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万見
- PDB-6fne: Structure of human Brag2 (Sec7-PH domains) with the inhibitor Bra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fne
タイトルStructure of human Brag2 (Sec7-PH domains) with the inhibitor Bragsin bound to the PH domain
要素IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1
キーワードHYDROLASE / ARF GEF
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of keratinocyte migration / dendritic spine development / positive regulation of focal adhesion disassembly / regulation of ARF protein signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / synaptic vesicle / actin cytoskeleton organization / postsynaptic density / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding ...positive regulation of keratinocyte migration / dendritic spine development / positive regulation of focal adhesion disassembly / regulation of ARF protein signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / synaptic vesicle / actin cytoskeleton organization / postsynaptic density / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / centrosome / nucleoplasm / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
IQ motif and SEC7 domain-containing protein, PH domain / PH domain / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / IQ motif profile. / Pleckstrin homology domain. ...IQ motif and SEC7 domain-containing protein, PH domain / PH domain / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / IQ motif profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DY5 / IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Nawrotek, A. / Zeghouf, M. / Cherfils, J.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
INCA フランス
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: PH-domain-binding inhibitors of nucleotide exchange factor BRAG2 disrupt Arf GTPase signaling.
著者: Nawrotek, A. / Benabdi, S. / Niyomchon, S. / Kryszke, M.H. / Ginestier, C. / Caneque, T. / Tepshi, L. / Mariani, A. / St Onge, R.P. / Giaever, G. / Nislow, C. / Charafe-Jauffret, E. / ...著者: Nawrotek, A. / Benabdi, S. / Niyomchon, S. / Kryszke, M.H. / Ginestier, C. / Caneque, T. / Tepshi, L. / Mariani, A. / St Onge, R.P. / Giaever, G. / Nislow, C. / Charafe-Jauffret, E. / Rodriguez, R. / Zeghouf, M. / Cherfils, J.
履歴
登録2018年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年11月25日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: software / struct / Item: _software.name / _struct.title
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1
B: IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,4754
ポリマ－94,7852
非ポリマー6902
水32418
1
A: IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0823
ポリマ－47,3931
非ポリマー6902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3931
ポリマ－47,3931
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.912, 66.161, 218.823
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1 / ADP-ribosylation factors guanine nucleotide-exchange protein 100 / ADP-ribosylation factors guanine ...ADP-ribosylation factors guanine nucleotide-exchange protein 100 / ADP-ribosylation factors guanine nucleotide-exchange protein 2 / Brefeldin-resistant Arf-GEF 2 protein / BRAG2


分子量: 47392.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IQSEC1, ARFGEP100, BRAG2, KIAA0763 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6DN90
#2: 化合物 ChemComp-DY5 / (2~{S})-6-methyl-5-nitro-2-(trifluoromethyl)-2,3-dihydrochromen-4-one


分子量: 275.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H8F3NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 18% PEG 20000, 0.1 M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→65.9 Å / Num. all: 286171 / Num. obs: 21954 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 70.64 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.05 / Rsym value: 0.18 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.78 Å / Num. measured obs: 11487 / Num. unique all: 1099 / Num. unique obs: 11487 / Rpim(I) all: 0.46 / % possible all: 70

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
autoPROCデータ収集
STARANISOデータスケーリング
Cootモデル構築
BUSTER精密化
PHENIXモデル構築
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NLY

5nly


解像度: 2.501→63.33 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.53
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2798 1093 4.98 %RANDOM
Rwork0.2176 ---
obs0.2209 21952 64.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.501→63.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5635 0 47 18 5700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095788
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1367769
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.7063583
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055841
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061013
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5015-2.61530.3747150.3022209X-RAY DIFFRACTION5
2.6153-2.75320.3332360.3283661X-RAY DIFFRACTION17
2.7532-2.92570.2966660.29211213X-RAY DIFFRACTION31
2.9257-3.15160.3441150.29682448X-RAY DIFFRACTION61
3.1516-3.46880.36142020.26453981X-RAY DIFFRACTION99
3.4688-3.97060.29121940.22764019X-RAY DIFFRACTION100
3.9706-5.00230.24592070.18154083X-RAY DIFFRACTION100
5.0023-63.34990.25762580.19994245X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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