYROID HORMONE-BINDING PROTEIN 1 / THBP1 / TUMOR M2-PK / P58


分子量: 59831.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14618, pyruvate kinase
#2: タンパク質 PYRUVATE KINASE ISOZYMES M1/M2 / PYRUVATE KINASE M2 / CYTOSOLIC THYROID HORMONE-BINDING PROTEIN CTHBP / OPA-INTERACTING PROTEIN 3 / ...PYRUVATE KINASE M2 / CYTOSOLIC THYROID HORMONE-BINDING PROTEIN CTHBP / OPA-INTERACTING PROTEIN 3 / OIP-3 / PYRUVATE KINASE 2/3 / PYRUVATE KINASE MUSCLE ISOZYME / THYROID HORMONE-BINDING PROTEIN 1 / THBP1 / TUMOR M2-PK / P58


分子量: 59831.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14618, pyruvate kinase

-
糖 , 1種, 4分子

#4: 糖
ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 3種, 1249分子

#3: 化合物
ChemComp-SER / SERINE / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: PROTEIN SOLUTION 10 MG/ML, 25 MM TRIS/HCL PH 7.5, 0.1 M KCL, 5 MM MGCL2, 10% (V/V) GLYCEROL WAS MIXED IN A (1:1) RATIO WITH RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.1 M KCL, 0.2 M AMMONIUM TARTRATE, 24% (W/V) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→89.78 Å / Num. obs: 93236 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 47.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
CSEARCH位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3H6O

3h6o


解像度: 2.3→78.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9387 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9129 / SU R Cruickshank DPI: 0.328 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.342 / SU Rfree Blow DPI: 0.22 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.221
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2262 4702 5.05 %RANDOM
Rwork0.1735 ---
obs0.1762 93185 97.91 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.1671 Å20 Å212.2442 Å2
2---7.3352 Å20 Å2
3----0.8318 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.337 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→78.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15595 0 110 1243 16948
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01215986HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0921668HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5639SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes362HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2435HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15986HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion5.88
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.04
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2188SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact20065SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2792 342 4.98 %
Rwork0.2255 6521 -
all0.2281 6863 -
obs--97.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.55690.8374-0.0260.84360.0860.65810.13980.2699-0.2798-0.2253-0.02530.08870.1163-0.0005-0.1145-0.08830.0744-0.0879-0.0151-0.0415-0.0158-10.84351.1122-3.0674
25.94373.1427-2.77798.3154-2.3074.74680.11110.08630.636-0.26780.1896-0.0426-0.4525-0.2844-0.3007-0.22570.10040.0253-0.23220.11040.1675-14.658636.14783.2208
31.9236-0.0140.04640.71590.04110.67310.11890.09760.01-0.0402-0.03830.11140.0269-0.0465-0.0806-0.13340.0385-0.0352-0.00730.05020.0323-11.021810.66517.0508
41.5392-0.49060.65782.3189-0.92791.37850.12250.146-0.2272-0.1339-0.08140.27120.18660.0776-0.0412-0.09840.0246-0.0872-0.1264-0.03620.1142-11.0214-14.66649.8698
53.12390.4394-0.24471.0286-0.1950.95620.21330.45530.5240.0385-0.1429-0.1887-0.23810.1125-0.0704-0.2580.06170.0286-0.06710.16290.031218.347925.9823.7271
61.6922-1.52882.51080.60072.59724.7239-0.11840.36940.1144-0.16110.1519-0.08230.2121-0.2115-0.03350.034-0.1628-0.09510.3040.1138-0.285912.09697.7072-29.0475
71.63170.3997-0.28021.140.05760.61550.03270.52270.0443-0.1979-0.0344-0.20520.08740.15830.0017-0.2130.09880.03880.14160.1054-0.025119.638414.5916-4.0154
82.64920.34780.63731.3965-0.34091.68710.09030.12020.31920.0835-0.0025-0.1641-0.10160.2389-0.0879-0.1910.00970.0017-0.0420.02320.092431.171919.104318.1173
91.75970.12760.50091.67110.25780.83510.0057-0.2154-0.2143-0.0398-0.00240.5480.1645-0.0152-0.0033-0.0580.0214-0.0703-0.16020.02980.070110.6005-35.955539.6262
103.07220.26430.16144.38010.78287.116-0.00130.2265-0.2296-0.21080.0885-0.52530.19580.6046-0.0872-0.18070.10480.0235-0.03750.0073-0.000946.0426-43.818539.6795
111.45760.27120.15212.32750.10730.75150.02520.1258-0.1669-0.25330.00620.09330.14190.1414-0.03140.0160.0312-0.1184-0.1332-0.0195-0.04122.2051-34.994332.2174
122.195-0.3910.67061.1613-0.24781.36520.0837-0.011-0.16130.1211-0.12360.17550.0604-0.11930.04-0.05790.0123-0.1295-0.1842-0.04080.1365-1.6752-29.631724.6565
131.99950.26220.87732.49670.23151.8156-0.0333-0.20310.15820.4673-0.049-0.37650.0280.09460.0824-0.0718-0.0215-0.1738-0.20650.0027-0.038539.6012-10.769946.5846
14-0.10253.0214-0.27074.0878-0.33424.8104-0.0883-0.1871-0.07590.11180.01230.00870.170.17690.0760.1154-0.147-0.03-0.1558-0.03920.008714.4334-22.39972.4863
151.62210.15580.2682.15670.42251.2694-0.0448-0.41320.22510.539-0.05840.0821-0.0384-0.07060.10320.0744-0.0288-0.1267-0.1495-0.0581-0.103926.9688-9.530152.0628
161.97420.32150.75022.7549-0.39210.94660.21060.0915-0.08650.3588-0.0144-0.43890.12650.1228-0.1962-0.06660.0062-0.1679-0.1683-0.03680.106238.0636.167835.495
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESIDUES 14-116
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESIDUES 117-218
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESIDUES 219-389
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESIDUES 390-700
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND RESIDUES 14-116
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND RESIDUES 117-218
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND RESIDUES 219-389
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND RESIDUES 390-600
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN C AND RESIDUES 14-116
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN C AND RESIDUES 117-218
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN C AND RESIDUES 219-389
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND RESIDUES 390-700
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN D AND RESIDUES 14-116
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN D AND RESIDUES 117-218
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN D AND RESIDUES 219-389
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN D AND RESIDUES 390-600

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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