PDB-4atv: STRUCTURE OF A TRIPLE MUTANT OF THE NHAA DIMER, CRYSTALLISED AT LOW PH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4atv

タイトル

STRUCTURE OF A TRIPLE MUTANT OF THE NHAA DIMER, CRYSTALLISED AT LOW PH

要素

NA(+)/H(+) ANTIPORTER NHAA

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORTER / SODIUM PROTON ANTIPORTER

機能・相同性

機能・相同性情報

response to alkaline pH / sodium:proton antiporter activity / cardiolipin binding / response to salt stress / regulation of intracellular pH / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Drew, D. / Lee, C. / Iwata, S. / Cameron, A.D.

引用

ジャーナル: J. Gen. Physiol. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the sodium-proton antiporter NhaA dimer and new mechanistic insights.
著者: Lee, C. / Yashiro, S. / Dotson, D.L. / Uzdavinys, P. / Iwata, S. / Sansom, M.S. / von Ballmoos, C. / Beckstein, O. / Drew, D. / Cameron, A.D.

履歴

登録	2012年5月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月29日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4atv.cif.gz	588 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4atv.ent.gz	496.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4atv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4atv_validation.pdf.gz	718.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4atv_full_validation.pdf.gz	747 KB	表示
XML形式データ	4atv_validation.xml.gz	52.9 KB	表示
CIF形式データ	4atv_validation.cif.gz	70.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/4atv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/4atv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4au5C 1zcd C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4au5-1 4au5-2 3fi1-1 3p2c-d 6n40-d 2p5t-2 3qom-1 2oaj-d 4ryy-d 4fgl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (4)

登録構造単位

A: NA(+)/H(+) ANTIPORTER NHAA

B: NA(+)/H(+) ANTIPORTER NHAA

C: NA(+)/H(+) ANTIPORTER NHAA

D: NA(+)/H(+) ANTIPORTER NHAA

ヘテロ分子

175 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NA(+)/H(+) ANTIPORTER NHAA

B: NA(+)/H(+) ANTIPORTER NHAA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: NA(+)/H(+) ANTIPORTER NHAA

D: NA(+)/H(+) ANTIPORTER NHAA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
87.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.760, 99.400, 140.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.35, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 10:383 )
2	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 10:383 )
1	1	2	CHAIN B AND (RESSEQ 10:383 )
2	1	2	CHAIN D AND (RESSEQ 10:383 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.299, 0.087, -0.95), (0.086, -0.989, -0.117), (-0.951, -0.117, 0.288)	69.34299, 6.84418, 51.63559
2	given	(-0.28, 0.782, 0.557), (0.77, -0.163, 0.616), (0.573, 0.602, -0.557)	4.09806, -27.26836, 32.98709
3	given	(-0.387, -0.864, 0.321), (-0.809, 0.152, -0.568), (0.443, -0.479, -0.758)	19.51491, 56.59236, 46.4568

#1: タンパク質	NA(+)/H(+) ANTIPORTER NHAA / SODIUM/PROTON ANTIPORTER NHAA / SODIUM PROTON ANTIPORTER NHAA 分子量: 43496.887 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PWALDO GFPE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P13738
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 糖	ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 109 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 277 TO GLY ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 109 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 277 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 296 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 109 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLN 277 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 296 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ALA 109 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLN 277 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LEU 296 TO MET ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ALA 109 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLN 277 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LEU 296 TO MET

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 3.8 詳細: 0.1 M SODIUM CITRATE PH 3.8, 0.1 M LIS04 AND 26% PEG 400 WITH 1% FACADE-EM AND 1% HEPTYL-THIOL-B-D-GLUCOSIDE AS ADDITIVES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9793
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月27日
放射	モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→56 Å / Num. obs: 37951 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.2 % / B_iso Wilson estimate: 157.22 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 22
反射シェル	解像度: 3.5→3.54 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 1.11 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 69.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PRELIMINARY MODEL

解像度: 3.5→56.98 Å / SU ML: 0.51 / σ(F): 1.31 / 位相誤差: 40.03 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: REBUILDING WAS CARRIED OUT WITH AVERAGED MAPS. SULPHATE AND DDM WERE TENTATIVELY MODELLED INTO DENSITY AT THE DIMER INTERFACE BUT THE DENSITY COULD EQUALLY WELL ARISE FROM BOUND LIPIDS ETC.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3127	4053	5.5 %
R_work	0.2866	-	-
obs	0.288	73588	94.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 80.592 Å² / k_sol: 0.22 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 214 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.7908 Å²	0 Å²	55.1858 Å²
2-	-	4.6336 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.1571 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→56.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11282	0	49	0	11331

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	11568
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.941	15775
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.822	3989
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	1960
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1902

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2791	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	C	2791	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.009
2	1	B	2791	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	D	2791	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.018

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5-3.5412	0.3663	103	0.434	1664	X-RAY DIFFRACTION	65
3.5412-3.5844	0.4282	111	0.4146	1748	X-RAY DIFFRACTION	69
3.5844-3.6297	0.3589	81	0.3881	1801	X-RAY DIFFRACTION	70
3.6297-3.6775	0.4206	76	0.3826	1776	X-RAY DIFFRACTION	70
3.6775-3.7278	0.378	33	0.3819	2256	X-RAY DIFFRACTION	83
3.7278-3.7811	0	0	0.3883	2632	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7811-3.8375	0.3647	413	0.369	2228	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8375-3.8975	0.3056	7	0.3799	2653	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8975-3.9613	0.3634	164	0.359	2461	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9613-4.0296	0.4121	169	0.3525	2496	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0296-4.1029	0.4051	2	0.3317	2679	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1029-4.1818	0.3862	354	0.343	2301	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1818-4.2671	0.2603	4	0.325	2690	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2671-4.3599	0.3415	325	0.3098	2309	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3599-4.4612	0	0	0.2822	2675	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4612-4.5728	0.284	277	0.2545	2378	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5728-4.6963	0.0554	2	0.2389	2674	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6963-4.8345	0.2567	272	0.2509	2361	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8345-4.9904	0.3639	123	0.2648	2572	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9904-5.1687	0.2916	110	0.2751	2551	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1687-5.3755	0.3591	200	0.2978	2476	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3755-5.6199	0.3374	192	0.2968	2484	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6199-5.9159	0.3363	94	0.2966	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9159-6.2861	0.3007	118	0.2864	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2861-6.7708	0.3152	214	0.2857	2480	X-RAY DIFFRACTION	99
6.7708-7.4508	0.2632	127	0.2464	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4508-8.5259	0.2203	159	0.1935	2522	X-RAY DIFFRACTION	100
8.5259-10.73	0.1981	175	0.1986	2505	X-RAY DIFFRACTION	99
10.73-56.9871	0.4135	148	0.3524	2447	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7354	-1.7578	0.072	3.3028	-0.1492	1.3679	0.4012	0.1947	0.1576	0.1369	-0.3561	0.7452	-0.1008	-0.7276	0.0001	1.3916	-0.062	-0.0156	1.2992	0.0218	1.4602	28.526	21.1995	8.3987
2	3.0765	-2.56	0.5623	5.9424	-1.2017	2.5921	-0.036	-0.4753	-0.1425	0.4835	-0.1973	0.1656	0.3501	0.1875	0.0002	1.4527	-0.0676	-0.0981	1.4475	0.0442	1.1941	55.0806	-12.2098	24.1058
3	4.8869	-4.7768	-0.8852	2.325	-1.5552	-0.3806	-0.5347	-0.457	-1.5549	0.5785	0.3619	1.1108	0.5272	0.4326	0.0077	2.1589	-0.2461	0.7015	2.172	-0.0868	1.8166	17.3593	-3.576	57.4091
4	5.2027	-1.1059	1.1464	6.167	-1.0164	0.9053	-0.1364	0.7025	0.0223	0.4953	0.1509	1.0905	-0.5972	-0.943	-0.0004	1.5502	0.0651	0.5375	2.0796	-0.3466	1.6582	-7.1121	31.993	43.2546

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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