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- PDB-4afb: Crystal Structure of subtype-switched Epithelial Adhesin 1 to 3 A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4afb
タイトルCrystal Structure of subtype-switched Epithelial Adhesin 1 to 3 A domain (Epa1to3A) from Candida glabrata in complex with glycerol
要素EPA1P
キーワードCELL ADHESION / LECTIN / TISSUE INVASION / PATHOGENICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


GLEYA adhesin domain / GLEYA domain / Jelly Rolls - #1560 / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種CANDIDA GLABRATA (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Maestre-Reyna, M. / Diderrich, R. / Veelders, M.S. / Eulenburg, G. / Kalugin, V. / Brueckner, S. / Keller, P. / Rupp, S. / Moesch, H.-U. / Essen, L.-O.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for Promiscuity and Specificity During Candida Glabrata Invasion of Host Epithelia.
著者: Maestre-Reyna, M. / Diderrich, R. / Veelders, M.S. / Eulenburg, G. / Kalugin, V. / Bruckner, S. / Keller, P. / Rupp, S. / Mosch, H. / Essen, L.
履歴
登録2012年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月31日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EPA1P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6956
ポリマ－29,2871
非ポリマー4085
水2,936163
1
A: EPA1P
ヘテロ分子

A: EPA1P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,39012
ポリマ－58,5732
非ポリマー81710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-38.6 kcal/mol
Surface area20370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.740, 103.530, 70.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2001-

HOH

21A-2047-

HOH

31A-2138-

HOH

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要素

#1: タンパク質 EPA1P / EPITHELIAL ADHESIN 1


分子量: 29286.525 Da / 分子数: 1 / 断片: ADHESION DOMAIN (A DOMAIN), RESIDUES 31-271 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SUB-TYPE SWITCHED EPA1A VARIANT WHICH EMULATES THE BINDING POCKET OF EPA3A
由来: (組換発現) CANDIDA GLABRATA (菌類) / 株: CBS138 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHUFFLE T7 EXPRESS (C3029) / 参照: UniProt: Q6VBJ0
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 226 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 227 TO GLY ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 226 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 227 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 228 TO LYS
配列の詳細EPA1A REPRESENTS ONLY THE SIGNAL PEPTIDE FREE N-TERMINAL REGION FROM THE Q6VBJ0. WE USED THE Q6VBJ0 ...EPA1A REPRESENTS ONLY THE SIGNAL PEPTIDE FREE N-TERMINAL REGION FROM THE Q6VBJ0. WE USED THE Q6VBJ0 NUMBERING THROUGHOUT OUR WORK.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.89 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月26日 / 詳細: FOCUSING MIRRORS
放射モノクロメーター: HORIZONTALLY SIDE DIFFRACTING SILICON 111 CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.18 Å / Num. obs: 22061 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 21.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: EPA1A WILD TYPE

解像度: 1.9→37.87 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2167 782 3.5 %
Rwork0.1675 --
obs0.1693 22056 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.809 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.2366 Å20 Å20 Å2
2--6.8502 Å20 Å2
3----2.6136 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1787 0 25 163 1975
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141918
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2752623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.744674
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006338
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.01910.32341390.22963464X-RAY DIFFRACTION99
2.0191-2.1750.26831190.17433520X-RAY DIFFRACTION100
2.175-2.39380.20631340.16123532X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-2.74010.23461170.15693544X-RAY DIFFRACTION100
2.7401-3.45190.23251300.15793572X-RAY DIFFRACTION99
3.4519-37.87750.17561430.16523642X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.4539 Å / Origin y: 35.4497 Å / Origin z: 1.6428 Å
111213212223313233
T0.095 Å2-0.0074 Å2-0.0246 Å2-0.0781 Å20.012 Å2--0.089 Å2
L1.625 °2-0.1264 °2-0.4141 °2-0.879 °20.2496 °2--1.6458 °2
S-0.0026 Å °0.046 Å °0.1794 Å °0.0171 Å °0.017 Å °-0.0013 Å °-0.0962 Å °0.0813 Å °0.0037 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A AND (RESSEQ 40:266)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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