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万見
- PDB-2p58: Structure of the Yersinia pestis Type III secretion system needle... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p58
タイトルStructure of the Yersinia pestis Type III secretion system needle protein YscF in complex with its chaperones YscE/YscG
要素
  • Putative type III secretion protein YscE
  • Putative type III secretion protein YscF
  • Putative type III secretion protein YscG
キーワードTRANSPORT PROTEIN/CHAPERONE / type III secretion system / needle protein / YscE / YscF / YscG / TRANSPORT PROTEIN-CHAPERONE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / cell surface / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type III secretion system YscG / Bacterial type III secretion system chaperone protein / Type III secretion system, secretion protein E / Type III secretion system, cytoplasmic E component of needle / Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily / Type III secretion needle MxiH, YscF, SsaG, EprI, PscF, EscF / Type III secretion system, needle protein / Immunoglobulin FC, subunit C / Tetratricopeptide repeat domain ...Type III secretion system YscG / Bacterial type III secretion system chaperone protein / Type III secretion system, secretion protein E / Type III secretion system, cytoplasmic E component of needle / Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily / Type III secretion needle MxiH, YscF, SsaG, EprI, PscF, EscF / Type III secretion system, needle protein / Immunoglobulin FC, subunit C / Tetratricopeptide repeat domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 3 secretion system chaperone YscG / Type 3 secretion system needle filament protein / Type 3 secretion system chaperone YscE / Type 3 secretion system chaperone YscG / Type 3 secretion system needle filament protein / Type 3 secretion system chaperone YscE
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sun, P. / Austin, B.P. / Tropea, J.E. / Waugh, D.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural characterization of the Yersinia pestis type III secretion system needle protein YscF in complex with its heterodimeric chaperone YscE/YscG.
著者: Sun, P. / Tropea, J.E. / Austin, B.P. / Cherry, S. / Waugh, D.S.
履歴
登録2007年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative type III secretion protein YscE
B: Putative type III secretion protein YscF
C: Putative type III secretion protein YscG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4503
ポリマ－30,4503
非ポリマー00
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-40.9 kcal/mol
Surface area10400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.500, 94.540, 31.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Putative type III secretion protein YscE


分子量: 7673.239 Da / 分子数: 1 / 断片: YscE: Residues 10-63 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO-92, Biovar Orientalis / 遺伝子: yscE, YPCD1.54, pCD29 / プラスミド: pBA1578 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q7ARI1, UniProt: O68692*PLUS
#2: タンパク質 Putative type III secretion protein YscF


分子量: 9463.414 Da / 分子数: 1 / 断片: YscF: Residues 50-87 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO-92, Biovar Orientalis / 遺伝子: yscF, YPCD1.55, pCD28 / プラスミド: pYscF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q7ARI0, UniProt: O68691*PLUS
#3: タンパク質 Putative type III secretion protein YscG


分子量: 13313.736 Da / 分子数: 1 / 断片: YscG: Residues 3-114 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO-92, Biovar Orientalis / 遺伝子: yscG, YPCD1.56, pCD27 / プラスミド: pBA1578 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q7ARH9, UniProt: O68690*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.835 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.967 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium fluoride, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97928 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月14日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97928 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.5 % / Av σ(I) over netI: 16.2 / 数: 136238 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 1.1 / D res high: 1.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 21105 / % possible obs: 98.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.885099.210.081.0736.4
3.083.8896.510.0851.0666.5
2.693.0810010.0961.0797
2.442.6910010.1161.0877.1
2.272.4499.910.131.1836.9
2.132.2795.510.151.0925.9
2.032.1310010.1881.017.1
1.942.0310010.261.1426.9
1.861.9499.910.3641.1256
1.81.8695.110.3691.1594.6
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 21105 / Num. obs: 21105 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 4.28 / Num. unique all: 1992 / Χ2: 1.139 / % possible all: 95.1

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.79 Å / D res low: 37.15 Å / FOM : 0.266 / FOM acentric: 0.287 / FOM centric: 0 / 反射: 37531
Phasing MAD setR cullis: 0.748 / R cullis acentric: 0.713 / R cullis centric: 10 / R kraut: 0.051 / R kraut acentric: 0.053 / R kraut centric: 0.028 / 最高解像度: 1.79 Å / 最低解像度: 37.15 Å / FOM : 0.273 / FOM acentric: 0.295 / FOM centric: 0 / Loc: 11.036 / Loc acentric: 10.958 / Loc centric: 12.109 / Power: 1.313 kW / Power acentric: 1.293 / Power centric: 1.497
Phasing MAD set shell

ID: fobs_FRIED / R cullis centric: 10 / FOM centric: 0

解像度 (Å)R cullisR cullis acentricR krautR kraut acentricR kraut centricFOM FOM acentricLocLoc acentricLoc centricPower (kW)Power acentricPower centric
3.58-37.150.7130.6560.0340.0360.0240.2990.35316.96316.9917.1131.5181.4861.682
2.84-3.580.7150.6830.0390.040.0280.3310.36312.53112.53712.5851.4861.4881.468
2.48-2.840.6890.6640.0460.0480.0310.3480.37510.17310.17510.1991.4761.4681.579
2.26-2.480.7240.70.0520.0530.0320.3230.3459.3729.3759.4011.351.3461.407
2.09-2.260.8010.7770.060.0620.0330.2630.289.4819.4829.4971.0981.0971.105
1.97-2.090.8340.8110.0720.0730.0350.2390.2529.2489.2519.2820.9870.9870.986
1.87-1.970.8630.8390.1040.1060.0480.1810.19110.10510.10710.1340.7890.7840.873
1.79-1.870.8640.8430.1220.1260.0470.1440.15110.1810.18210.2070.7110.710.736
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1-13.709-24.446-1.086118.651
2-3.391-19.336-5.497219.491
3-4.718-0.168-13.206313.721
4-6.449-26.777-2.585421.841
5-9.978-34.925-0.1526.351
6-36.568-41.098-16.74631.181
7-17.506-11.229-0.64759.651
8-16.071-10.447-5.563839.211
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射
3.58-37.150.30520.356604844
2.84-3.580.33090.362705016
2.48-2.840.34790.374405059
2.26-2.480.3150.336104779
2.09-2.260.25330.268304726
1.97-2.090.23150.244104794
1.87-1.970.16990.178904593
1.79-1.870.13090.13703720
Phasing dmDelta phi final: 38.29 / Delta phi initial: 55.48 / FOM : 0.806 / Mask type: RMS / 手法: FLIP / 反射: 39726
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
4.8-5017.2040.7282095
3.81-4.819.730.8862097
3.33-3.8127.5650.9062087
3.03-3.3327.6890.842089
2.81-3.0328.6080.8362104
2.64-2.8129.5140.8392071
2.51-2.6428.4510.8292099
2.4-2.5131.1510.8232092
2.31-2.436.0780.8182094
2.23-2.3139.850.8542059
2.16-2.2342.8490.7992138
2.1-2.1640.7560.7872070
2.04-2.144.2130.782107
1.99-2.0446.8640.7532080
1.95-1.9949.8830.7382082
1.91-1.9553.9970.7072107
1.87-1.9155.3570.7762057
1.83-1.8754.9480.7642076
1.8-1.8352.9090.8552122

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2214 2001 9.4 %random
Rwork0.1901 ---
all0.1901 20372 --
obs0.1901 20372 95.8 %-
溶媒の処理Bsol: 41.347 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 27.677 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.365 Å20 Å20 Å2
2--3.483 Å20 Å2
3---4.883 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1632 0 0 227 1859
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4761.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.7522
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2242
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.1692.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.021
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 174 -
Rwork0.221 --
obs-1992 87.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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