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万見
- PDB-4aap: Crystal structure of JMJD5 domain of human Lysine-specific demeth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aap
タイトルCrystal structure of JMJD5 domain of human Lysine-specific demethylase 8 (KDM8) in complex with N-oxalylglycine (NOG)
要素LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 8
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


[protein]-arginine 3-hydroxylase / peptidyl-arginine 3-dioxygenase activity / histone H3K36 demethylase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / Protein hydroxylation / aminopeptidase activity / methylated histone binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / circadian regulation of gene expression / protein destabilization ...[protein]-arginine 3-hydroxylase / peptidyl-arginine 3-dioxygenase activity / histone H3K36 demethylase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / Protein hydroxylation / aminopeptidase activity / methylated histone binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / circadian regulation of gene expression / protein destabilization / p53 binding / G2/M transition of mitotic cell cycle / chromosome / endopeptidase activity / fibroblast proliferation / in utero embryonic development / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / Cupin / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-OXALYLGLYCINE / Bifunctional peptidase and arginyl-hydroxylase JMJD5
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Vollmar, M. / Johansson, C. / Krojer, T. / Canning, P. / Allerston, C. / Gadhave, A. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. ...Vollmar, M. / Johansson, C. / Krojer, T. / Canning, P. / Allerston, C. / Gadhave, A. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Jmjd5 Domain of Human Lysine- Specific Demethylase 8 (Kdm8) in Complex with N- Oxalylglycine (Nog)
著者: Vollmar, M. / Johansson, C. / Krojer, T. / Canning, P. / Allerston, C. / Gadhave, A. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Oppermann, U.
履歴
登録2011年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 8
B: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0858
ポリマ－55,5292
非ポリマー5566
水52229
1
A: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0424
ポリマ－27,7651
非ポリマー2783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0424
ポリマ－27,7651
非ポリマー2783
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.575, 68.575, 269.003
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 LYSINE-SPECIFIC DEMETHYLASE 8 / JMJC DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 5 / JUMONJI DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 5


分子量: 27764.521 Da / 分子数: 2 / 断片: JMJD5 DOMAIN, RESIDUES 218-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS
参照: UniProt: Q8N371, [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.73 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 16% PEG_3350, 0.007M NICL, 0M CDCL, 0.007M MGCL, 0.1M HEPES PH 7.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→19.91 Å / Num. obs: 23473 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 88.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.6→89.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 20.432 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.391 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2529 1210 5.2 %RANDOM
Rwork0.20766 ---
obs0.20984 22281 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.507 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20.13 Å20 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→89.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3672 0 24 29 3725
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.023808
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022513
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2951.9455205
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9753.0016107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.785462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.76323.533167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.99215547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2321517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02814
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.599 78 -
Rwork0.477 1448 -
obs--98.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.80881.9192-2.81342.0349-1.5475.22140.124-0.1738-0.04070.0578-0.0546-0.03820.1487-0.3229-0.06930.4192-0.0753-0.08880.06310.00880.285324.6652-12.0809-1.9943
23.84592.0047-0.5722.8458-1.1433.81130.2002-0.2452-0.04130.0255-0.2125-0.2259-0.10390.10920.01240.4114-0.0938-0.04760.0405-0.0010.245433.1157-7.605-3.3437
314.3354-5.73840.07247.746-0.33973.0030.2227-0.60830.21450.8438-0.2116-0.934-0.31420.266-0.01110.6386-0.3294-0.19490.6932-0.01890.398638.4239-10.582317.0958
42.52680.14741.52252.8148-2.14715.43840.2164-0.7272-0.20950.5007-0.2057-0.2881-0.29220.4145-0.01070.4623-0.1852-0.06820.43040.03870.197830.2036-13.60346.4862
54.0304-1.8232.38642.1713-0.94134.9644-0.1688-0.10330.10820.05710.16580.02540.12090.23970.0030.0756-0.0920.03230.2858-0.02590.298525.7995-31.46243.4268
64.0641-0.91021.36611.9456-0.58514.4913-0.2481-0.18540.1640.060.15520.03370.036-0.16750.09290.0399-0.06190.02560.308-0.02790.213718.2031-26.987341.1524
75.29460.99430.953518.6089-1.89444.6127-0.0042-0.9170.556-0.1074-0.26870.6147-0.1307-0.06750.27290.44960.15540.0780.6943-0.14910.342518.483-20.139562.2273
83.975-0.29840.90462.27120.37544.2718-0.2406-0.63360.32330.49950.2824-0.012-0.2296-0.0875-0.04170.14710.0332-0.01460.393-0.0350.213624.932-26.380850.9644
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 282
2X-RAY DIFFRACTION2A283 - 379
3X-RAY DIFFRACTION3A380 - 410
4X-RAY DIFFRACTION4A411 - 454
5X-RAY DIFFRACTION5B0 - 284
6X-RAY DIFFRACTION6B285 - 379
7X-RAY DIFFRACTION7B380 - 410
8X-RAY DIFFRACTION8B411 - 454

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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