PDB-4avr: Crystal structure of the hypothetical protein Pa4485 from Pseudom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4avr

タイトル

Crystal structure of the hypothetical protein Pa4485 from Pseudomonas aeruginosa

要素

PA4485

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / GRAM-NEGATIVE BACTERIA / INFECTIOUS DISEASE / STRUCTURE-BASED INHIBITOR DESIGN

機能・相同性

機能・相同性情報

付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する / lytic endotransglycosylase activity / peptidoglycan metabolic process / cell wall organization
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA PA01 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.08 Å

データ登録者

McMahon, S.A. / Moynie, L. / Liu, H. / Duthie, F. / Alphey, M.S. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: The Aeropath Project Targeting Pseudomonas Aeruginosa: Crystallographic Studies for Assessment of Potential Targets in Early-Stage Drug Discovery.
著者: Moynie, L. / Schnell, R. / Mcmahon, S.A. / Sandalova, T. / Boulkerou, W.A. / Schmidberger, J.W. / Alphey, M.S. / Cukier, C. / Duthie, F. / Kopec, J. / Liu, H. / Jacewicz, A. / Hunter, W.N. / ...

履歴

登録	2012年5月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月23日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4avr.cif.gz	92.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4avr.ent.gz	73.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4avr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4avr_validation.pdf.gz	414.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4avr_full_validation.pdf.gz	414.6 KB	表示
XML形式データ	4avr_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	4avr_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/4avr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/4avr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xu8C 4avfC 4avyC 4b79C 4b7cC 4b7xC 4b9aC 4b9eC 4es6C 4etrC 4exaC 4exbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fi5-2 6usi-d 6us0-d 6l81-2 5yvk-d 1d2w-d 1c6m-d 1g0m-d 6unt-d 127l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PA4485

B: PA4485

21 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.978, 39.020, 41.870
Angle α, β, γ (deg.)	102.80, 103.48, 115.54
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	PA4485 分子量: 10487.896 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 32-125 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PA01 (緑膿菌) プラスミド: PEHISTEV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q9HVT6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	RESIDUES 1 - 30 OMITTED FROM FINAL CONSTRUCT AS PROPOSED TO BE SIGNAL PEPTIDE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.5 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.2M NACL AND 0.1M BIS-TRIS PH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.08→50 Å / Num. obs: 65937 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 38.7
反射シェル	解像度: 1.08→1.1 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 9.1 / % possible all: 88.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.08→37.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / SU B: 0.661 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17747	3501	5 %	RANDOM
R_work	0.14873	-	-	-
obs	0.15015	65937	91.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.625 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	-0.27 Å²	0.26 Å²
2-	-	-0.09 Å²	-0.22 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.08→37.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1447	0	0	204	1651

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.531	1.957	1986
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.357	3	2573
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.36	5	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	22.952	19.167	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.986	15	250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.127	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	360
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	10.058	3	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	22.173	5	62
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	9.609	5	2687

LS精密化シェル

解像度: 1.079→1.107 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.186	245	-
R_work	0.155	4649	-
obs	-	-	87.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1497	0.0879	-0.2963	0.1154	-0.3673	1.1735	0.0018	0.0128	0.0005	0.0068	0.0063	0.0023	-0.0177	-0.0182	-0.0081	0.0132	0.0117	-0.0053	0.0149	-0.002	0.0098	18.676	-13.818	6.467
2	0.1636	-0.1767	0.2235	4.3856	0.295	0.3739	0.004	0.0091	0.0141	0.1444	-0.0015	-0.1927	0.0223	0.0118	-0.0025	0.0165	0.0118	-0.0102	0.015	-0.0017	0.019	18.694	-16.076	23.136
3	0.0287	0.0236	-0.0214	0.1399	0.137	0.2342	0.0066	0.0011	0.008	-0.0032	0.0052	-0.0062	-0.0121	0.0064	-0.0118	0.0117	0.0105	-0.0024	0.0187	-0.0033	0.0168	18.132	-5.735	16.611
4	0.0878	0.2953	0.0272	1.4667	0.9895	1.7796	0.0006	-0.0009	0.0169	-0.0382	-0.0288	0.0623	-0.1058	-0.0822	0.0282	0.0168	0.0172	-0.0053	0.0199	-0.0023	0.014	11.147	-4.467	3.729
5	0.1508	-0.0935	-0.0795	0.2037	0.0564	0.3446	0.0031	0.0076	0.0006	-0.0138	-0.0097	0.0115	0.0023	-0.0386	0.0067	0.01	0.0113	-0.0021	0.0187	-0.0024	0.0141	13.966	-10.167	6.22
6	4.3203	-0.3422	2.3393	1.0463	-2.3994	6.0795	-0.0674	0.1048	-0.0618	-0.0209	-0.0823	-0.0801	0.0193	0.2094	0.1497	0.0165	0.0124	-0.0031	0.0256	0	0.0264	28.363	-16.229	7.768
7	0.2098	0.0587	-0.1434	0.0303	0.0223	0.3808	-0.0025	0.0061	-0.005	0.0018	-0.0062	-0.0002	0.0129	-0.0414	0.0087	0.0105	0.0098	-0.0047	0.0205	-0.002	0.0111	11.699	-15	10.397
8	0.0649	-0.0175	-0.1795	0.1795	-0.1605	0.7492	-0.0063	0.0119	0.0023	0.0125	0.0093	-0.0072	0.0069	-0.046	-0.0029	0.013	0.01	-0.0063	0.017	-0.0021	0.0091	14.721	-13.557	2.151
9	0.1168	-0.2696	-0.06	0.7339	0.012	1.538	-0.014	0.0059	-0.0108	0.036	0.0085	0.0177	0.0881	0.0853	0.0055	0.0147	0.0137	-0.0032	0.0223	-0.0004	0.016	14.955	-30.415	33.253
10	0.0946	0.0022	0.0089	0.2002	-0.1283	0.0868	-0.003	0.0043	0.0015	-0.0125	-0.0103	-0.0307	0.0107	0.0088	0.0133	0.0109	0.0127	-0.0038	0.0172	-0.0013	0.0177	24.884	-24.892	15.904
11	0.4059	-0.191	0.0498	0.2412	-0.0063	0.0081	0.0029	-0.0191	-0.0238	0.023	0.0028	-0.0187	0.0025	-0.0039	-0.0057	0.0113	0.0102	-0.0062	0.0196	0.0013	0.0158	24.335	-34.763	27.067
12	0.1613	-0.0736	-0.1342	0.0738	0.0908	0.1814	-0.0144	0.0242	-0.0154	0.0098	-0.0008	-0.003	0.0149	-0.0175	0.0152	0.0113	0.0083	-0.0022	0.0189	-0.0039	0.0155	15.92	-32.143	24.374
13	0.5857	3.8293	2.3796	25.0369	15.5592	9.6696	0.0408	0.142	-0.2375	0.2587	0.9167	-1.5402	0.1568	0.5656	-0.9574	0.1149	0.0825	-0.0903	0.1167	-0.092	0.1597	20.532	-19.576	30.512
14	0.0948	0.047	-0.1018	0.0897	-0.0472	0.1099	-0.0123	0.0045	-0.0042	-0.009	0.0056	-0.0027	0.0121	-0.0052	0.0067	0.0107	0.0107	-0.0045	0.0169	-0.0027	0.0116	13.475	-29.205	22.986

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 16
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	17 - 40
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	41 - 45
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	46 - 62
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	63 - 67
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	68 - 82
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	83 - 94
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	1 - 6
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	7 - 32
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	44 - 62
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	63 - 67
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	68 - 94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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