ソフトウェア 名称 バージョン 分類 PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化 XDSデータ削減 XDSデータスケーリング PHASER位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB ENTRY 2XLK解像度 : 2→81.508 Å / SU ML : 0.28 / σ(F) : 2 / 位相誤差 : 22.45 / 立体化学のターゲット値 : MLRfactor 反射数 %反射 Rfree 0.2382 797 5 % Rwork 0.1829 - - obs 0.1857 15934 99.69 %
溶媒の処理 減衰半径 : 0.86 Å / VDWプローブ半径 : 1.1 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol : 52.346 Å2 / ksol : 0.438 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 33.8 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 2.4691 Å2 0 Å2 4.8929 Å2 2- - 0.6628 Å2 0 Å2 3- - - -3.1319 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2→81.508 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1455 348 6 128 1937
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.012 1891 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d1.328 2649 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d13.504 744 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.119 302 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.007 289
LS精密化 シェル 解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Refine-ID % reflection obs (%)2-2.1253 0.2678 140 0.2088 2477 X-RAY DIFFRACTION 100 2.1253-2.2894 0.2666 132 0.2023 2523 X-RAY DIFFRACTION 100 2.2894-2.5198 0.2759 127 0.1902 2508 X-RAY DIFFRACTION 100 2.5198-2.8845 0.2805 131 0.1813 2522 X-RAY DIFFRACTION 100 2.8845-3.6342 0.2334 134 0.16 2523 X-RAY DIFFRACTION 100 3.6342-81.5754 0.2015 133 0.1849 2584 X-RAY DIFFRACTION 99
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 3) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.0742 0.0263 -0.0175 0.0739 0.0304 0.0766 -0.088 0.0753 0.0202 -0.0257 0.0601 0.0533 0.0254 -0.0052 -0.0468 0.0522 -0.0136 -0.0164 0.0507 -0.0017 0.0967 10.6812 1.5931 28.39 2 0.0136 0.0057 -0.0012 0.003 -0.0004 0.0001 0.0112 0.0035 -0.0257 -0.0031 -0.0163 -0.0184 0.0095 -0.0146 0.0006 0.4768 0.0163 0.097 0.3563 -0.1053 0.2249 20.795 -15.148 1.4079 3 0.0339 -0.0093 -0.0192 0.019 -0.0127 0.0342 0.0227 0.035 0.0052 -0.091 -0.0138 -0.011 0.0398 0.0193 0.0285 0.3278 -0.0833 0.1397 0.4569 -0.0268 0.13 17.9045 -5.6665 6.5232
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details 1 X-RAY DIFFRACTION 1 CHAIN A AND (RESID -1:104 OR RESID 139:187) 2 X-RAY DIFFRACTION 2 CHAIN A AND (RESID 105:138)3 X-RAY DIFFRACTION 3 CHAIN B