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- PDB-4aky: CRYSTAL STRUCTURE OF VIRB8 FROM BRUCELLA SUIS IN COMPLEX WITH INT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aky
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF VIRB8 FROM BRUCELLA SUIS IN COMPLEX WITH INTERACTION INHIBITOR 2-(butylamino)-8-quinolinol
要素TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8
キーワードTRANSPORT PROTEIN / BACTERIAL TYPE IV SECRETION
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type IV secretion system / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
VirB8 protein / Type IV secretion system protein VirB8/PtlE / Bacterial virulence protein VirB8 / VirB8 protein / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(butylamino)quinolin-8-ol / Type IV secretion system protein virB8
類似検索 - 構成要素
生物種BRUCELLA SUIS (ブタ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Coincon, M. / Smith, M.A. / Sygusch, J. / Baron, C.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Identification of the Binding Site of Brucella Virb8 Interaction Inhibitors.
著者: Smith, M.A. / Coincon, M. / Paschos, A. / Jolicoeur, B. / Lavallee, P. / Sygusch, J. / Baron, C.
履歴
登録2012年2月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8
B: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8
C: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8
D: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8
E: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,76210
ポリマ－77,6815
非ポリマー1,0815
水8,647480
1
A: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7522
ポリマ－15,5361
非ポリマー2161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7522
ポリマ－15,5361
非ポリマー2161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7522
ポリマ－15,5361
非ポリマー2161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7522
ポリマ－15,5361
非ポリマー2161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7522
ポリマ－15,5361
非ポリマー2161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)198.440, 198.440, 103.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2005-

HOH

21B-2014-

HOH

31B-2042-

HOH

41B-2081-

HOH

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要素

#1: タンパク質
TYPE IV SECRETION SYSTEM PROTEIN VIRB8 / VIRB8


分子量: 15536.107 Da / 分子数: 5 / 断片: 97-234 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BRUCELLA SUIS (ブタ流産菌) / プラスミド: PET24D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q7CEG3
#2: 化合物
ChemComp-4LL / 2-(butylamino)quinolin-8-ol / 2-(ブチルアミノ)-8-キノリノ-ル


分子量: 216.279 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H16N2O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.39 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.6 / 詳細: 0.8 M K2HPO4, 0.04 M NA2HPO4 AND 1% DMSO, pH 7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.08
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→48.6 Å / Num. obs: 31872 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 53.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 14.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 1.22 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BHM

2bhm


解像度: 2.6→48.565 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 23.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2364 2717 4.5 %
Rwork0.1976 --
obs0.1993 31867 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 90.602 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 55.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.9456 Å20 Å20 Å2
2--4.9456 Å20 Å2
3----9.8911 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.565 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5329 0 80 480 5889
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095534
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7337514
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2721929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047815
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003945
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6001-2.64740.31441430.26343071X-RAY DIFFRACTION100
2.6474-2.69830.34231400.25743019X-RAY DIFFRACTION100
2.6983-2.75330.27361410.24593056X-RAY DIFFRACTION100
2.7533-2.81320.30591410.22853045X-RAY DIFFRACTION100
2.8132-2.87860.3031430.23793062X-RAY DIFFRACTION100
2.8786-2.95060.3391460.22293021X-RAY DIFFRACTION100
2.9506-3.03040.2581450.21663074X-RAY DIFFRACTION100
3.0304-3.11950.25481390.19613054X-RAY DIFFRACTION100
3.1195-3.22020.2551420.17753013X-RAY DIFFRACTION100
3.2202-3.33530.18531460.16433043X-RAY DIFFRACTION100
3.3353-3.46880.18011400.16263037X-RAY DIFFRACTION100
3.4688-3.62660.22031450.1573056X-RAY DIFFRACTION100
3.6266-3.81770.24371420.15913057X-RAY DIFFRACTION100
3.8177-4.05680.19771410.16063027X-RAY DIFFRACTION100
4.0568-4.36990.15981430.13883055X-RAY DIFFRACTION100
4.3699-4.80930.17081490.1343018X-RAY DIFFRACTION100
4.8093-5.50430.20841440.17573068X-RAY DIFFRACTION100
5.5043-6.93170.25971410.24063041X-RAY DIFFRACTION100
6.9317-48.57340.28181460.25743055X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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