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- PDB-4adi: Crystal structure of the Rubella virus envelope glycoprotein E1 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4adi
タイトルCrystal structure of the Rubella virus envelope glycoprotein E1 in post-fusion form (crystal form I)
要素E1 ENVELOPE GLYCOPROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / MEMBRANE FUSION
機能・相同性
機能・相同性情報


T=4 icosahedral viral capsid / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / RNA binding ...T=4 icosahedral viral capsid / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / RNA binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubella membrane glycoprotein E1, domain 3 / Rubella membrane glycoprotein E1, domain 1 / Rubella membrane glycoprotein E1, domain 2 / Rubella capsid / Rubella membrane glycoprotein E1 / Rubella membrane glycoprotein E2 / Rubella membrane glycoprotein E1, domain 2 / Rubella membrane glycoprotein E1, domain 3 / Rubella membrane glycoprotein E1, domain 1 / Rubella capsid domain superfamily ...Rubella membrane glycoprotein E1, domain 3 / Rubella membrane glycoprotein E1, domain 1 / Rubella membrane glycoprotein E1, domain 2 / Rubella capsid / Rubella membrane glycoprotein E1 / Rubella membrane glycoprotein E2 / Rubella membrane glycoprotein E1, domain 2 / Rubella membrane glycoprotein E1, domain 3 / Rubella membrane glycoprotein E1, domain 1 / Rubella capsid domain superfamily / Rubella membrane glycoprotein E1 / Rubella membrane glycoprotein E2 / Rubella capsid protein / Viral Envelope Glycoprotein; domain 2 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種RUBELLA VIRUS (風疹ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者DuBois, R.M. / Vaney, M.C. / Tortorici, M.A. / Al Kurdi, R. / Barba-Spaeth, G. / Rey, F.A.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Functional and Evolutionary Insight from the Crystal Structure of Rubella Virus Protein E1.
著者: Dubois, R.M. / Vaney, M.C. / Tortorici, M.A. / Kurdi, R.A. / Barba-Spaeth, G. / Krey, T. / Rey, F.A.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Conformational Change and Protein-Protein Interactions of the Fusion Protein of Semliki Forest Virus.
著者: Gibbons, D.L. / Vaney, M. / Roussel, A. / Vigouroux, A. / Reilly, B. / Lepault, J. / Kielian, M. / Rey, F.A.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: The Fusion Glycoprotein Shell of Semliki Forest Virus: An Icosahedral Assembly Primed for Fusogenic Activation at Endosomal Ph.
著者: Lescar, J. / Roussel, A. / Wien, M.W. / Navaza, J. / Fuller, S.D. / Wengler, G. / Wengler, G. / Rey, F.A.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Structure and Interactions at the Viral Surface of the Envelope Protein E1 of Semliki Forest Virus.
著者: Roussel, A. / Lescar, J. / Vaney, M. / Wengler, G. / Wengler, G. / Rey, F.A.
#4: ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Structure of a Flavivirus Envelope Glycoprotein in its Low-Ph-Induced Membrane Fusion Conformation.
著者: Bressanelli, S. / Stiasny, K. / Allison, S.L. / Stura, E.A. / Duquerroy, S. / Lescar, J. / Heinz, F.X. / Rey, F.A.
履歴
登録2011年12月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E1 ENVELOPE GLYCOPROTEIN
B: E1 ENVELOPE GLYCOPROTEIN
C: E1 ENVELOPE GLYCOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,66344
ポリマ－151,7203
非ポリマー4,94341
水27,8691547
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27710 Å2
ΔGint-56.8 kcal/mol
Surface area49020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.980, 121.380, 126.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 E1 ENVELOPE GLYCOPROTEIN / SPIKE GLYCOPROTEIN E1


分子量: 50573.352 Da / 分子数: 3 / 断片: ECTODOMAIN, UNP RESIDUES 583-1018 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: POLYPROTEIN FRAGMENT RESIDUES 1-435 / 由来: (組換発現) RUBELLA VIRUS (風疹ウイルス) / 株: M33 / プラスミド: PMT MODIFIED INVITROGEN / 細胞株 (発現宿主): SCHNEIDER 2
発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P08563

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糖 , 2種, 12分子

#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖
ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 1576分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1547 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細NA (NA): THE SODIUM IONS ARE BONDED TO RESIDUES AT THE FUSION LOOPS. GLYCEROL (GOL): E1 PROTEIN WAS ...NA (NA): THE SODIUM IONS ARE BONDED TO RESIDUES AT THE FUSION LOOPS. GLYCEROL (GOL): E1 PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN PRESENCE OF HIGH CONCENTRATION OF GLYCEROL. N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE (NGA): THE THR RESIDUES 429 AND 430 ARE O-GLYCOSILATED. N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE (NAG): THE ASN RESIDUES 76 AND 177 ARE N-GLYCOSILATED.
配列の詳細ECTODOMAIN OF E1 FROM AMINO ACIDS FROM 1 (583 IN POLYPROTEIN) TO 436 (1018 IN POLYPROTEIN) WITH THE ...ECTODOMAIN OF E1 FROM AMINO ACIDS FROM 1 (583 IN POLYPROTEIN) TO 436 (1018 IN POLYPROTEIN) WITH THE FOLLOWING SEQUENCE AT THE C-TERMINAL FEDDDDKAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1-3% PEG 4K, 0.1M NAHEPES PH7.5-8, 30% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年11月2日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL FIXED-EXIT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→45.3 Å / Num. obs: 188417 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 27.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.78→1.87 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 88.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9613 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9551 / SU R Cruickshank DPI: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.093 / SU Rfree Blow DPI: 0.086 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.083
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=NA. NUMBER OF ATOM WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=11659. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=NA. NUMBER OF ATOM WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=11659. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=3.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1831 18506 10.06 %RANDOM
Rwork0.1666 ---
obs0.1682 183967 99.64 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6267 Å20 Å20 Å2
2--0.7929 Å20 Å2
3----0.1662 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.189 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9572 0 317 1547 11436
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00710488HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9614459HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3322SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes189HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1602HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10488HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd6SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.15
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1392SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies40HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13030SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2395 1313 10.18 %
Rwork0.2177 11581 -
all0.2199 12894 -
obs--99.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.780.3379-0.06231.4746-0.45491.87440.0157-0.0858-0.13450.001-0.01760.0350.1427-0.00980.002-0.03490.0013-0.0004-0.03450.031-0.013736.289480.763338.3142
21.63260.0768-0.21691.74980.13181.8139-0.001-0.0641-0.0755-0.0578-0.01360.13760.2203-0.2680.0146-0.0273-0.0706-0.0167-0.0189-0.0114-0.043621.219381.222921.9566
31.50110.0084-0.46971.4013-0.57691.6012-0.0153-0.0788-0.04340.11290.0380.18060.0123-0.061-0.0227-0.0284-0.00520.0296-0.0155-0.0213-0.025520.415896.496438.3459
40.77510.45-0.43590.4803-0.23850.3095-0.0224-0.0215-0.0601-0.03020.01-0.08340.01550.02710.0123-0.0332-0.0017-0.0033-0.024-0.0137-0.006170.339112.47611.2455
50.46640.3091-0.3250.3977-0.4430.6681-0.02480.1082-0.0146-0.04270.0145-0.02240.0438-0.04870.0103-0.02240.01010.0107-0.0025-0.0189-0.04552.8614111.966-8.9435
60.36050.3968-0.10530.5552-0.19030.1531-0.0055-0.00150.04230.0298-0.00180.028-0.04060.00190.00730.00030.0029-0.0098-0.0244-0.0013-0.024850.7924130.87510.1866
71.76921.11930.10052.47250.10230.9759-0.0573-0.0511-0.3323-0.1734-0.0543-0.02480.263-0.07520.11160.0217-0.01590.0435-0.1037-0.05030.019941.645773.762810.674
82.8370.4162-1.62840.46120.07911.6993-0.00530.07480.16420.04520.04540.1310.0428-0.2865-0.0401-0.07150.0174-0.00550.0490.0007-0.034713.1121108.91618.5781
90.5353-0.35390.12142.0341-1.57132.5770.0265-0.1284-0.05110.1612-0.04340.0123-0.06580.08770.017-0.0094-0.0068-0.0321-0.01150.0075-0.057847.6674100.43747.4428
100.17320.9225-1.2011.456-0.54370.2528-0.0008-0.0741-0.01660.00920.0005-0.0204-0.0009-0.0460.00030.02870.01380.0263-0.0145-0.03010.040531.211165.972325.4226
110.60740.312-0.58650.195-0.9050.0793-0.0040.0305-0.02970.0225-0.00540.00330.065-0.02530.0094-0.0379-0.0239-0.00170.056-0.02320.0164.924296.22526.1383
120.28840.2026-0.3190.0851-0.4820.1872-0.0019-0.0119-0.01550.01920.00130.04640.007-0.0010.00060.0370.02080.00950.021-0.0143-0.004732.484990.775454.1889
1300.1999-0.42650.3251-0.11150.0811-0.01050.1085-0.0735-0.0940.00970.0368-0.03220.02820.00070.0215-0.03470.035-0.0049-0.016-0.033856.251398.5675-6.7298
140.3682-0.02190.10710.0554-0.14220-0.0072-0.05720.15460.00880.0219-0.0491-0.0708-0.0689-0.0147-0.00270.00720.0261-0.0252-0.00410.014137.7611128.7695.9038
150.00010.5558-0.55670-0.17780.41770.0004-0.01610.00250.0665-0.0042-0.08150.01210.05830.0038-0.0379-0.0196-0.02190.02510.03550.013667.3604115.36624.6742
160-0.00840.01230.0050.00720.00140.00010.0008-0.0008-0.0002-0.000200.00030.00010.00010.00670.018-0.00630.0036-0.00180.008877.225598.95065.6771
170.0234-0.0002-0.01950.01790.004600.00010.00280.00080.0001-0.0002-0.0048-0.00030.00530.0001-0.0030.04640.013-0.0069-0.01170.039344.646473.463331.5549
180.0066-0.00440.00010.00430.00640.00160.00010.00010-0.0012-0.0008-0.00010.00110.00240.00060.0052-0.01370.00310.0009-0.01230.008861.717899.5599-14.4259
190.00010.0028-0.01310.00540.000900.0004-0.0002-0.0028-0.0010.00010.00020.0029-0.0002-0.00060.0073-0.0131-0.0106-0.0083-0.0110.006554.77104.637-19.1062
200.0078-0.00230.01170.00440.01420.00180.000100.00070.00010.00010.0016-0.002-0.0016-0.00020.00030.0089-0.01810.0113-0.00520.008639.4358117.259-16.4587
210.0260.0193-0.00210.0002-0.01370.01930.00010.00390.0014-0.0039-0.00050.0008-0.002-0.00010.0004-0.0073-0.0087-0.04350.04460.0044-0.011513.757188.179113.9263
220.0010.0014-0.003900.00390.0045-0.0001-0.001-0.0003-0.0001-0.000800.0007-0.00020.00090.00310.00570.00520.01040.00410.007338.6786136.770.7739
230.0037-0.00040.00260-0.047100-0.00050.00010.0003-0.00150.00220.0006-0.00340.0015-0.00870.01990.0165-0.0032-0.00620.007443.1204140.8738.4594
240.0028-0.01180.0027000.00910.0001-0.0014-0.00080.00230-0.00310.00020.0009-0.00010.01420.0061-0.0090.012-0.0147-0.00555.0387137.34124.19
250.00690.00920.00610.02010.00630.0171-0.0001-0.00180.0061-0.00160.001-0.0026-0.005-0.0002-0.00090.0333-0.0089-0.0106-0.0014-0.0535-0.005827.1395104.18846.3615
260.01650.0016-0.00580.00340.00540.0090-0.00060-0.00010.00060.00090.00050.0001-0.00050.01-0.0027-0.00960.00370.01270.002975.7226120.44524.4474
2700.03890.00400.00020.0092-0.0004-0.0032-0.00030.00270.00030.00110.00130.00080.00010.0036-0.0039-0.00990.0102-0.0014-0.007779.9912113.44819.3201
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1:30, 163:200, 318:327)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND (RESID 1:30, 163:200, 318:327)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C AND (RESID 1:30, 163:200, 318:327)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 31:162)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 31:162)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN C AND (RESID 31:162)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 342:413)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 342:413)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN C AND RESID 342:413
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND (RESID 328:341)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 328:341)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND (RESID 328:341)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN A AND (RESID 414:435)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESID 414:435)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND (RESID 414:435)
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN A AND RESID 1001
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN A AND RESID 2001
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN A AND RESID 3001:3001
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN A AND RESID 4001
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN B AND RESID 1001
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN B AND RESID 2001
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN B AND RESID 3001
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN B AND RESID 4001
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN C AND RESID 1001
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN C AND RESID 2001
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN C AND RESID 3001
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN C AND RESID 4001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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