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万見
- PDB-6usi: Barrier-to-autointegration factor soaked in 1,6-hexanediol: 1 of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6usi
タイトルBarrier-to-autointegration factor soaked in 1,6-hexanediol: 1 of 14 in MSCS set
要素Barrier-to-autointegration factor
キーワードDNA BINDING PROTEIN / alpha helical / MSCS / minor groove binder
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein ADP-ribosylation / Nuclear Envelope Breakdown / mitotic nuclear membrane reassembly / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / negative regulation of type I interferon production / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / 2-LTR circle formation ...negative regulation of protein ADP-ribosylation / Nuclear Envelope Breakdown / mitotic nuclear membrane reassembly / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / negative regulation of type I interferon production / negative regulation of viral genome replication / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / chromosome organization / condensed chromosome / negative regulation of innate immune response / response to virus / DNA integration / nuclear envelope / chromatin organization / double-stranded DNA binding / response to oxidative stress / chromatin / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Barrier- to-autointegration factor, BAF / Barrier-to-autointegration factor, BAF superfamily / : / Barrier to autointegration factor / Barrier to autointegration factor
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / Barrier-to-autointegration factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.653 Å
データ登録者Agarwal, S. / Smith, M. / De La Rosa, I. / Kliment, A.V. / Swartz, P. / Segura-Totten, M. / Mattos, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Development of a structure-analysis pipeline using multiple-solvent crystal structures of barrier-to-autointegration factor.
著者: Agarwal, S. / Smith, M. / De La Rosa, I. / Verba, K.A. / Swartz, P. / Segura-Totten, M. / Mattos, C.
履歴
登録2019年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Barrier-to-autointegration factor
B: Barrier-to-autointegration factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2394
ポリマ－20,1472
非ポリマー922
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area8520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.650, 41.650, 214.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Barrier-to-autointegration factor / Breakpoint cluster region protein 1


分子量: 10073.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BANF1, BAF, BCRG1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O75531
#2: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.64 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 80 mM Tris pH 8.5, 16% Ethanol, 10% PEG-1450

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→40.884 Å / Num. obs: 23782 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.79
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / Rmerge(I) obs: 0.79 / Num. unique obs: 2285

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6URE

6ure


解像度: 1.653→40.884 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2079 2000 8.41 %
Rwork0.1708 --
obs0.174 23770 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 152.63 Å2 / Biso mean: 36.7373 Å2 / Biso min: 15.76 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.653→40.884 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1402 0 18 142 1562
Biso mean--60.38 38.58 -
残基数----177
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.6531-1.69440.33811380.26391499
1.6944-1.74030.29971410.23771531
1.7403-1.79150.23831380.22091506
1.7915-1.84930.27871390.21081511
1.8493-1.91540.23691400.20341523
1.9154-1.99210.22671400.19381526
1.9921-2.08270.2571420.19441545
2.0827-2.19250.22781400.18621528
2.1925-2.32990.19861420.17061546
2.3299-2.50980.19631410.17341537
2.5098-2.76230.23571450.17781574
2.7623-3.16190.20661450.17051579
3.1619-3.98310.20361480.15521613
3.9831-40.8840.16491610.14611752
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2159-0.10220.10670.0362-0.04160.0926-0.28530.1003-0.0578-0.50050.08290.2272-0.0992-0.048-0.00040.3197-0.1447-0.02780.24850.00350.25216.0918-0.0333-1.5552
20.01940.0068-0.01130.00690.00680.014-0.0809-0.189-0.10620.112-0.09310.1596-0.0896-0.037500.3121-0.16570.06970.3867-0.07540.26766.1354-8.18719.9948
30.06870.02850.03140.05140.08810.2082-0.01310.05640.07690.00080.08130.06710.4361-0.21280.00410.2689-0.07890.02440.1965-0.03670.207219.2298-8.826310.35
40.04210.05060.02950.0335-0.02360.05770.0120.0389-0.0336-0.07440.0370.01870.01280.09770.02050.2462-0.1380.02460.2453-0.0330.205222.4371-5.03691.4483
50.19930.13370.15820.82780.31460.5113-0.24120.0376-0.0345-0.270.255-0.3937-0.21610.26890.0470.0957-0.0471-0.00960.2967-0.04130.246634.78976.036820.0194
60.0280.0340.06450.09630.07980.09970.0039-0.1006-0.01520.0814-0.0140.02670.2175-0.03160.00010.1776-0.01770.02260.2104-0.03720.206224.61470.420417.7418
70.04030.0320.02830.024-0.01920.056-0.1065-0.3779-0.12550.26460.00330.1339-0.1471-0.056-00.2227-0.01180.02220.2993-0.02990.21324.21433.097328.7166
80.04440.0403-0.01930.0573-0.08350.08-0.1154-0.10530.0421-0.02520.20.0012-0.1150.00190.00130.2292-0.07040.00750.2784-0.03440.212825.819510.871618.9308
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 27 )A1 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 37 )A28 - 37
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 38 through 70 )A38 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 71 through 89 )A71 - 89
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 37 )B2 - 37
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 38 through 55 )B38 - 55
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 56 through 70 )B56 - 70
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 71 through 89 )B71 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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