PDB-4aml: CRYSTAL STRUCTURE OF WHEAT GERM AGGLUTININ ISOLECTIN 1 IN COMPLEX...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4aml

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF WHEAT GERM AGGLUTININ ISOLECTIN 1 IN COMPLEX WITH GLYCOSYLURETHAN

要素

AGGLUTININ ISOLECTIN 1

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / SYNTHETIC CARBOHYDRATE LIGAND / PROTEIN CARBOHYDRATE INTERACTION / LECTIN / CHITIN-BINDING / CARBOHYDRATE BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

chitin binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

TRITICUM AESTIVUM (コムギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Schwefel, D. / Maierhofer, C. / Beck, J.G. / Seeberger, S. / Diederichs, K. / Moeller, H.M. / Welte, W. / Wittmann, V.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Structural Basis of Multivalent Binding to Wheat Germ Agglutinin.
著者: Schwefel, D. / Maierhofer, C. / Beck, J.G. / Seeberger, S. / Diederichs, K. / Moller, H.M. / Welte, W. / Wittmann, V.

履歴

登録	2012年3月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2012年4月4日	ID: 2UWG
改定 1.0	2012年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年3月11日	Group: Derived calculations / Other / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_status / struct_conn Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2020年6月3日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_sheet_hbond / struct_conf ...pdbx_struct_sheet_hbond / struct_conf / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site Item: _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id ..._pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_sheet.id / _struct_sheet_order.sheet_id / _struct_sheet_range.sheet_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4aml.cif.gz	138.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4aml.ent.gz	111.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4aml.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4aml_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4aml_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	4aml_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	4aml_validation.cif.gz	26.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/4aml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/4aml	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2uvoC 2x3tC 2x52C 7wgaS 1wgc 2cwg C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2x3t-1 2uvo-2 9wga-3 1k7t-d 1k7u-d 2x3t-2 1k7v-d 1k7v-2 9wga-1 2wgc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AGGLUTININ ISOLECTIN 1

B: AGGLUTININ ISOLECTIN 1

ヘテロ分子

35.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.250, 63.250, 153.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	AGGLUTININ ISOLECTIN 1 / ISOLECTIN A / WGA1 分子量: 17124.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) / 参照: UniProt: P10968
#2: 糖	ChemComp-GYU / 2-acetamido-2-deoxy-1-O-(propylcarbamoyl)-alpha-D-glucopyranose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-1-O-(PROPYLCARBAMOYL)-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE / N-acetyl-1-O-(propylcarbamoyl)-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-1-O-(propylcarbamoyl)-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-1-O-(propylcarbamoyl)-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-1-O-(propylcarbamoyl)-glucose タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₂N₂O₇
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE PRECURSOR IS PROCESSED TO THE MATURE PROTEIN COMPRISING AMINO ACID RESIDUES 27 TO 197. RESIDUE ...THE PRECURSOR IS PROCESSED TO THE MATURE PROTEIN COMPRISING AMINO ACID RESIDUES 27 TO 197. RESIDUE 27 IS MODIFIED TO PYROGLUTAMIC ACID.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.44 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.04 M POTASSIUM PHOSPHATE 14 % PEG 8000 20 % GLYCEROL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→10 Å / Num. obs: 46032 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.53 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.38
反射シェル	解像度: 1.6→1.65 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.52 / % possible all: 89.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 7WGA

7wga

解像度: 1.6→54.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 3.836 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23194	2317	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19645	-	-	-
obs	0.19819	43469	95.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.462 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.5 Å²	0.75 Å²	0 Å²
2-	-	1.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→54.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2329	0	96	245	2670

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.019	2518
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.119	1.982	3385
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.191	5	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.052	25.417	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.784	15	337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.433	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.139	0.2	311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	1950
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	134	-
R_work	0.264	2376	-
obs	-	-	75.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0918	4.6384	1.5336	10.3034	3.4404	2.6713	-0.0365	0.0161	0.0248	0.0157	0.0101	0.0236	0.1851	-0.1108	0.0264	0.2356	-0.0798	-0.0306	0.0833	-0.0318	0.1524	-22.5706	17.2753	5.2975
2	1.1895	0.5027	0.04	0.7613	-0.0016	1.1892	-0.1391	-0.0071	-0.0243	-0.1023	0.0741	0.0069	0.0219	0.0541	0.065	0.1981	-0.0754	0.0068	0.0463	0.0033	0.1379	-16.9517	19.7657	3.6199
3	2.038	0.773	-2.1985	3.0177	-0.7326	3.3091	-0.0501	0.1389	0.1187	-0.1886	0.1512	0.1856	-0.0282	-0.1036	-0.1011	0.2187	-0.1125	0.0014	0.0646	-0.0001	0.1472	-17.3082	25.6896	-1.5031
4	0.4889	0.8026	-0.5809	1.8582	-0.3653	1.3932	0.0449	-0.0234	0.0663	0.1665	-0.0109	0.1088	-0.0346	0.1068	-0.034	0.1707	-0.0881	0.0164	0.0571	-0.0092	0.1408	-12.3183	34.1255	10.5917
5	1.658	-0.0827	0.5256	0.917	-0.2828	1.3891	0.0567	-0.0583	0.0526	0.1697	-0.0711	-0.0004	-0.0274	0.3448	0.0144	0.2305	-0.1143	-0.0122	0.1607	-0.0026	0.1292	-2.8559	33.9273	14.4249
6	2.0079	0.9448	-1.502	5.3179	-0.5973	5.3025	0.2538	-0.1099	0.3515	0.4285	-0.1717	0.1928	-0.6272	0.2349	-0.082	0.3129	-0.0811	-0.0025	0.1254	-0.0459	0.0881	-6.3803	29.5382	30.9215
7	6.5793	0.0975	2.7671	3.1825	1.4794	5.16	-0.1141	-0.1893	0.1407	0.4332	0.0499	0.0344	-0.1669	0.4824	0.0642	0.2459	-0.0643	-0.0086	0.174	0.0041	0.0432	-3.5747	22.5898	28.4979
8	2.1712	0.7686	-0.3105	0.8499	0.0844	3.2404	0.0482	-0.4019	-0.0697	0.3558	-0.1775	-0.1442	0.1656	0.4832	0.1293	0.2436	-0.0097	-0.0511	0.1707	0.0373	0.0457	-3.256	18.5695	29.2
9	8.4983	-0.9638	-5.6062	0.1501	1.3003	14.8533	-0.0839	-0.3807	-0.2556	0.0316	-0.0004	0.0207	0.1696	-0.5998	0.0843	0.3015	-0.055	0.0222	0.2941	0.0787	0.0484	-17.2938	11.5363	40.4299
10	6.9927	0.0525	1.3117	0.672	1.9311	6.181	-0.1087	-0.2876	-0.1105	0.1615	-0.1345	0.075	0.4085	-0.6923	0.2432	0.2106	-0.0493	0.079	0.2056	-0.0362	0.0445	-21.5969	13.6788	30.4064
11	2.0195	0.4692	1.689	2.4548	0.8441	3.3912	-0.054	0.0365	0.0025	-0.057	0.0141	0.2127	0.3287	0.2108	0.0399	0.234	-0.0175	0.0279	0.0446	0.015	0.1192	-14.4905	12.2649	11.0058
12	3.8575	0.8114	2.5088	4.6845	4.1549	6.313	0.1436	-0.3481	-0.3165	0.1545	-0.1481	0.1418	0.6391	-0.1455	0.0046	0.2907	-0.011	0.042	0.0604	0.0516	0.1292	-15.7784	6.9591	16.6366
13	2.2943	0.8949	-0.5832	1.6066	0.4581	5.4076	-0.0559	-0.445	-0.2402	0.1409	-0.1386	-0.0499	0.6307	0.0038	0.1945	0.32	0.0042	0.0387	0.1408	0.055	0.1433	-12.2877	7.4556	22.8404
14	2.3217	0.9486	1.3243	1.1147	-0.2069	1.7024	-0.1048	0.2626	-0.0791	-0.1671	-0.0098	-0.0759	0.1864	0.4757	0.1147	0.2024	0.1161	0.0747	0.3013	0.0959	0.1082	1.0127	14.7114	15.7715
15	1.451	0.8457	-1.3139	5.5791	-4.2117	3.5491	-0.0302	-0.1952	-0.086	0.0472	-0.1934	-0.2412	-0.0361	0.3149	0.2236	0.0754	-0.0804	-0.0442	0.2967	0.0672	0.0919	5.7988	24.9928	14.1828
16	1.9523	0.3565	-3.8977	0.1273	-0.7928	7.9397	-0.2824	-0.4942	-0.1846	-0.0627	-0.252	-0.1094	0.5756	1.1061	0.5343	0.1286	0.0339	0.1374	0.4637	0.1097	0.2877	8.725	28.514	-1.5842
17	0.5456	0.2103	-0.3845	2.033	-0.7478	1.4772	-0.0428	-0.0686	0.0132	-0.1416	-0.025	-0.0566	0.1041	0.282	0.0678	0.1553	-0.0795	0.0178	0.1227	0.0042	0.1205	-1.5329	31.0781	-1.3151
18	3.5164	-1.2092	1.7366	0.4267	-0.1212	21.8274	-0.1285	0.36	0.2697	0.0566	-0.105	-0.0895	0.0679	0.0905	0.2335	0.3462	-0.2614	0.0214	0.215	0.0053	0.056	-8.414	27.1738	-19.5295
19	1.9236	1.5464	-0.4953	2.7739	0.0075	3.6894	-0.2856	0.3528	-0.0677	-0.2417	0.3361	0.0828	0.1701	0.1469	-0.0505	0.2926	-0.1629	0.0476	0.1362	-0.0366	0.0437	-8.7011	21.7018	-12.6407
20	4.0409	-0.2409	-0.6923	4.6495	0.2374	0.1332	-0.3319	0.514	-0.385	-0.1605	0.302	-0.1988	0.0866	-0.0814	0.03	0.3882	-0.1806	0.0385	0.1585	-0.1014	0.1064	-10.5879	14.8965	-15.1191

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	7 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	26 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	38 - 66
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	67 - 86
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	87 - 99
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	100 - 107
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	108 - 129
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	130 - 139
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	140 - 171
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	1 - 16
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	17 - 25
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	26 - 34
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	35 - 72
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	73 - 86
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	87 - 96
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	97 - 129
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	130 - 135
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	136 - 159
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	160 - 170

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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