PDB-4arp: Structure of the inactive pesticin E178A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4arp

タイトル

Structure of the inactive pesticin E178A mutant

要素

PESTICIN

キーワード

HYDROLASE / MURAMIDASE / INACTIVE MUTANT

機能・相同性

機能・相同性情報

lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

YERSINIA PESTIS (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.296 Å

データ登録者

Zeth, K. / Patzer, S.I. / Albrecht, R. / Braun, V.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
著者: Patzer, S.I. / Albrecht, R. / Braun, V. / Zeth, K.

履歴

登録	2012年4月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月30日	Group: Other
改定 1.2	2012年7月18日	Group: Other
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4arp.cif.gz	280.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4arp.ent.gz	229.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4arp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4arp_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4arp_full_validation.pdf.gz	446.2 KB	表示
XML形式データ	4arp_validation.xml.gz	28.6 KB	表示
CIF形式データ	4arp_validation.cif.gz	41.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/4arp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/4arp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4aqnSC 4arjC 4arlC 4armC 4arqC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4arl-2 4arl-1 6fne-1 6gmn-4 1oxv-1 4arm-2 1gt0-d 1oxu-2 5j19-d 1oxv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PESTICIN

B: PESTICIN

80.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PESTICIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PESTICIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.641, 127.829, 158.359
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PESTICIN 分子量: 40032.867 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) YERSINIA PESTIS (ペスト菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q57159
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 178 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 178 TO ALA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.41 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: pH 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→79 Å / Num. obs: 41466 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 7.7 % / B_iso Wilson estimate: 36.83 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.43 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AQN

4aqn

解像度: 2.296→79.18 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 24.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	2072	5 %
R_work	0.2112	-	-
obs	0.2134	41385	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 62.368 Å² / k_sol: 0.365 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.3705 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	14.5822 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.2117 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.296→79.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5396	0	0	304	5700

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.021	5695
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.177	7417
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.36	2057
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	820
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	969

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2955-2.3489	0.3577	129	0.3171	2449	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3489-2.4077	0.367	135	0.2787	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4077-2.4728	0.291	138	0.2568	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4728-2.5455	0.3079	135	0.2404	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5455-2.6277	0.2741	137	0.2394	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6277-2.7216	0.291	135	0.2199	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7216-2.8306	0.2753	138	0.2266	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8306-2.9594	0.2848	138	0.2221	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9594-3.1155	0.2884	137	0.2199	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1155-3.3107	0.2648	138	0.2144	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3107-3.5663	0.2345	139	0.2076	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5663-3.9251	0.2364	139	0.2002	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9251-4.4931	0.2326	141	0.1764	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4931-5.6606	0.2316	143	0.1716	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6606-79.2266	0.2258	150	0.2222	2833	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0592	-0.0933	-0.1147	0.0957	0.1284	0.1442	-0.1069	0.275	-0.0256	-0.4924	0.2152	-0.0037	0.2439	0.1848	0.0331	0.7846	0.1385	0.0351	1.0584	-0.3449	-0.0324	16.6497	-8.8716	-1.0529
2	0.5304	-0.1912	0.1113	0.0476	-0.0568	0.2715	-0.0233	0.0823	0.0594	0.0038	-0.0063	0.0092	-0.0261	0.0534	0.0095	0.2161	0.023	0.0058	0.2455	0.0112	0.2531	20.816	5.6703	32.689
3	0.5224	-0.0168	0.2209	0.5608	-0.0002	0.095	0.1221	-0.0156	-0.0436	0.0061	0.0708	0.0618	0.15	0.1138	-0.0855	0.7796	-0.0498	0.0901	0.842	0.1494	0.5563	-0.5223	21.4173	53.8058
4	0.3848	-0.0034	0.2412	0.0108	-0.0112	0.1606	0.0415	-0.1824	-0.0524	0.0789	-0.0251	-0.0239	-0.0126	0.0205	-0.0026	0.9051	0.1225	0.0205	0.4196	0.0861	0.3067	8.6394	23.4833	55.6463
5	0.0119	0.0152	0.0171	0.0812	-0.0409	0.0953	-0.0133	-0.0025	-0.0015	-0.0251	0.0144	0.0204	0.0175	-0.0065	-0.0104	1.0211	-0.0086	-0.1465	0.7559	0.0834	0.7263	15.6079	31.6498	61.8859
6	0.8264	0.0575	0.0626	0.4892	-0.0303	0.0192	-0.065	-0.4414	-0.019	0.4796	0.1448	0.1902	-0.2292	-0.2067	-0.0244	0.5086	0.0464	0.0657	0.4163	0.0285	0.2765	0.9011	35.8167	45.8422
7	0.2909	0.0686	-0.3609	0.284	0.0572	0.5282	0.0909	-0.0009	0.0779	0.0366	-0.0595	0.0331	-0.016	-0.1683	-0.0026	0.1893	-0.003	0.0129	0.2631	-0.0427	0.2246	-5.4228	44.249	19.6058
8	0.0681	0.0008	-0.0557	0.0423	-0.0124	0.1049	0.015	-0.0462	0.0031	-0.0661	0.0802	-0.0576	-0.0825	0.0319	-0.0146	0.1756	-0.0768	0.0417	0.2664	-0.0785	0.1395	-6.2272	41.2583	-0.3025
9	0.0625	0.0151	0.107	0.0419	0.0552	0.2174	0.0638	-0.0273	-0.0469	0.0007	0.0304	-0.046	-0.0213	0.0663	-0.0487	0.1456	-0.0182	-0.0118	0.2152	-0.0383	0.2033	-11.5699	28.473	9.9306
10	0.1896	0.0625	0.255	0.0783	0.0786	0.3484	0.0357	-0.1284	0.0327	-0.057	0.0341	0.0611	-0.0335	0.0005	-0.0021	0.2133	0.0091	0.0026	0.3513	-0.0393	0.2249	-17.0793	37.8998	0.8676
11	0.3645	0.0014	0.004	0.1177	0.0339	0.0165	0.0597	-0.0958	-0.0052	-0.0066	-0.0684	-0.0532	-0.021	-0.1208	-0.0023	0.15	-0.0004	-0.016	0.2997	-0.0122	0.2043	-1.239	33.8047	19.1113
12	0.2551	0.007	0.1519	0.1664	-0.1734	0.8984	-0.0555	0.2075	-0.0845	0.0436	-0.06	0.0323	-0.0821	0.1248	0.0403	0.0804	-0.011	-0.0066	0.1896	-0.0261	0.1312	9.6652	39.837	18.4298
13	0.053	-0.0362	0.088	0.1935	-0.0705	0.1629	0.0152	0.1927	0.0105	-0.0909	-0.0491	-0.1523	0.0298	0.0696	0.0242	0.1272	-0.0248	0.0139	0.3491	0.0159	0.2238	14.7972	48.6405	14.9169
14	0.1715	-0.0635	0.2265	0.1593	0.0016	0.3495	-0.061	0.0028	0.1646	0.0711	-0.0954	0.0158	-0.0484	-0.0368	0.0831	0.1772	0.0057	-0.0206	0.1798	-0.0524	0.2249	8.2299	51.876	22.3216

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 13:152)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 153:357)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND (RESSEQ 13:37)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESSEQ 38:65)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 66:75)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 76:165)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 166:182)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 183:200)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 201:236)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 237:252)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 253:277)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 278:310)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 311:336)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 337:357)

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