PDB-4ajp: Human LDHA in complex with 2-((4-(4-((3-((2-methyl-1,3-benzothiaz...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ajp

タイトル

Human LDHA in complex with 2-((4-(4-((3-((2-methyl-1,3-benzothiazol- 6yl)amino)-3-oxo-propyl)amino)-4-oxo-butyl)phenyl)methyl)propanedioic acid

要素

L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR COMPLEX / FRAGMENT BASED LEAD GENERATED INHIBITORS

機能・相同性

機能・相同性情報

sperm fibrous sheath / pyruvate catabolic process / L-lactate dehydrogenase / oxidoreductase complex / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / pyruvate metabolic process / Pyruvate metabolism / lactate metabolic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Regulation of pyruvate metabolism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Tucker, J.A. / Brassington, C. / Caputo, A. / Ward, R. / Pearson, S. / Watson, M. / Tart, J. / Davies, G.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: The Design and Synthesis of Novel Lactate Dehydrogenase a Inhibitors by Fragment-Based Lead Generation
著者: Ward, R. / Brassington, C. / Breeze, A.L. / Caputo, A. / Critchlow, S. / Davies, G. / Goodwin, L. / Hassall, G. / Greenwood, R. / Holdgate, G. / Mrosek, M. / Norman, R.A. / Pearson, S. / ...

履歴

登録	2012年2月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月25日	Group: Other
改定 1.2	2014年9月17日	Group: Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_detector / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_detector.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ajp.cif.gz	504.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ajp.ent.gz	417.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ajp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ajp_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ajp_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	4ajp_validation.xml.gz	50.2 KB	表示
CIF形式データ	4ajp_validation.cif.gz	70.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/4ajp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/4ajp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4aj1C 4aj2C 4aj4C 4ajeC 4ajhC 4ajiC 4ajjC 4ajkC 4ajlC 4ajnC 4ajoC 4al4C 1i10S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4okn-1 6bb2-1 4ajl-d 5zjd-2 4ajn-d 4okn-2 1t2f-d 5w8i-d 6bb1-1 1ldm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (10) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10)

登録構造単位

A: L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN

B: L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN

C: L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN

D: L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN

ヘテロ分子

153 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.980, 136.780, 83.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.31, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.99982, -0.01906, 3.0E-5), (-0.01841, 0.96616, 0.25727), (-0.00494, 0.25722, -0.96634)	-13.77443, -5.81798, 43.32919
2	given	(-0.91798, 0.0576, -0.39241), (0.04428, -0.96833, -0.24573), (-0.39414, -0.24295, 0.88636)	-4.38953, -27.74323, -4.5601
3	given	(0.91948, -0.03211, 0.39182), (-0.03161, -0.99947, -0.00772), (0.39186, -0.00529, -0.92001)	-8.75757, -33.51753, 40.79667

#1: タンパク質	L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN / LDH-A / CELL PROLIFERATION-INDUCING GENE 19 PROTEIN / LDH MUSCLE SUBUNIT / LDH-M / RENAL CARCINOMA ...LDH-A / CELL PROLIFERATION-INDUCING GENE 19 PROTEIN / LDH MUSCLE SUBUNIT / LDH-M / RENAL CARCINOMA ANTIGEN NY-REN-59 / LACTATE DEHYDROGENASE A 分子量: 37432.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: MUSCLE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-88N / {4-[4-({3-[(2-METHYL-1,3-BENZOTHIAZOL-6-YL)AMINO]-3-OXOPROPYL}AMINO)-4-OXOBUTYL]BENZYL}PROPANEDIOIC ACID / AZ-33 分子量: 497.563 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₇N₃O₆S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M MES PH 6.5, 10% 1, 4-DIOXANE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97627
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年12月15日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(311) OR SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97627 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.31→56.9 Å / Num. obs: 59591 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 2.31→2.4 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 88.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I10

1i10

解像度: 2.38→56.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 13.167 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.415 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED SIDE-CHAINS HAVE BEEN TRUNCATED. U VALUES WITH TLS ADDED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21467	2806	5 %	RANDOM
R_work	0.16563	-	-	-
obs	0.16808	52964	98.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.731 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.29 Å²	0 Å²	1.22 Å²
2-	-	-2.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→56.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10057	0	213	394	10664

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	10500
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6925
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.366	1.967	14249
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.913	3	17059
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.358	5	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.791	24.949	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.892	15	1836
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.477	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11614
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1970
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.38→2.442 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	199	-
R_work	0.196	3829	-
obs	-	-	98.87 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0921	0.1921	-0.0762	0.6558	-0.0733	0.5329	-0.0247	-0.0179	-0.0044	-0.0786	-0.0065	-0.0977	-0.0199	0.0281	0.0312	0.0144	0.0063	-0.0056	0.0977	0.0058	0.1117	5.6453	-0.2783	11.1742
2	0.1279	-0.0423	-0.1624	0.5588	-0.047	0.4803	0.0089	0.0099	0.0181	0.0948	0.0067	0.0896	-0.0554	-0.0725	-0.0156	0.0248	0.013	-0.0003	0.0901	-0.0167	0.087	-19.2658	-3.3831	32.3727
3	0.0488	0.1134	0.0428	0.7585	0.0819	0.4284	-0.0321	0.0016	-0.0223	-0.1446	0.0067	0.0353	0.0345	-0.049	0.0254	0.0464	-0.0038	-0.0073	0.0717	-0.0206	0.0686	-13.9213	-29.9474	3.286
4	0.028	-0.0769	-0.0288	0.6251	-0.1724	0.3771	-0.0189	-0.0002	-0.0227	0.0857	-0.0327	-0.0834	0.049	0.0335	0.0515	0.0291	-0.0005	-0.0149	0.0816	0.0048	0.0883	0.6515	-33.3238	32.6116

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 331
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 331
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 331
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 331

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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