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- PDB-4a72: Crystal structure of the omega transaminase from Chromobacterium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a72
タイトルCrystal structure of the omega transaminase from Chromobacterium violaceum in a mixture of apo and PLP-bound states
要素OMEGA TRANSAMINASE
キーワードTRANSFERASE / PLP-BINDING ENZYME / TRANSAMINASE FOLD TYPE I
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase / adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Probable aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Logan, D.T. / Hakansson, M. / Yengo, K. / Svedendahl Humble, M. / Engelmark Cassimjee, K. / Walse, B. / Abedi, V. / Federsel, H.-J. / Berglund, P.
引用ジャーナル: FEBS J. / : 2012
タイトル: Crystal Structures of the Chromobacterium Violaceum Omega-Transaminase Reveal Major Structural Rearrangements Upon Binding of Coenzyme Plp.
著者: Svedendahl Humble, M. / Engelmark Cassimjee, K. / Hakansson, M. / Kimbung, Y.R. / Walse, B. / Abedi, V. / Federsel, H.-J. / Berglund, P. / Logan, D.T.
履歴
登録2011年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月1日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: OMEGA TRANSAMINASE
B: OMEGA TRANSAMINASE
C: OMEGA TRANSAMINASE
D: OMEGA TRANSAMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,6116
ポリマ-205,1174
非ポリマー4942
9,512528
1
A: OMEGA TRANSAMINASE
B: OMEGA TRANSAMINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,5592
ポリマ-102,5592
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-51.4 kcal/mol
Surface area30170 Å2
手法PISA
2
C: OMEGA TRANSAMINASE
D: OMEGA TRANSAMINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,0534
ポリマ-102,5592
非ポリマー4942
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11590 Å2
ΔGint-73.1 kcal/mol
Surface area28190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.350, 62.120, 119.240
Angle α, β, γ (deg.)105.27, 90.66, 104.43
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.08323, -0.9675, -0.2387), (-0.9613, -0.1411, 0.2367), (-0.2626, 0.2098, -0.9418)-37.88, -22.15, -78.44
2given(0.9776, -0.1988, 0.06912), (0.197, 0.9799, 0.03139), (-0.07397, -0.01706, 0.9971)-0.2474, -10.84, 55.49
3given(0.2532, -0.894, -0.3695), (-0.9337, -0.3258, 0.1483), (-0.253, 0.3075, -0.9173)-39.53, -43.38, -19.23

-
要素

#1: タンパク質
OMEGA TRANSAMINASE


分子量: 51279.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7NWG4, beta-alanine-pyruvate transaminase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.4
詳細: 200 NL OF PROTEIN AT 12 MG/ML IN 1 MM CYCLOSERINE MIXED WITH 200 NL OF RESERVOIR CONSISTING OF 0.1 M HEPES PH 7.5, 150-300 MM NACL AND 22.5-27.5% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月6日 / 詳細: MULTILAYER MIRROR, VERTICALLY FOCUSING
放射モノクロメーター: BENT SI (111) CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 61839 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 27.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.45 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 82.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4A6R
解像度: 2.4→26.391 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2394 3139 5.1 %
Rwork0.1729 --
obs0.1763 61746 96.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.401 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.487 Å24.6434 Å22.0306 Å2
2---1.734 Å2-4.874 Å2
3----2.753 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→26.391 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13841 0 30 528 14399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00214235
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63919265
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7325141
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0382003
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022514
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.43750.33351470.23452541X-RAY DIFFRACTION92
2.4375-2.47740.30971170.23812688X-RAY DIFFRACTION96
2.4774-2.52010.38171320.23372624X-RAY DIFFRACTION96
2.5201-2.56590.37951270.23642674X-RAY DIFFRACTION96
2.5659-2.61520.3461400.21782651X-RAY DIFFRACTION96
2.6152-2.66850.32311620.22042631X-RAY DIFFRACTION96
2.6685-2.72650.30481200.21022676X-RAY DIFFRACTION96
2.7265-2.78980.28761200.21082723X-RAY DIFFRACTION97
2.7898-2.85950.28591420.19642626X-RAY DIFFRACTION96
2.8595-2.93680.27691550.18752677X-RAY DIFFRACTION97
2.9368-3.02310.25381660.17792646X-RAY DIFFRACTION97
3.0231-3.12050.25911250.17932710X-RAY DIFFRACTION97
3.1205-3.23180.22651390.17332706X-RAY DIFFRACTION97
3.2318-3.3610.24271470.17332654X-RAY DIFFRACTION97
3.361-3.51360.26591560.17452684X-RAY DIFFRACTION97
3.5136-3.69840.23391640.1732658X-RAY DIFFRACTION97
3.6984-3.92940.20161400.14522685X-RAY DIFFRACTION97
3.9294-4.23170.19551450.13932699X-RAY DIFFRACTION97
4.2317-4.65540.17721660.12892659X-RAY DIFFRACTION97
4.6554-5.32420.19891430.14072670X-RAY DIFFRACTION97
5.3242-6.68990.20561470.16312691X-RAY DIFFRACTION97
6.6899-26.39270.16871390.15432634X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.28370.20091.00772.73820.99432.14510.0266-0.0471-0.21620.04210.0642-0.36510.15920.3163-0.06730.16150.10550.04170.24040.00080.0893-10.3192-20.0517-49.2459
22.35920.03940.84962.47760.86632.57260.0621-0.00380.01390.09290.00940.18150.1222-0.2128-0.06370.0552-0.00610.0090.09970.01950.0419-35.1787-4.6068-51.4599
32.2846-1.25810.24341.20410.38910.56420.10890.301-0.0174-0.1664-0.0968-0.0146-0.0330.0958-0.01730.15880.00350.02160.2240.01390.0971-24.4224-8.3888-57.9926
42.4577-3.30450.03444.7568-0.29940.2032-0.05010.13890.61520.14670.0349-0.8153-0.15020.0609-0.04450.09960.00230.01090.3042-0.00650.2988-10.3339-5.8294-50.7229
52.6607-0.6268-0.08031.56380.38041.8747-0.07210.1517-0.67840.0278-0.01180.35130.6362-0.17090.08510.3589-0.0179-0.02330.1376-0.10040.2754-35.8458-31.149-58.0054
61.27680.00470.39471.51310.96461.2919-0.14210.2935-0.2385-0.07750.1086-0.01540.12840.21060.02790.10250.10750.09010.191-0.04820.1122-4.7059-20.5573-35.1819
73.1064-0.2841-1.11323.3011.40591.603-0.00330.2995-0.2915-0.0219-0.08970.13120.0588-0.18630.06690.08130.0163-0.01570.22340.01530.1012-27.0676-10.3421-26.7616
86.25332.5034.05442.60642.4943.228-0.30330.57030.4457-0.38960.12520.0972-0.68790.19680.15710.18350.04010.01810.17290.02310.1031-20.04126.3821-24.1297
91.2262-0.78-0.4672.15821.1072.00220.00010.0472-0.07520.0918-0.0291-0.01510.0920.02980.03440.0880.03570.00750.10190.02440.0449-20.6545-7.3822-17.8633
101.9718-1.0087-1.78760.61410.77621.8173-0.10890.4177-0.74080.0212-0.28530.78910.1128-0.71830.24640.20910.04680.02520.2893-0.16490.4742-17.6641-24.1942-31.388
111.7169-0.0416-0.50522.86440.111.63650.0877-0.00630.10890.12230.0225-0.187-0.26250.4098-0.10440.0789-0.0215-0.00530.3156-0.00320.12351.05321.8916-20.345
122.5247-1.1564-0.39385.03820.48293.21640.15650.27260.4929-0.4428-0.0547-0.5484-0.69630.7276-0.01010.2129-0.12380.02340.45790.0370.23999.80396.6677-22.7704
130.6734-0.03670.35021.85960.38312.9308-0.0101-0.2454-0.15320.38760.02410.00490.26760.0199-0.01550.20480.0510.01490.1190.04940.1274-20.0023-50.107318.7218
141.72530.53220.66232.98180.64912.386-0.0790.11280.26940.11040.1851-0.4421-0.20920.4298-0.10140.120.02330.04570.1249-0.00110.2209-4.0709-29.08759.6427
151.1832-0.59310.26311.2936-0.1430.30860.0320.05970.1924-0.23-0.0797-0.37-0.27480.02150.02580.2481-0.00380.03150.08620.0440.1709-21.7704-17.25056.9005
160.7946-0.31930.15682.11140.2851.43520.01080.0011-0.0435-0.1506-0.09720.2209-0.0655-0.25220.02220.17150.0748-0.02840.06980.0270.0448-39.6028-26.48885.2548
171.8358-0.72840.20621.7326-0.34380.53960.0010.01250.13-0.2188-0.0029-0.0874-0.2803-0.05380.01910.28830.0160.0290.07750.01290.1049-22.4941-23.06873.4519
183.28771.27610.07781.72980.53461.53590.00210.2669-0.0319-0.1731-0.07070.14530.0576-0.26380.07210.15940.0794-0.00720.0435-0.00220.1035-30.6463-45.2662-1.1316
196.3824-2.7233-0.73291.18620.32990.17830.0823-0.5573-0.03820.3514-0.05080.2607-0.12990.0334-0.06710.2282-0.05810.02280.1132-0.00780.1862-29.7449-49.42557.3232
203.469-0.3279-1.59541.87120.07412.265-0.15470.236-0.7381-0.0024-0.02150.27620.3921-0.22320.23670.22670.00530.00480.1216-0.07680.2143-31.482-56.49871.8163
212.9899-0.06571.85040.4363-0.29015.84210.07910.39220.1201-0.3229-0.0004-0.594-0.20250.4747-0.08080.3415-0.01380.16810.162-0.06340.4836-0.9385-15.451112.3998
221.2755-0.5431-0.7761.35710.68621.5605-0.0175-0.13310.12960.30080.0498-0.14660.0780.0597-0.02820.18680.0004-0.01860.08970.00340.0786-20.018-24.498633.3687
230.6126-0.3309-0.44821.4801-0.01931.0756-0.0301-0.29070.36620.3570.1234-0.31970.1120.1751-0.07250.15570.0416-0.09230.1497-0.06430.2335-8.9406-29.270831.4149
241.1757-0.1606-0.53560.97970.19841.13380.2102-0.05550.5430.01760.1423-0.6709-0.34670.35140.07780.2106-0.14150.07120.2355-0.18060.6437-0.2548-5.370431.368
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 37:119)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 120:239)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 240:303)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 304:341)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 342:459)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 34:106)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 107:157)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 158:196)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 197:311)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 312:341)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESSEQ 342:431)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESSEQ 432:459)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND (RESSEQ 5:61)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND (RESSEQ 62:101)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND (RESSEQ 102:141)
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN C AND (RESSEQ 142:246)
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN C AND (RESSEQ 247:327)
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN C AND (RESSEQ 328:407)
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN C AND (RESSEQ 408:427)
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN C AND (RESSEQ 428:458)
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN D AND (RESSEQ 5:61)
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN D AND (RESSEQ 62:286)
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN D AND (RESSEQ 287:367)
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN D AND (RESSEQ 368:458)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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