[日本語] English
万見
- PDB-4a8e: The structure of a dimeric Xer recombinase from archaea -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a8e
タイトルThe structure of a dimeric Xer recombinase from archaea
要素PROBABLE TYROSINE RECOMBINASE XERC-LIKE
キーワードCELL CYCLE / CHROMOSOME DIMER RESOLUTION / PAB0255
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosine-based site-specific recombinase activity / DNA transposition / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine recombinase XerA / : / Phage integrase, N-terminal SAM-like domain / Integrase, SAM-like, N-terminal / Intergrase catalytic core / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / hpI Integrase; Chain A / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. ...Tyrosine recombinase XerA / : / Phage integrase, N-terminal SAM-like domain / Integrase, SAM-like, N-terminal / Intergrase catalytic core / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / hpI Integrase; Chain A / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine recombinase XerA
類似検索 - 構成要素
生物種PYROCOCCUS ABYSSI (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Brooks, M.A. / ElArnaout, T. / Duranda, D. / Lisboa, J. / Lazar, N. / Raynal, B. / vanTilbeurgh, H. / Serre, M. / Quevillon-Cheruel, S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: The Carboxy-Terminal Alpha N Helix of the Archaeal Xera Tyrosine Recombinase is a Molecular Switch to Control Site-Specific Recombination.
著者: Serre, M.C. / El Arnaout, T. / Brooks, M.A. / Durand, D. / Lisboa, J. / Lazar, N. / Raynal, B. / Van Tilbeurgh, H. / Quevillon-Cheruel, S.
履歴
登録2011年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROBABLE TYROSINE RECOMBINASE XERC-LIKE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,68510
ポリマ－33,9151
非ポリマー7709
水543
1
A: PROBABLE TYROSINE RECOMBINASE XERC-LIKE
ヘテロ分子

A: PROBABLE TYROSINE RECOMBINASE XERC-LIKE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,37020
ポリマ－67,8312
非ポリマー1,54018
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x+1/2,-y+1/2,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-209.2 kcal/mol
Surface area28720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.670, 157.290, 45.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1287-

CL

-
要素

#1: タンパク質 PROBABLE TYROSINE RECOMBINASE XERC-LIKE / XER A


分子量: 33915.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PYROCOCCUS ABYSSI (古細菌) / 株: GE5 / ORSAY / プラスミド: PET9 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYS / 参照: UniProt: Q9V1P5
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.15
詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.15, 5% (V/V) ETHYLENE GLYCOL.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月16日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 6939 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.33 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 3→3.2 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: N-TERMINAL DOMAIN OF PAB0255, FOLLOWED BY PDB ENTRY 1A0P

1a0p


解像度: 2.99→29.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU B: 19.405 / SU ML: 0.363 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.516 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29342 341 4.9 %RANDOM
Rwork0.20705 ---
obs0.21111 6598 98.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.624 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.54 Å20 Å20 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3----2.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→29.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2143 0 40 3 2186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192209
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022240
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4062.0072967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77835095
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.125264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.43422.47393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.1115432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4731521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.991→3.068 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 17 -
Rwork0.261 369 -
obs--92.57 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る