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万見
- PDB-4a60: Crystal structure of human testis-specific fatty acid binding pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a60
タイトルCrystal structure of human testis-specific fatty acid binding protein 9 (FABP9)
要素FATTY ACID-BINDING PROTEIN 9 TESTIS LIPID-BINDING PROTEIN, TLBP, TESTIS-TYPE FATTY ACID-BINDING PROTEIN, T-FABP
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / long-chain fatty acid transport / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid-binding protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Muniz, J.R.C. / Kiyani, W. / Shrestha, L. / Froese, D.S. / Krojer, T. / Vollmar, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. ...Muniz, J.R.C. / Kiyani, W. / Shrestha, L. / Froese, D.S. / Krojer, T. / Vollmar, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / von Delft, F. / Yue, W.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of the Human Fabp9A
著者: Muniz, J.R.C. / Kiyani, W. / Shrestha, L. / Froese, D.S. / Krojer, T. / Vollmar, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / von Delft, F. / Yue, W.W.
履歴
登録2011年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FATTY ACID-BINDING PROTEIN 9 TESTIS LIPID-BINDING PROTEIN, TLBP, TESTIS-TYPE FATTY ACID-BINDING PROTEIN, T-FABP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8815
ポリマ－17,6721
非ポリマー2094
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.486, 75.486, 113.298
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2010-

HOH

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要素

#1: タンパク質 FATTY ACID-BINDING PROTEIN 9 TESTIS LIPID-BINDING PROTEIN, TLBP, TESTIS-TYPE FATTY ACID-BINDING PROTEIN, T-FABP


分子量: 17672.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q0Z7S8
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.06 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→75.49 Å / Num. obs: 49689 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 26.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 1.53→1.61 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.53→30.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9678 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU R Cruickshank DPI: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.052 / SU Rfree Blow DPI: 0.052 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.048
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=NA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=1486. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=NA. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=1486. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=1.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1827 2517 5.07 %RANDOM
Rwork0.1686 ---
obs0.1693 49610 99.08 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4858 Å20 Å20 Å2
2---0.4858 Å20 Å2
3---0.9717 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.186 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→30.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1119 0 13 246 1378
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011275HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.121738HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d668SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes37HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes199HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1275HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.78
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion179SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1626SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.53→1.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 183 5.18 %
Rwork0.241 3350 -
all0.2424 3533 -
obs--99.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.15142.03742.28491.3506-0.2432.32790.02780.02610.0321-0.0086-0.03850.0229-0.0418-0.10440.0108-0.04420.0204-0.0085-0.0054-0.0176-0.04713.462223.6728-2.3424
22.0293-0.26-0.07131.75080.79322.60220.0257-0.045-0.28830.13630.05110.18540.1841-0.2005-0.07680.0007-0.0417-0.03820.01920.03240.0332-5.244413.0049-9.922
33.4806-1.5478-0.60890.16261.36883.4446-0.1291-0.4503-0.0370.0029-0.03950.0939-0.096-0.36380.1685-0.0451-0.004-0.0020.0942-0.0158-0.026-16.611324.0474-14.7997
43.2450.55711.63510.23180.06131.0759-0.01370.0237-0.04790.02330.0213-0.0637-0.02760.1153-0.0077-0.0477-0.0129-0.0146-0.001-0.0122-0.0305-2.78419.9944-18.1244
52.9871-1.10852.10220.9010.02462.6192-0.14820.09450.1167-0.04650.0123-0.0404-0.26260.1070.13590.0479-0.0414-0.04230.01760.01110.01580.116331.8842-17.8936
60.94980.281-1.2480.00971.12541.5117-0.0927-0.09920.16210.02090.02110.0818-0.12230.09150.07160.0309-0.0319-0.0737-0.042-0.0083-0.04160.481332.7729-10.2842
70.6179-0.08740.963700.54433.5656-0.021-0.12340.1459-0.051-0.04650.0714-0.228-0.15990.0675-0.00460.0016-0.0419-0.0167-0.0213-0.0624-2.953830.6341-8.3789
81.6169-1.1826-0.4942.22541.33190.70480.03-0.10530.06720.0173-0.16140.1509-0.3311-0.21980.1313-0.01040.0261-0.04570.0116-0.0243-0.0377-6.758128.84-8.2741
91.89750.4787-0.42070.58451.25152.38210.0307-0.3529-0.13150.2107-0.13020.02020.141-0.3420.0995-0.032-0.0315-0.00580.05550.0125-0.0239-6.907319.4402-4.5409
102.8107-1.6237-0.02630.8381-0.43542.53160.0965-0.32310.06730.2594-0.1113-0.0241-0.0561-0.45190.0148-0.0395-0.0126-0.03120.06910.00150.0379-9.813318.9628-7.832
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID -9:5
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 6:15
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 16:24
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESID 25:65
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND RESID 66:79
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND RESID 80:88
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND RESID 89:98
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND RESID 99:110
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND RESID 111:120
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND RESID 121:131

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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