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- PDB-4aaz: X-ray structure of Nicotiana alata Defensin 1 NaD1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aaz
タイトルX-ray structure of Nicotiana alata Defensin 1 NaD1
要素FLOWER-SPECIFIC DEFENSIN
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / INNATE IMMUNITY
機能・相同性
機能・相同性情報


vacuole / defense response to fungus / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Defensin, plant / Gamma-thionins family signature. / Gamma-thionin family / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Flower-specific defensin
類似検索 - 構成要素
生物種NICOTIANA ALATA (ヤバネタバコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Lay, F.T. / Mills, G.D. / Hulett, M.D. / Kvansakul, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2012
タイトル: Dimerization of Plant Defensin Nad1 Enhances its Antifungal Activity.
著者: Lay, F.T. / Mills, G.D. / Poon, I.K. / Cowieson, N.P. / Kirby, N. / Baxter, A.A. / Van Der Weerden, N.L. / Dogovski, C. / Perugini, M.A. / Anderson, M.A. / Kvansakul, M. / Hulett, M.D.
履歴
登録2011年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Other
改定 1.22012年8月8日Group: Derived calculations
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLOWER-SPECIFIC DEFENSIN
B: FLOWER-SPECIFIC DEFENSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0368
ポリマ-10,6312
非ポリマー4056
2,234124
1
A: FLOWER-SPECIFIC DEFENSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5975
ポリマ-5,3151
非ポリマー2814
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FLOWER-SPECIFIC DEFENSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,4403
ポリマ-5,3151
非ポリマー1242
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.697, 32.685, 41.977
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド FLOWER-SPECIFIC DEFENSIN / NAD1


分子量: 5315.377 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 26-72 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) NICOTIANA ALATA (ヤバネタバコ) / 参照: UniProt: Q8GTM0
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.65 % / 解説: NONE
結晶化pH: 9
詳細: 20% PEG 1500 AND 10% SUCCINATE-PHOSPHATE-GLYCINE BUFFER PH 9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→41.23 Å / Num. obs: 17174 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 5.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.4→1.47 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.4→41.23 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 11.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1371 869 5.1 %
Rwork0.121 --
obs0.1218 17171 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.25 Å2 / ksol: 0.413 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 8.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.092 Å20 Å2-1.0802 Å2
2---0.4711 Å20 Å2
3----0.4175 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→41.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数728 0 25 124 877
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011777
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5141023
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.971312
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1114
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01129
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.48770.20341490.16862540X-RAY DIFFRACTION94
1.4877-1.60260.13231260.11522730X-RAY DIFFRACTION100
1.6026-1.76390.1331580.10252719X-RAY DIFFRACTION100
1.7639-2.01910.11051480.10222745X-RAY DIFFRACTION100
2.0191-2.54380.11751520.10442748X-RAY DIFFRACTION100
2.5438-41.24750.14971360.13812820X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8386-4.503-3.72794.19182.4062.7088-0.0919-0.1110.00330.1632-0.00240.0979-0.05350.00760.09340.06830.0078-0.00480.0667-0.00190.05698.14529.092410.0685
21.5589-0.4437-0.16172.27770.51471.9976-0.0003-0.035-0.017-0.01890.0842-0.07590.06430.0238-0.03380.02550.00290.00120.01890.00040.034314.4611-0.98360.7191
32.16220.87970.49481.4952-0.71611.73960.0110.0661-0.12160.0562-0.0743-0.43380.07280.15580.09310.03110.01160.00290.0410.00970.075422.15473.834-3.1261
42.73841.3043-0.75921.8696-0.47612.0844-0.09260.02580.1491-0.02570.0781-0.0976-0.00960.07460.01770.02680.0028-0.00420.02140.0040.048214.89348.5654-4.9806
55.16951.63470.45866.6015-1.60381.9383-0.05660.0402-0.1574-0.26410.0793-0.01610.0595-0.0137-0.00760.02520.0039-0.00410.0163-0.00770.01888.73843.0091-3.7156
67.41381.04131.14842.37860.08763.04140.0340.00860.01070.0336-0.02360.03060.0355-0.06660.04540.01230.0018-0.00410.0125-0.0110.02838.77617.22051.1416
75.32640.66213.32132.9473-1.68215.7593-0.0874-0.00650.26350.2408-0.1953-0.4316-0.22710.29510.04290.0435-0.0147-0.02090.07020.0010.076424.48176.84844.5787
82.5409-1.454-1.37620.84060.64831.69160.01340.046-0.00630.0737-0.0391-0.00320.0314-0.09260.03170.0362-0.0032-0.00670.0211-0.0060.041510.856.29585.8261
92.49130.9204-0.86221.7262-0.68060.7816-0.1994-0.4428-0.45810.34280.0690.54970.1365-0.3402-0.27570.1446-0.00510.11670.11820.09140.1396-3.2847.0396-11.6853
101.3363-0.492-0.92583.77621.58784.15980.00370.09640.0855-0.22390.0494-0.0114-0.1089-0.0174-0.0580.05290.00220.00020.01550.00380.03875.426515.47-21.3036
113.7257-1.94472.73871.3497-0.59914.54160.0597-0.0145-0.1125-0.01380.0650.02790.0180.0408-0.06980.0574-0.00250.00250.026-0.00540.03677.88276.4963-24.5456
123.1308-1.17351.85075.03413.51477.59440.03350.09960.0540.11320.1446-0.31840.15670.2604-0.11120.0372-0.0011-0.01550.0140.00240.0489.49028.5492-16.325
131.81850.4146-0.58441.3734-0.36061.48870.0555-0.01160.10890.09960.0166-0.0743-0.1081-0.0453-0.0730.07110.004-0.0190.0295-0.00740.03026.664310.9002-10.1372
144.45140.78363.42742.26481.9793.51560.23690.087-0.1278-0.024-0.04280.16060.54820.0288-0.49630.07520.0176-0.0410.01490.01060.02961.67454.6556-20.5393
152.42821.1872.36884.90762.21956.2384-0.0839-0.03860.1424-0.2232-0.09790.3397-0.2353-0.38630.10570.0460.0192-0.01730.0571-0.00620.0555-1.842810.2372-25.7402
163.7273-0.0862-0.4172.9239-1.64314.07860.1183-0.48170.01460.23440.00440.3159-0.0668-0.1537-0.09820.0585-0.0025-0.01260.05420.01030.050.59226.4031-10.4351
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:5)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 6:10)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 11:16)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 17:21)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 22:27)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 28:33)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 34:39)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 40:47)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 1:6)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 7:13)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 14:19)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 20:25)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 26:30)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 31:36)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN B AND RESID 37:41)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN B AND RESID 42:47)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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