PDB-4ads: Crystal structure of plasmodial PLP synthase complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ads

タイトル

Crystal structure of plasmodial PLP synthase complex

要素

PDX2 PROTEIN
PYRIDOXINE BIOSYNTHETIC ENZYME PDX1 HOMOLOGUE, PUTATIVE

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE COMPLEX / PYRIDOXAL 5-PHOSPHATE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

pyridoxine metabolic process / vitamin B6 biosynthetic process / glutaminase complex / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) / pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity / response to singlet oxygen / pyridoxal phosphate biosynthetic process / glutaminase / glutaminase activity / glutamine metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

PLASMODIUM BERGHEI (ネズミマラリア原虫)

PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.61 Å

データ登録者

Guedez, G. / Sinning, I. / Tews, I.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Assembly of the Eukaryotic Plp-Synthase Complex from Plasmodium and Activation of the Pdx1 Enzyme.
著者: Guedez, G. / Hipp, K. / Windeisen, V. / Derrer, B. / Gengenbacher, M. / Boettcher, B. / Sinning, I. / Kappes, B. / Tews, I.

履歴

登録	2012年1月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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関連構造データ

関連構造データ	4adtC 4aduC 2abwS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2nv2-d 4wxy-1 2iss-1 1tzn-1 1tzn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PYRIDOXINE BIOSYNTHETIC ENZYME PDX1 HOMOLOGUE, PUTATIVE

B: PYRIDOXINE BIOSYNTHETIC ENZYME PDX1 HOMOLOGUE, PUTATIVE

C: PYRIDOXINE BIOSYNTHETIC ENZYME PDX1 HOMOLOGUE, PUTATIVE

D: PYRIDOXINE BIOSYNTHETIC ENZYME PDX1 HOMOLOGUE, PUTATIVE

E: PYRIDOXINE BIOSYNTHETIC ENZYME PDX1 HOMOLOGUE, PUTATIVE

F: PYRIDOXINE BIOSYNTHETIC ENZYME PDX1 HOMOLOGUE, PUTATIVE

G: PDX2 PROTEIN

H: PDX2 PROTEIN

I: PDX2 PROTEIN

J: PDX2 PROTEIN

K: PDX2 PROTEIN

L: PDX2 PROTEIN

ヘテロ分子

332 kDa, 12 ポリマー
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1

A: PYRIDOXINE BIOSYNTHETIC ENZYME PDX1 HOMOLOGUE, PUTATIVE

B: PYRIDOXINE BIOSYNTHETIC ENZYME PDX1 HOMOLOGUE, PUTATIVE

C: PYRIDOXINE BIOSYNTHETIC ENZYME PDX1 HOMOLOGUE, PUTATIVE

D: PYRIDOXINE BIOSYNTHETIC ENZYME PDX1 HOMOLOGUE, PUTATIVE

E: PYRIDOXINE BIOSYNTHETIC ENZYME PDX1 HOMOLOGUE, PUTATIVE

F: PYRIDOXINE BIOSYNTHETIC ENZYME PDX1 HOMOLOGUE, PUTATIVE

G: PDX2 PROTEIN

H: PDX2 PROTEIN

I: PDX2 PROTEIN

J: PDX2 PROTEIN

K: PDX2 PROTEIN

L: PDX2 PROTEIN

ヘテロ分子

A: PYRIDOXINE BIOSYNTHETIC ENZYME PDX1 HOMOLOGUE, PUTATIVE

B: PYRIDOXINE BIOSYNTHETIC ENZYME PDX1 HOMOLOGUE, PUTATIVE

C: PYRIDOXINE BIOSYNTHETIC ENZYME PDX1 HOMOLOGUE, PUTATIVE

D: PYRIDOXINE BIOSYNTHETIC ENZYME PDX1 HOMOLOGUE, PUTATIVE

E: PYRIDOXINE BIOSYNTHETIC ENZYME PDX1 HOMOLOGUE, PUTATIVE

F: PYRIDOXINE BIOSYNTHETIC ENZYME PDX1 HOMOLOGUE, PUTATIVE

G: PDX2 PROTEIN

H: PDX2 PROTEIN

I: PDX2 PROTEIN

J: PDX2 PROTEIN

K: PDX2 PROTEIN

L: PDX2 PROTEIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
664 kDa, 24 ポリマー
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2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.008, 160.008, 583.243
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
1	2	G
2	2	I
3	2	L
1	3	H
2	3	J
3	3	K

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	PO4	PO4	A	A - N	3 - 302	1
2	1	ASP	ASP	PO4	PO4	B	B - P	3 - 302	1
3	1	ASP	ASP	PO4	PO4	C	C - R	3 - 302	1
4	1	ASP	ASP	PO4	PO4	D	D - T	3 - 302	1
5	1	ASP	ASP	PO4	PO4	E	E - V	3 - 302	1
6	1	ASP	ASP	PO4	PO4	F	F - X	3 - 302	1
1	2	GLU	GLU	SER	SER	G	G	3 - 219	1 - 217
2	2	GLU	GLU	SER	SER	I	I	3 - 219	1 - 217
3	2	GLU	GLU	SER	SER	L	L	3 - 219	1 - 217
1	3	GLU	GLU	SER	SER	H	H	3 - 219	1 - 217
2	3	GLU	GLU	SER	SER	J	J	3 - 219	1 - 217
3	3	GLU	GLU	SER	SER	K	K	3 - 219	1 - 217

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	PYRIDOXINE BIOSYNTHETIC ENZYME PDX1 HOMOLOGUE, PUTATIVE 分子量: 30807.857 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 3-282 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PLASMODIUM BERGHEI (ネズミマラリア原虫) 株: NK65 / プラスミド: PET21-A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q4Z0E8
#2: タンパク質	PDX2 PROTEIN 分子量: 24346.857 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 3-219 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫) 株: 3D7 / プラスミド: PET21-A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q5ND68, UniProt: Q8IIK4*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, HIS 196 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, HIS 196 TO ASN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, HIS 196 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, HIS 196 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN I, HIS 196 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN J, HIS 196 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN K, HIS 196 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN L, HIS 196 TO ASN

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.2 詳細: 0.1 M NA/K PHOSPHATE-PHOSPHATE PH 6.2, 0.2 M NACL, 6% PEG 8000, 0.01 M L-GLUTAMINE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.62
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.62 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.61→50 Å / Num. obs: 47666 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 6.41
反射シェル	解像度: 3.6→3.66 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 64.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ABW

2abw

解像度: 3.61→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.816 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.79 / SU B: 110.297 / SU ML: 0.726 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.812 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.31374	2560	5.1 %	RANDOM
R_work	0.29338	-	-	-
obs	0.29442	47666	96.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 95.946 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.71 Å²	0.35 Å²	0 Å²
2-	-	0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.61→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23088	0	60	4	23152

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	23526
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	15774
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.234	1.966	31788
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.02	3	38778
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.635	5	2982
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.528	25.03	1002
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.507	15	4230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.063	15	102
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	3666
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	25998
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	4452
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight positional / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3637	0.02
1	2	B	3637	0.02
1	3	C	3637	0.02
1	4	D	3637	0.02
1	5	E	3637	0.02
1	6	F	3637	0.02
2	1	G	2850	0.02
2	2	I	2850	0.02
2	3	L	2850	0.02
3	1	H	2850	0.03
3	2	J	2850	0.03
3	3	K	2850	0.02

LS精密化シェル

解像度: 3.612→3.705 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.379	160	-
R_work	0.369	2943	-
obs	-	-	83.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8881	-0.2075	0.3939	0.299	0.4033	3.2599	0.1064	-0.2734	0.2886	0.2601	0.0051	0.0707	-0.053	-0.1111	-0.1115	0.4473	0.066	0.2156	0.2135	0.1197	0.3623	71.179	5.2932	-32.4033
2	1.2184	-1.1063	0.838	3.2541	-0.75	3.0827	0.0359	-0.2195	0.2973	0.1135	-0.2269	-0.1481	-0.3308	0.0326	0.191	0.197	-0.0261	0.039	0.4568	0.1976	0.3139	100.3494	-20.5177	-31.1701
3	2.1603	1.9455	-0.2202	2.577	-1.0272	2.8824	0.0227	-0.1469	0.0598	-0.1048	-0.1066	-0.145	-0.2826	0.048	0.084	0.1052	0.0524	0.0917	0.4947	0.3096	0.2698	92.8833	-58.2024	-25.2593
4	5.5208	-1.029	-0.9349	0.4315	-0.0778	3.7027	-0.0233	-0.0634	-0.2517	-0.0588	0.0362	-0.0312	-0.0768	0.2816	-0.0129	0.0907	0.1104	0.1385	0.4104	0.3208	0.3353	56.2157	-70.3719	-20.5934
5	1.3763	-1.5992	-0.535	3.6325	0.228	4.0426	0.0603	0.0059	-0.209	0.0417	-0.0336	0.0633	0.0291	0.1304	-0.0267	0.0328	0.0973	0.0586	0.4048	0.329	0.3313	27.0309	-44.8161	-21.665
6	1.3056	1.3498	-0.0515	4.5721	1.3884	2.3527	-0.1634	-0.1668	-0.0248	0.0142	0.2351	0.2381	-0.0997	-0.0276	-0.0717	0.3528	0.1347	0.2181	0.3283	0.2291	0.2273	34.7315	-7.0233	-27.7519
7	6.0875	-1.4686	-1.416	5.5858	-0.0971	4.4108	-0.3357	-0.0735	-1.0337	-0.2181	0.0527	-0.0231	0.8939	0.1266	0.283	0.8916	-0.09	0.1578	0.9014	0.4383	1.1082	45.6529	-94.5541	-10.7745
8	3.4125	-1.3431	-0.2465	12.7011	-3.2134	8.7362	0.3235	0.094	-0.2044	-0.3052	-0.3159	0.4946	0.7992	-0.2231	-0.0076	0.2969	0.0353	0.0677	0.9319	0.4886	0.516	0.2029	-45.9216	-12.9654
9	4.9658	-0.8096	1.3393	11.4393	0.7651	3.5629	-0.0284	-0.1465	0.6685	-0.312	-0.4087	-0.3711	-1.1559	0.428	0.4371	0.6692	0.0108	-0.0417	1.2437	0.3976	1.0447	128.2498	-17.7574	-28.725
10	6.6992	-1.1361	-0.704	6.875	-0.4746	4.1818	0.1683	0.3495	-0.2795	-0.5218	0.0038	-0.8772	-0.2813	0.5092	-0.172	0.4149	0.0778	-0.0231	0.7213	0.3129	0.564	109.372	-79.7469	-17.9457
11	4.5792	2.9933	-0.9589	8.5893	-2.3135	6.086	-0.028	-0.3299	0.3567	-0.1698	-0.0366	0.8432	0.0352	-0.8263	0.0646	0.9362	0.2001	0.1681	0.746	0.1482	0.794	18.7964	15.8101	-24.8432
12	1.723	-2.0321	0.4532	4.818	-0.245	0.2265	-0.3647	0.4787	0.8331	-0.1134	0.0877	-0.2552	-0.4207	0.1084	0.277	1.2295	-0.2344	0.0673	0.8434	0.1668	0.9394	82.8549	31.0008	-30.9346

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 302
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 302
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 302
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 302
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 302
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 302
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	3 - 219
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	3 - 219
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	3 - 219
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	3 - 219
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	3 - 219
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	3 - 219

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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