PDB-4aft: Aplysia californica AChBP in complex with Varenicline

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4aft

タイトル

Aplysia californica AChBP in complex with Varenicline

要素

SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

キーワード

RECEPTOR PROTEIN / NICOTINIC

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / membrane / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Rucktooa, P. / Haseler, C.A. / vanElke, R. / Smit, A.B. / Gallagher, T. / Sixma, T.K.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Characterization of Binding Mode of Smoking Cessation Drugs to Nicotinic Acetylcholine Receptors Through Study of Ligand Complexes with Acetylcholine-Binding Protein.
著者: Rucktooa, P. / Haseler, C.A. / Van Elk, R. / Smit, A.B. / Gallagher, T. / Sixma, T.K.

履歴

登録	2012年1月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月25日	Group: Database references
改定 1.2	2019年4月24日	Group: Data collection / Other / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4aft.cif.gz	416.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4aft.ent.gz	353.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4aft.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/4aft ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/4aft	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4bqtC 2br7S 2br8 2byn 2byp 2byq 2byr 2bys 2c9t 2uz6 2w8f 2w8g 2wn9 2wnc 2wnj 2wnl 2wzy 2x00 2xnt 2xnu 2xnv 2xys 2xyt 2xz5 2xz6 2y54 2y56 2y57 2y58 2y7y 4afw PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6sgv-2 4bqt-d 6sgv-1 6qkk-2 5ain-d 2wnc-d 2yme-2 3sq6-1 6sh0-2 5oa0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

B: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

C: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

D: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

E: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

ヘテロ分子

124 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	207.299, 207.299, 207.299
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

#1: タンパク質	SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR / ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN 分子量: 24688.578 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 20-236 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物) プラスミド: PFASTBAC / 細胞株 (発現宿主): Sf21 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8WSF8
#2: 化合物	ChemComp-QMR / VARENICLINE 分子量: 211.262 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₃N₃ / コメント: 薬剤, アゴニスト*YM
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.4 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: 0.6-1.2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M MMT PH 6.5-8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9764
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年9月12日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9764 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→48.86 Å / Num. obs: 24519 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0005	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BR7

2br7

解像度: 3.2→146.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 47.467 / SU ML: 0.337 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.437 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21294	1178	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19685	-	-	-
obs	0.19766	21810	93.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 119.044 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→146.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8213	0	80	0	8293

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.02	8518
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	5669
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.136	1.964	11637
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.08	3.003	13804
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.086	5	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.831	24.447	398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.676	15	1369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.998	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	9401
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1735
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	5635
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	4192
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	4554
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	218
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.112	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.306	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.228	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.053	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.201→3.284 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	85	-
R_work	0.347	1611	-
obs	-	-	97.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0427	-0.1354	-0.5332	1.8275	0.6309	2.7579	-0.1742	0.1337	-0.6164	-0.0295	-0.0603	-0.0974	0.4831	0.157	0.2346	0.1933	0.0109	0.0532	0.0333	-0.045	0.4165	-14.887	-92.359	36.416
2	2.6998	-0.558	-0.4316	2.5185	-0.1253	1.7835	0.0053	0.4797	-0.3888	-0.2827	-0.1733	0.1405	0.0054	-0.3563	0.168	0.073	-0.0016	-0.0025	0.1587	-0.1484	0.2455	-32.74	-74.1	28.922
3	2.6794	0.2441	0.1323	2.0748	-0.2313	3.8544	0.0866	0.1117	0.3356	-0.1112	-0.0833	-0.0164	-0.591	0.0026	-0.0032	0.2015	0.0439	0.0332	0.0586	-0.0402	0.1454	-23.846	-50.22	36.743
4	3.1755	-0.1922	-0.5271	1.9929	-1.0372	2.9651	0.2349	-0.2368	0.331	0.3155	-0.2658	-0.2554	-0.6974	0.6489	0.0309	0.3691	-0.2337	-0.0719	0.3064	-0.0565	0.1364	-0.533	-53.698	49.102
5	2.8172	0.0071	-0.4786	2.6584	0.0013	2.2574	-0.0779	-0.1756	-0.357	0.0447	-0.1385	-0.388	0.0768	0.4221	0.2165	0.0663	-0.0224	-0.0725	0.3174	0.0743	0.227	5.089	-79.637	48.737

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 210
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 210
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 210
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 210
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 210

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関連情報:EMDBヘッダ

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