[日本語] English
万見
- PDB-4ak9: Structure of chloroplast FtsY from Physcomitrella patens -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ak9
タイトルStructure of chloroplast FtsY from Physcomitrella patens
要素CPFTSY
キーワードPROTEIN TRANSPORT / CHLOROPLAST BIOGENESIS / SIMIBI GTPASE
機能・相同性
機能・相同性情報


SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
SRP54, nucleotide-binding domain / Signal-recognition particle receptor FtsY / SRP/SRP receptor, N-terminal / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain ...SRP54, nucleotide-binding domain / Signal-recognition particle receptor FtsY / SRP/SRP receptor, N-terminal / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種PHYSCOMITRELLA PATENS (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Trager, C. / Schunemann, D. / Hofmann, E.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2012
タイトル: Evolution from the Prokaryotic to the Higher Plant Chloroplast Signal Recognition Particle: The Signal Recognition Particle RNA is Conserved in Plastids of a Wide Range of Photosynthetic Organisms.
著者: Trager, C. / Rosenblad, M.A. / Ziehe, D. / Garcia-Petit, C. / Schrader, L. / Kock, K. / Vera Richter, C. / Klinkert, B. / Narberhaus, F. / Herrmann, C. / Hofmann, E. / Aronsson, H. / Schunemann, D.
履歴
登録2012年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CPFTSY
B: CPFTSY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1212
ポリマ－69,1212
非ポリマー00
水8,737485
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-4.2 kcal/mol
Surface area24680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.580, 123.460, 75.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2117-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 80:101 OR RESSEQ 110:138 OR RESSEQ...
211CHAIN B AND (RESSEQ 80:101 OR RESSEQ 110:138 OR RESSEQ...

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.991158, -0.130699, 0.022884), (-0.130586, 0.991417, 0.006374), (-0.023521, 0.003329, -0.999718)0.91759, 0.16267, -39.8886
2given(-0.991158, -0.130699, 0.022884), (-0.130586, 0.991417, 0.006374), (-0.023521, 0.003329, -0.999718)0.91759, 0.16267, -39.8886
3given(-0.991158, -0.130699, 0.022884), (-0.130586, 0.991417, 0.006374), (-0.023521, 0.003329, -0.999718)0.91759, 0.16267, -39.8886
4given(-0.991158, -0.130699, 0.022884), (-0.130586, 0.991417, 0.006374), (-0.023521, 0.003329, -0.999718)0.91759, 0.16267, -39.8886
5given(-0.991158, -0.130699, 0.022884), (-0.130586, 0.991417, 0.006374), (-0.023521, 0.003329, -0.999718)0.91759, 0.16267, -39.8886
6given(-0.991158, -0.130699, 0.022884), (-0.130586, 0.991417, 0.006374), (-0.023521, 0.003329, -0.999718)0.91759, 0.16267, -39.8886
7given(-0.991158, -0.130699, 0.022884), (-0.130586, 0.991417, 0.006374), (-0.023521, 0.003329, -0.999718)0.91759, 0.16267, -39.8886
8given(-0.991158, -0.130699, 0.022884), (-0.130586, 0.991417, 0.006374), (-0.023521, 0.003329, -0.999718)0.91759, 0.16267, -39.8886
9given(-0.991158, -0.130699, 0.022884), (-0.130586, 0.991417, 0.006374), (-0.023521, 0.003329, -0.999718)0.91759, 0.16267, -39.8886

-
要素

#1: タンパク質 CPFTSY


分子量: 34560.488 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 80-383 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PHYSCOMITRELLA PATENS (植物) / プラスミド: PET-DUET-1-PP-CPFTSYD1-79 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: A9SNI6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PREDICTED TRANSIT PEPTIDE (1-56) AND 23 ADDITIONAL RESIDUES WERE REMOVED FROM THE N-TERMINUS

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.6
詳細: 0.2M SODIUM NITRATE, 0.1M BIS-TRIS PROPANE PH6.5, 20% PEG3350, pH 6.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月27日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→47.7 Å / Num. obs: 58928 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.4 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 15.89
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 26.62 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 4.28 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OG2

2og2


解像度: 1.8→47.672 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 2 / 位相誤差: 27.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 2981 5.1 %
Rwork0.2153 --
obs0.217 58921 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.733 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7631 Å20 Å20 Å2
2--0.5453 Å20 Å2
3----1.3084 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.672 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4547 0 0 485 5032
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114598
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.256213
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9681710
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089754
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005798
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2081X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2081X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.104
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8295000.3042788X-RAY DIFFRACTION100
1.8295-1.8611000.28362707X-RAY DIFFRACTION100
1.8611-1.89490.31513660.26822415X-RAY DIFFRACTION100
1.8949-1.9313000.25872804X-RAY DIFFRACTION100
1.9313-1.97080.31612360.25772508X-RAY DIFFRACTION100
1.9708-2.01360.26211130.262655X-RAY DIFFRACTION100
2.0136-2.0605000.27072799X-RAY DIFFRACTION100
2.0605-2.1120.30683040.26152465X-RAY DIFFRACTION100
2.112-2.1691000.24812773X-RAY DIFFRACTION100
2.1691-2.23290.27552890.24222494X-RAY DIFFRACTION100
2.2329-2.3050.25762680.22722521X-RAY DIFFRACTION100
2.305-2.3874000.21842776X-RAY DIFFRACTION100
2.3874-2.4830.27662260.23092577X-RAY DIFFRACTION100
2.483-2.5960.26542040.22742604X-RAY DIFFRACTION100
2.596-2.7328000.22962796X-RAY DIFFRACTION100
2.7328-2.9040.2841790.23572639X-RAY DIFFRACTION100
2.904-3.12820.28131500.21752673X-RAY DIFFRACTION100
3.1282-3.44290.22951440.20682682X-RAY DIFFRACTION100
3.4429-3.94090.20062010.18822661X-RAY DIFFRACTION100
3.9409-4.96430.20791370.16562741X-RAY DIFFRACTION100
4.9643-47.6890.21511640.19982862X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る