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- PDB-4axh: Structure and mechanism of the first inverting alkylsulfatase spe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4axh
タイトルStructure and mechanism of the first inverting alkylsulfatase specific for secondary alkylsulfatases
要素SEC-ALKYLSULFATASE
キーワードHYDROLASE / REACTION MECHANISM / ZINC-DEPENDENT
機能・相同性
機能・相同性情報


(R)-specific secondary-alkylsulfatase (type III) / linear primary-alkylsulfatase activity / dodecyl sulfate metabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / protein dimerization activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alkyl sulfatase, dimerisation domain / Metallo-beta-lactamase domain / Alkyl/aryl-sulfatase Bds1/ SdsA1 , MBL-fold / Alkyl sulfatase dimerisation domain / Alkyl sulfatase, C-terminal / Alkyl/aryl-sulfatase, dimerisation domain superfamily / Alkyl sulfatase dimerisation / Alkyl sulfatase C-terminal / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A ...Alkyl sulfatase, dimerisation domain / Metallo-beta-lactamase domain / Alkyl/aryl-sulfatase Bds1/ SdsA1 , MBL-fold / Alkyl sulfatase dimerisation domain / Alkyl sulfatase, C-terminal / Alkyl/aryl-sulfatase, dimerisation domain superfamily / Alkyl sulfatase dimerisation / Alkyl sulfatase C-terminal / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / 4-Layer Sandwich / Alpha Horseshoe / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(R)-specific secondary-alkylsulfatase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS SP. DSM 6611 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Knaus, T. / Schober, M. / Faber, K. / Macheroux, P. / Wagner, U.G.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2012
タイトル: Structure and Mechanism of an Inverting Alkylsulfatase from Pseudomonas Sp. Dsm6611 Specific for Secondary Alkylsulfates.
著者: Knaus, T. / Schober, M. / Kepplinger, B. / Faccinelli, M. / Pitzer, J. / Faber, K. / Macheroux, P. / Wagner, U.
履歴
登録2012年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEC-ALKYLSULFATASE
B: SEC-ALKYLSULFATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,3167
ポリマ－147,9582
非ポリマー3585
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10360 Å2
ΔGint-217.9 kcal/mol
Surface area42910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.980, 141.980, 119.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.42219, 0.471121, -0.774468), (0.442004, -0.638918, -0.629616), (-0.791447, -0.608135, 0.061508)
ベクター: -63.607, 49.755, -17.38)

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要素

#1: タンパク質 SEC-ALKYLSULFATASE


分子量: 73979.016 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-660 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS SP. DSM 6611 (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: F8KAY7
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1.18076
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月21日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18076 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→19.93 Å / Num. obs: 36072 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 65.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.7→8.54 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.7→19.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9211 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8849 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.377
詳細: B32-B193, B261-B308, B336-B37 DEFINED AND WERE MODELLED AS NCS-MATES FROM MOLECULE A. IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=ZN. NUMBER OF ...詳細: B32-B193, B261-B308, B336-B37 DEFINED AND WERE MODELLED AS NCS-MATES FROM MOLECULE A. IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=ZN. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=10041. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=4. FOR ATOMS IN HIGHLY DISORDERED REGIONS AN OCCUPANCY OF 0.5 WAS CHOOSEN.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2659 1803 5.01 %RANDOM
Rwork0.2209 ---
obs0.2231 36015 93.54 %-
原子変位パラメータBiso mean: 77.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.3915 Å20 Å20 Å2
2---5.3915 Å20 Å2
3---10.783 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.443 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9813 0 9 136 9958
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0110128HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2313759HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3540SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes278HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1487HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10128HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.79
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.07
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1294SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11930SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.78 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3219 154 4.93 %
Rwork0.2812 2968 -
all0.2832 3122 -
obs--93.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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