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万見
- PDB-4a3u: X-structure of the old yellow enzyme homologue from zymomonas mob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a3u
タイトルX-structure of the old yellow enzyme homologue from zymomonas mobilis (NCR)
要素NADH\:FLAVIN OXIDOREDUCTASE/NADH OXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / : / NICOTINAMIDE / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種ZYMOMONAS MOBILIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hoeffken, H.W.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure Determination and Mutagenesis Analysis of the Ene Reductase Ncr.
著者: Reich, S. / Hoeffken, H.W. / Rosche, B. / Nestl, B.M. / Hauer, B.
履歴
登録2011年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月7日Group: Database references
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH\:FLAVIN OXIDOREDUCTASE/NADH OXIDASE
B: NADH\:FLAVIN OXIDOREDUCTASE/NADH OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,49313
ポリマ－79,0712
非ポリマー1,42211
水9,224512
1
A: NADH\:FLAVIN OXIDOREDUCTASE/NADH OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2356
ポリマ－39,5361
非ポリマー7005
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NADH\:FLAVIN OXIDOREDUCTASE/NADH OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2587
ポリマ－39,5361
非ポリマー7236
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.600, 90.500, 76.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NADH\:FLAVIN OXIDOREDUCTASE/NADH OXIDASE / NCR


分子量: 39535.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ZYMOMONAS MOBILIS (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5NLA1

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非ポリマー , 6種, 523分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE / ニコチンアミド


分子量: 122.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N2O / コメント: 薬剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.73 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: THE CRYSTALS OF NCR WERE GROWN BY THE SITTING DROP METHOD IN A BUFFER CONTAINING 15% PEG 8000, 0.1 M NA CACODYLATE, AND 0.2 M CA ACETATE, AT PH 6.5. 0.4 MICRO L DIOXAN (30%) AND 0.4 MICRO L ...詳細: THE CRYSTALS OF NCR WERE GROWN BY THE SITTING DROP METHOD IN A BUFFER CONTAINING 15% PEG 8000, 0.1 M NA CACODYLATE, AND 0.2 M CA ACETATE, AT PH 6.5. 0.4 MICRO L DIOXAN (30%) AND 0.4 MICRO L ISOPROPANOL WERE ADDED TO THE MICRO L CRYSTALLIZATION DROPS.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→43.1 Å / Num. obs: 64934 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 6.59
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 49.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GQA

2gqa


解像度: 1.7→43.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.853 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.77 / SU B: 3.603 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30275 3242 5 %RANDOM
Rwork0.23892 ---
obs0.24205 61700 86.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.744 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å20.07 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5537 0 93 512 6142
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.025780
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023953
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9451.9747867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.10539575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4965710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.74123.282262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.66715901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9971546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2839
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0216473
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 129 -
Rwork0.249 2205 -
obs--42.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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