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万見
- PDB-4aqe: CRYSTAL STRUCTURE OF DEAFNESS ASSOCIATED MUTANT MOUSE CADHERIN-23... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aqe
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF DEAFNESS ASSOCIATED MUTANT MOUSE CADHERIN-23 EC1- 2S70P AND PROTOCADHERIN-15 EC1-2 FORM I
要素
  • CADHERIN-23
  • PROTOCADHERIN-15
キーワードCELL ADHESION / HEARING / DEAFNESS / CDH23 / PCDH15 / HETEROPHILIC
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cochlear hair cell ribbon synapse / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / kinocilium / photoreceptor ribbon synapse / inner ear auditory receptor cell differentiation / righting reflex ...detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cochlear hair cell ribbon synapse / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / kinocilium / photoreceptor ribbon synapse / inner ear auditory receptor cell differentiation / righting reflex / stereocilium bundle / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / stereocilium / non-motile cilium assembly / photoreceptor cell maintenance / auditory receptor cell stereocilium organization / adult walking behavior / inner ear morphogenesis / startle response / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / inner ear development / actin filament bundle assembly / cochlea development / photoreceptor outer segment / regulation of cytosolic calcium ion concentration / photoreceptor inner segment / visual perception / actin filament organization / morphogenesis of an epithelium / locomotory behavior / sensory perception of sound / response to calcium ion / multicellular organism growth / calcium ion transport / cell adhesion / synapse / calcium ion binding / centrosome / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3430 / : / PCDH15-like domain / Protocadherin-15 / Extracellular cadherin domain / Extracellular Cadherin domain / : / Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. ...Immunoglobulin-like - #3430 / : / PCDH15-like domain / Protocadherin-15 / Extracellular cadherin domain / Extracellular Cadherin domain / : / Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cadherin-23 / Protocadherin-15
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Sotomayor, M. / Weihofen, W. / Gaudet, R. / Corey, D.P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structure of a Force-Conveying Cadherin Bond Essential for Inner-Ear Mechanotransduction
著者: Sotomayor, M. / Weihofen, W. / Gaudet, R. / Corey, D.P.
履歴
登録2012年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22012年12月12日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CADHERIN-23
B: PROTOCADHERIN-15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,88411
ポリマ－51,3692
非ポリマー5159
水7,260403
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-35.2 kcal/mol
Surface area23840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.023, 40.866, 84.775
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2146-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CADHERIN-23 / OTOCADHERIN


分子量: 23866.471 Da / 分子数: 1 / 断片: EC1-2, RESIDUES 24-228 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99PF4
#2: タンパク質 PROTOCADHERIN-15


分子量: 27502.619 Da / 分子数: 1 / 断片: EC1-2, RESIDUES 27-259 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99PJ1

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非ポリマー , 4種, 412分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 70 TO PRO
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUE SERINE 70 (DATABASE NUMBERING) IS MUTATED TO PROLINE. NOTE SEQUENCE CONFLICT OF GENBANK NP_ ...RESIDUE SERINE 70 (DATABASE NUMBERING) IS MUTATED TO PROLINE. NOTE SEQUENCE CONFLICT OF GENBANK NP_001136218.1 AND EMBL-BANK CDS AAG53891.1 WITH Q99PJ1 (YED TO FEN)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES, 12% PEG 4000, PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97919
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→22.69 Å / Num. obs: 27207 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.27→2.33 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4APX

4apx


解像度: 2.27→22.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 11.058 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.N-TERMINAL METHIONINES ARE A CLONING ARTIFACT. ADDITIONAL C-TERMINAL HIS-TAGS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23873 1395 5.1 %RANDOM
Rwork0.17261 ---
obs0.17601 25732 98.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.144 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å20 Å2-0.36 Å2
2--1.68 Å20 Å2
3----1.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→22.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3503 0 20 403 3926
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.023614
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022368
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4041.9584945
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8833.0015798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2575448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.3124.973183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.28115573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9081523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214054
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02701
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.265→2.323 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 94 -
Rwork0.202 1582 -
obs--89.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8626-0.0480.65160.04280.06393.10790.0144-0.0625-0.07480.00380.06970.00350.0408-0.1555-0.08420.0303-0.002-0.01490.11640.01040.013628.255-5.43643.38
21.78260.38771.40290.12630.1052.3671-0.07110.19660.02050.00130.05430-0.01970.11110.01680.0507-0.0011-0.01180.08770.01190.011210.757-1.728-1.836
30.2545-0.1385-0.10120.3107-0.29952.9927-0.0317-0.0541-0.0525-0.04080.04480.0421-0.1311-0.0386-0.01310.04180.01610.00460.08230.01250.011712.85414.20626.166
40.6-0.1694-0.00330.4635-1.04083.61330.03910.00610.0206-0.0320.0324-0.00870.0304-0.0071-0.07150.01420.00520.00610.07220.00620.009515.670.82474.361
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 101
2X-RAY DIFFRACTION1A1207
3X-RAY DIFFRACTION1A1208
4X-RAY DIFFRACTION1A1209
5X-RAY DIFFRACTION2A102 - 208
6X-RAY DIFFRACTION2A1210
7X-RAY DIFFRACTION3B0 - 120
8X-RAY DIFFRACTION3B1238
9X-RAY DIFFRACTION3B1239
10X-RAY DIFFRACTION4B121 - 236
11X-RAY DIFFRACTION4B1240
12X-RAY DIFFRACTION4B1241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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