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- PDB-4acj: Crystal structure of the TLDC domain of Oxidation resistance prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4acj
タイトルCrystal structure of the TLDC domain of Oxidation resistance protein 2 from zebrafish
要素WU\:FB25H12 PROTEIN,
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of oocyte maturation / regulation of response to oxidative stress / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
TLDc domain / TLDc domain / TLDc domain profile. / domain in TBC and LysM domain containing proteins / Lysin motif / LysM domain superfamily / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxidation resistance protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 0.97 Å
データ登録者Blaise, M. / B Alsarraf, H.M.A. / Wong, J.E.M.M. / Midtgaard, S.R. / Laroche, F. / Schack, L. / Spaink, H. / Stougaard, J. / Thirup, S.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of the Tldc Domain of Oxidation Resistance Protein 2 from Zebrafish.
著者: Blaise, M. / Alsarraf, H.M. / Wong, J.E. / Midtgaard, S.R. / Laroche, F. / Schack, L. / Spaink, H. / Stougaard, J. / Thirup, S.
履歴
登録2011年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Other
改定 1.22018年1月17日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WU\:FB25H12 PROTEIN,


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9001
ポリマ－18,9001
非ポリマー00
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.620, 69.110, 36.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 WU\:FB25H12 PROTEIN,


分子量: 18900.162 Da / 分子数: 1 / 断片: TLDC DOMAIN, RESIDUES 528-693 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DANIO RERIO (ゼブラフィッシュ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CODON PLUS / 参照: UniProt: A9JTH8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE N-TERMINAL GLYCINE IS AN EXTRA AMINO ACID COMING FROM THE TEV CLEAVGE SITE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.47 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100 MM HEPES PH8, 1.8 M AMMONIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1
検出器タイプ: BRUKER / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月11日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.97→19 Å / Num. obs: 98111 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 7.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 0.97→0.98 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 0.97→19.446 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 2 / 位相誤差: 9.13 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1382 1999 2 %
Rwork0.1186 --
obs0.119 98078 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.969 Å2 / ksol: 0.403 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.47 Å20 Å20 Å2
2--0.4235 Å20 Å2
3---0.0431 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.97→19.446 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1331 0 0 266 1597
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011509
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3932054
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.017558
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088199
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009275
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.97-0.99430.16511480.14196689X-RAY DIFFRACTION99
0.9943-1.02110.12331270.11056814X-RAY DIFFRACTION100
1.0211-1.05120.11641470.10026781X-RAY DIFFRACTION100
1.0512-1.08510.10641450.09346810X-RAY DIFFRACTION100
1.0851-1.12390.09821380.08686806X-RAY DIFFRACTION100
1.1239-1.16890.1081420.08546826X-RAY DIFFRACTION100
1.1689-1.22210.1021390.09196834X-RAY DIFFRACTION100
1.2221-1.28650.11191460.0996845X-RAY DIFFRACTION100
1.2865-1.36710.12131400.09976827X-RAY DIFFRACTION100
1.3671-1.47260.1071480.0986875X-RAY DIFFRACTION100
1.4726-1.62070.10351390.10016883X-RAY DIFFRACTION100
1.6207-1.85510.12011440.11056930X-RAY DIFFRACTION100
1.8551-2.33660.13951450.11676981X-RAY DIFFRACTION100
2.3366-19.44980.19691510.16027178X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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