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万見
- PDB-2yhe: Structure determination of the stereoselective inverting sec- alk... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yhe
タイトルStructure determination of the stereoselective inverting sec- alkylsulfatase Pisa1 from Pseudomonas sp.
要素SEC-ALKYL SULFATASE
キーワードHYDROLASE / INVERSION / METALLO-BETA-LACTAMASE FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


(R)-specific secondary-alkylsulfatase (type III) / linear primary-alkylsulfatase activity / dodecyl sulfate metabolic process / protein dimerization activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alkyl sulfatase, dimerisation domain / Metallo-beta-lactamase domain / : / Alkyl sulfatase dimerisation domain / Alkyl sulfatase, C-terminal / Alkyl/aryl-sulfatase, dimerisation domain superfamily / Alkyl/aryl-sulfatase Bds1/ SdsA1 , MBL-fold / Alkyl sulfatase dimerisation / Alkyl sulfatase C-terminal / SCP2 sterol-binding domain ...Alkyl sulfatase, dimerisation domain / Metallo-beta-lactamase domain / : / Alkyl sulfatase dimerisation domain / Alkyl sulfatase, C-terminal / Alkyl/aryl-sulfatase, dimerisation domain superfamily / Alkyl/aryl-sulfatase Bds1/ SdsA1 , MBL-fold / Alkyl sulfatase dimerisation / Alkyl sulfatase C-terminal / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / 4-Layer Sandwich / Alpha Horseshoe / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(R)-specific secondary-alkylsulfatase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS SP. DSM 6611 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kepplinger, B. / Faber, K. / Macheroux, P. / Schober, M. / Knaus, T. / Wagner, U.G.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2012
タイトル: Structure and Mechanism of an Inverting Alkylsulfatase from Pseudomonas Sp. Dsm6611 Specific for Secondary Alkylsulfates.
著者: Knaus, T. / Schober, M. / Kepplinger, B. / Faccinelli, M. / Pitzer, J. / Faber, K. / Macheroux, P. / Wagner, U.
履歴
登録2011年4月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references / Other / Source and taxonomy
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEC-ALKYL SULFATASE
B: SEC-ALKYL SULFATASE
C: SEC-ALKYL SULFATASE
D: SEC-ALKYL SULFATASE
E: SEC-ALKYL SULFATASE
F: SEC-ALKYL SULFATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)445,23524
ポリマ－443,8746
非ポリマー1,36118
水21,0051166
1
A: SEC-ALKYL SULFATASE
D: SEC-ALKYL SULFATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,4128
ポリマ－147,9582
非ポリマー4546
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10620 Å2
ΔGint-235.2 kcal/mol
Surface area42570 Å2
手法PISA
2
B: SEC-ALKYL SULFATASE
F: SEC-ALKYL SULFATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,4128
ポリマ－147,9582
非ポリマー4546
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10520 Å2
ΔGint-237.4 kcal/mol
Surface area41980 Å2
手法PISA
3
C: SEC-ALKYL SULFATASE
E: SEC-ALKYL SULFATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,4128
ポリマ－147,9582
非ポリマー4546
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10600 Å2
ΔGint-232.5 kcal/mol
Surface area41980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.734, 200.587, 245.332
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 30 - 663 / Label seq-ID: 30 - 663

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.249837, 0.764882, -0.593748), (-0.461621, -0.633111, -0.621351), (-0.851168, 0.11885, 0.51126)-60.9917, -120.7104, 56.5466
2given(-0.992313, -0.110024, -0.056662), (-0.1215, 0.953153, 0.277015), (0.023529, 0.281769, -0.959194)-76.4738, -3.5725, -8.7597
3given(-0.594236, 0.730788, 0.335906), (0.731135, 0.316785, 0.604226), (0.335151, 0.604645, -0.722549)-40.1734, -7.6862, 65.4187
4given(0.517677, 0.850888, -0.089446), (-0.7411, 0.393714, -0.543838), (-0.427529, 0.34782, 0.83441)-0.303, -70.0944, 43.8148
5given(-0.47255, -0.878411, 0.071346), (-0.845872, 0.42934, -0.316493), (0.247379, -0.209908, -0.945908)-72.9205, -55.982, -68.966

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要素

#1: タンパク質
SEC-ALKYL SULFATASE


分子量: 73979.016 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS SP. DSM 6611 (バクテリア)
プラスミド: PET-21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: F8KAY7
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.5
詳細: 4 MG/ML PISA1, 18 % W/V PEG 2000, 0.42 MM SODIUM ACETATE PH 4.5 .

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1.1806
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1806 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→19.91 Å / Num. obs: 102022 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 53.427 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SWISS MODEL SERVER

解像度: 2.7→19.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 13.063 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.358 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. LOOP 51-56 IS ILL-DEFINED IN ALL MOLECULES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23049 5090 5 %RANDOM
Rwork0.18252 ---
obs0.18492 96842 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.746 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.26 Å20 Å20 Å2
2--3.3 Å20 Å2
3----2.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29668 0 42 1166 30876
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02230512
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8341.95941436
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.92453859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.68424.4011445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.686155125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.39915201
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1640.24553
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02123457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.215008
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.220057
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.21686
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0870.220
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3511.519015
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.424230453
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.645311497
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it12.524.510955
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4806 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.310.5
2Bmedium positional0.350.5
3Cmedium positional0.460.5
4Dmedium positional0.350.5
5Emedium positional0.650.5
6Fmedium positional0.350.5
1Amedium thermal7.512
2Bmedium thermal8.352
3Cmedium thermal13.012
4Dmedium thermal6.972
5Emedium thermal6.332
6Fmedium thermal5.382
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 373 -
Rwork0.26 7002 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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