PDB-2cfu: Crystal structure of SdsA1, an alkylsulfatase from Pseudomonas ae...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2cfu

タイトル

Crystal structure of SdsA1, an alkylsulfatase from Pseudomonas aeruginosa, in complex with 1-decane-sulfonic-acid.

要素

SDSA1

キーワード

HYDROLASE / SDS-HYDROLASE / SDSA1 / LACTAMASE

機能・相同性

機能・相同性情報

linear primary-alkylsulfatase / linear primary-alkylsulfatase activity / dodecyl sulfate metabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / protein dimerization activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Hagelueken, G. / Adams, T.M. / Wiehlmann, L. / Widow, U. / Kolmar, H. / Tuemmler, B. / Heinz, D.W. / Schubert, W.-D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006
タイトル: The Crystal Structure of Sdsa1, an Alkylsulfatase from Pseudomonas Aeruginosa, Defines a Third Class of Sulfatases.
著者: Hagelueken, G. / Adams, T.M. / Wiehlmann, L. / Widow, U. / Kolmar, H. / Tummler, B. / Heinz, D.W. / Schubert, W.-D.

履歴

登録	2006年2月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2011年9月28日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2cfu.cif.gz	156.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2cfu.ent.gz	123.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2cfu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2cfu_validation.pdf.gz	456.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2cfu_full_validation.pdf.gz	461.6 KB	表示
XML形式データ	2cfu_validation.xml.gz	30.1 KB	表示
CIF形式データ	2cfu_validation.cif.gz	46 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/2cfu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cf/2cfu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2cfzC 2cg2C 2cg3SC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2cg3-1 2cg2-1 5a23-2 2cfz-1 5aij-1 5a23-1 5ajl-d 320 4axh-d 5wzq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SDSA1

ヘテロ分子

73.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SDSA1

ヘテロ分子

A: SDSA1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
148 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.057, 86.057, 364.413
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	SDSA1 / PROBABLE BETA-LACTAMASE 分子量: 72673.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I5I9

-
非ポリマー , 5種, 549分子

#2: 化合物	ChemComp-1DB / 1-DECANE-SULFONIC-ACID / DECANE-1-SULFONIC ACID / 1-デカンスルホン酸分子量: 222.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₃S
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化	pH: 6 詳細: 12% PEG 4000,10 % ISO-PROPANOL, 200 MM LICL,100 MM CITRATE PH6, pH 6.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9001
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 68233 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CG3

2cg3

解像度: 1.9→74.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 5.701 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. RESIDUES 206-208 ARE DISORDERED AND WERE MODELLED BY WATER. CHAIN B 1-6.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.217	3232	5.1 %	RANDOM
R_work	0.171	-	-	-
obs	0.174	60052	98.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.65 Å²	-0.32 Å²	0 Å²
2-	-	-0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→74.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4906	0	76	537	5519

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	5403
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.482	1.976	7349
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.109	5	693
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.801	22.918	281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.307	15	884
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.82	15	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	773
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4290
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	2627
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	3643
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	549
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.051	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.171	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.148	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.436	2	3390
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.083	3	5259
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.902	2	2310
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.955	3	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	232	-
R_work	0.205	4305	-
obs	-	-	97.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 37.953 Å / Origin y: 23.049 Å / Origin z: 173.386 Å / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)
1	1.4389	0.633	0.1151	0.836	-0.3762	0.336	-0.0559	0.0288	0.1715	0.0475	-0.0008	0.0521	0.0699	0.0091	0.0567	-0.1371	0.0193	-0.0022	-0.1397	0.001	-0.1471
2	1.3519	0.8809	-0.0944	1.5434	0.4523	0.5096	-0.0403	0.1198	-0.0977	-0.0408	0.1458	-0.1243	0.0055	0.0083	-0.1055	-0.144	-0.0046	0.0114	-0.124	-0.0165	-0.1476
3	0.7123	0.4492	0.2602	1.7185	0.2308	0.5185	0.0154	-0.0183	0.042	-0.0821	0.0246	0.1431	-0.0344	0.0227	-0.04	-0.1527	-0.0036	-0.0087	-0.1334	0.0091	-0.1427
4	1.0322	0.468	-0.285	1.8416	0.2912	0.9759	-0.0571	0.0463	-0.067	0.0612	-0.016	0.1067	0.0706	-0.0497	0.0731	-0.1375	0.0148	-0.0004	-0.1393	-0.0078	-0.1431
5	0.6966	-0.3632	0.5501	0.2415	-0.0211	1.7893	0.0684	-0.1435	-0.0749	-0.0138	0.0529	0.0901	0.246	-0.1287	-0.1213	-0.141	0.0079	0.0045	-0.1432	-0.0006	-0.1439
6	0.5454	0.0346	0.1954	0.0498	0.1446	0.437	0.0233	-0.0295	-0.0457	0.023	0.0049	0.0293	0.0294	-0.0002	-0.0282	-0.1081	0.0039	0.0107	-0.1295	-0.014	-0.1223
7	0.3136	0.1048	0.018	0.9673	0.326	0.4172	-0.0006	-0.0537	0.0129	0.0596	-0.0876	0.1223	-0.0002	0.0097	0.0882	-0.1394	0.0078	0.0092	-0.1475	-0.0192	-0.1171
8	0.3339	0.0324	0.1053	0.2163	-0.0794	0.7453	0.0063	-0.0774	0.0169	0.0538	-0.0361	-0.0291	-0.1147	0.042	0.0298	-0.127	-0.0036	-0.0021	-0.1464	-0.0075	-0.1475
9	0.7063	0.1221	0.2891	0.5693	0.025	1.1377	-0.0359	-0.016	0.0481	0.0871	-0.0092	-0.0983	-0.1289	0.1718	0.045	-0.1246	-0.0092	-0.0015	-0.1474	-0.0057	-0.1508
10	2.9554	0.7827	-2.4224	0.6792	-0.0867	2.6379	0.1827	-0.6098	0.6416	-0.3551	-0.2802	0.8163	0.0055	0.0757	0.0976	-0.114	-0.0244	0.0007	-0.1543	-0.0121	-0.15
11	0.0941	-0.2146	0.1844	0.6041	-0.396	0.3666	0.0027	0.1756	0.2029	0.0045	0.1038	0.1043	-0.209	-0.1718	-0.1065	-0.1426	0.0066	0.0196	-0.0864	-0.1257	-0.0909
12	0.2403	-0.176	0.0553	1.0783	-1.4857	2.3218	0.0554	-0.0111	0.0396	0.0057	0.0163	0.1178	-0.112	0.1187	-0.0718	-0.1453	0.0149	0.0079	-0.1034	-0.1008	-0.1002
13	0.327	-0.702	0.4692	1.9714	-0.7712	0.7934	-0.0285	0.1178	0.1437	0.2623	0.4091	0.4687	-0.1919	-0.3462	-0.3806	-0.1444	0.0149	0.0039	-0.0341	-0.1499	-0.1013
14	0.3208	0.1961	-0.3869	0.2424	-0.048	0.7565	-0.1041	0.0828	0.2081	0.1557	-0.2161	-0.32	-0.1177	0.2044	0.3202	-0.1423	-0.009	0.0268	-0.0578	-0.1544	-0.0913
15	0.2052	-0.5317	0.4452	1.5005	-1.2666	1.0699	-0.2317	0.3612	0.4808	-0.0049	-0.1369	-0.1338	-0.5257	0.1776	0.3686	-0.0914	-0.0278	0.0854	-0.1023	-0.0966	-0.098

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	21 - 55
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	59 - 105
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	106 - 161
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	167 - 192
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	193 - 197
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	198 - 254
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	255 - 377
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	378 - 448
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	449 - 518
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	519 - 524
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	530 - 581
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	582 - 587
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	588 - 623
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	624 - 638
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	639 - 654

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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