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- PDB-4amk: Fab fragment of antiporphrin antibody 13g10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4amk
タイトルFab fragment of antiporphrin antibody 13g10
要素
  • FAB13G10, HEAVY CHAIN
  • FAB13G10, LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / 13G10 / METALLOPORPHYRIN / CATALYTIC ANTIBODY / PEROXIDASE
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Mahy, J.P. / Golinelli-Pimpaneau, B.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Two Anti-Porphyrin Antibodies with Peroxidase Activity.
著者: Munoz Robles, V. / Marechal, J. / Bahloul, A. / Sari, M. / Mahy, J. / Golinelli-Pimpaneau, B.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1996
タイトル: Artificial Peroxidase-Like Hemoproteins Based on Antibodies Constructed from a Specifically Designed Ortho-Carboxy Substituted Tetraarylporphyrin Hapten and Exhibiting a High Affinity for Iron-Porphyrins.
著者: Quilez, R. / De Lauzon, S. / Desfosses, B. / Mansuy, D. / Mahy, J.P.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1999
タイトル: Studies of the Reactivity of Artificial Peroxidase-Like Hemoproteins Based on Antibodies Elicited Against a Specifically Designed Ortho-Carboxy Substituted Tetraarylporphyrin.
著者: De Lauzon, S. / Desfosses, B. / Mansuy, D. / Mahy, J.P.
履歴
登録2012年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月22日Group: Database references
改定 1.22015年3月4日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: FAB13G10, HEAVY CHAIN
L: FAB13G10, LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9306
ポリマ－45,6292
非ポリマー3014
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-29.9 kcal/mol
Surface area18810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.800, 62.750, 113.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 FAB13G10, HEAVY CHAIN


分子量: 22877.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: MURINE HYBRIDOMA
#2: 抗体 FAB13G10, LIGHT CHAIN


分子量: 22751.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: MURINE HYBRIDOMA
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 26.5 % PEG 2000, 0.2 M MGCL2, 0.1 M TRIS PH 8.5, 10% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月8日
放射モノクロメーター: 0.97 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→25 Å / Num. obs: 23580 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 42.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1MFA AND 1MFE

1mfa

1mfe


解像度: 2.05→20 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE SIDE CHAINS OF SER L32, SER L95 AND GLN H196, WHICH WERE NOT OBSERVED IN THE ELECTRON DENSITY, WERE MODELLED AS ALANINES.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2751 1116 4.5 %RANDOM
Rwork0.2244 ---
obs0.2244 23227 93.9 %-
溶媒の処理Bsol: 69.7339 Å2 / ksol: 0.397451 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.846 Å20 Å2-1.798 Å2
2---9.308 Å20 Å2
3---3.462 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3170 0 19 188 3377
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007712
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.52199
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.08 Å / Total num. of bins used: 22 /
Rfactor反射数
Rfree0.451 57
Rwork0.339 986
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: GOL.PAR / Topol file: GOL.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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