[日本語] English
万見
- PDB-4adn: Fusidic acid resistance protein FusB -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4adn
タイトルFusidic acid resistance protein FusB
要素FAR1
キーワードANTIBIOTIC RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


Monooxygenase - #250 / Elongation factor G-binding protein, N-terminal / Elongation factor G-binding protein, C-terminal treble-clef zinc-finger / EF-G binding protein, N-terminal domain superfamily / Elongation factor G-binding protein, N-terminal / FBP C-terminal treble-clef zinc-finger / Monooxygenase / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Far1
類似検索 - 構成要素
生物種STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Guo, X. / Peisker, K. / Backbro, K. / Chen, Y. / Kiran, R.K. / Sanyal, S. / Selmer, M.
引用ジャーナル: Open Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure and Function of Fusb: An Elongation Factor G-Binding Fusidic Acid Resistance Protein Active in Ribosomal Translocation and Recycling
著者: Guo, X. / Peisker, K. / Backbro, K. / Chen, Y. / Kiran, R.K. / Mandava, C.S. / Sanyal, S. / Selmer, M.
履歴
登録2011年12月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Other
改定 1.22012年7月4日Group: Other
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: FAR1
B: FAR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,60420
ポリマ－52,6272
非ポリマー97718
水6,359353
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4900 Å2
ΔGint-91.6 kcal/mol
Surface area23440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.020, 122.410, 52.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 FAR1 / FUSB / FUSB PROTEIN / FUSIDIC ACID RESISTANCE


分子量: 26313.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8GNY5

-
非ポリマー , 7種, 371分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.93928
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→48 Å / Num. obs: 58343 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 3.97 / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 22.19
反射 シェル解像度: 1.65→1.7 Å / 冗長度: 6.67 % / Mean I/σ(I) obs: 3.97 / % possible all: 86.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→40.774 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 2 / 位相誤差: 17.66 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: EXTRA DENSITY NEAR THR 209 CANNOT BE BUILD
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2021 2918 5 %
Rwork0.1631 --
obs0.165 58343 98.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.848 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.5841 Å20 Å20 Å2
2---3.1213 Å20 Å2
3---7.7054 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→40.774 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3502 0 50 353 3905
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113780
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8735085
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8761500
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06547
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004641
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.67710.33591130.27092137X-RAY DIFFRACTION81
1.6771-1.7060.28061310.24652488X-RAY DIFFRACTION93
1.706-1.7370.25241370.21782602X-RAY DIFFRACTION99
1.737-1.77040.26611350.19842579X-RAY DIFFRACTION97
1.7704-1.80650.20041370.16612595X-RAY DIFFRACTION98
1.8065-1.84580.23871370.15782607X-RAY DIFFRACTION98
1.8458-1.88880.1721370.1392600X-RAY DIFFRACTION97
1.8888-1.9360.18441390.13272639X-RAY DIFFRACTION99
1.936-1.98830.18841380.13792621X-RAY DIFFRACTION98
1.9883-2.04690.21221400.14182666X-RAY DIFFRACTION100
2.0469-2.11290.19661400.14342663X-RAY DIFFRACTION100
2.1129-2.18840.18011420.14312683X-RAY DIFFRACTION100
2.1884-2.2760.1921400.14382676X-RAY DIFFRACTION100
2.276-2.37960.18021410.14042661X-RAY DIFFRACTION100
2.3796-2.50510.16481420.14612703X-RAY DIFFRACTION100
2.5051-2.6620.20031420.15412697X-RAY DIFFRACTION100
2.662-2.86750.19651420.16262696X-RAY DIFFRACTION100
2.8675-3.15590.21191420.16882710X-RAY DIFFRACTION100
3.1559-3.61240.19821450.16382745X-RAY DIFFRACTION100
3.6124-4.55020.17871450.15172763X-RAY DIFFRACTION100
4.5502-40.78650.23051530.19932894X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る