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- PDB-4a2y: STRUCTURE OF THE HUMAN EOSINOPHIL CATIONIC PROTEIN IN COMPLEX WIT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a2y
タイトルSTRUCTURE OF THE HUMAN EOSINOPHIL CATIONIC PROTEIN IN COMPLEX WITH CITRATE ANIONS
要素EOSINOPHIL CATIONIC PROTEIN
キーワードHYDROLASE / OXIDOREDUCTASE / ANTIMICROBIAL / CYTOTOXIC
機能・相同性
機能・相同性情報


induction of bacterial agglutination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / Antimicrobial peptides / RNA nuclease activity / innate immune response in mucosa / lipopolysaccharide binding / chemotaxis / azurophil granule lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide ...induction of bacterial agglutination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / Antimicrobial peptides / RNA nuclease activity / innate immune response in mucosa / lipopolysaccharide binding / chemotaxis / azurophil granule lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / endonuclease activity / defense response to Gram-negative bacterium / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Eosinophil cationic protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Boix, E. / Pulido, D. / Moussaoui, M. / Nogues, V. / Russi, S.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: The Sulfate-Binding Site Structure of the Human Eosinophil Cationic Protein as Revealed by a New Crystal Form.
著者: Boix, E. / Pulido, D. / Moussaoui, M. / Nogues, V. / Russi, S.
履歴
登録2011年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EOSINOPHIL CATIONIC PROTEIN
B: EOSINOPHIL CATIONIC PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2778
ポリマ－31,1982
非ポリマー1,0796
水5,585310
1
A: EOSINOPHIL CATIONIC PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1014
ポリマ－15,5991
非ポリマー5023
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: EOSINOPHIL CATIONIC PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1754
ポリマ－15,5991
非ポリマー5763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.511, 62.511, 174.857
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 EOSINOPHIL CATIONIC PROTEIN / ECP / RIBONUCLEASE 3 / RNASE 3


分子量: 15598.876 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: EOSINOPHIL / プラスミド: PET11C/ECP / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P12724, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RECOMBINANT PROTEIN EXPRESSED USING A SYNTHETIC GENE (BOIX ET AL. J.BIOL.CHEM. 274, 15605) BASED ON ...RECOMBINANT PROTEIN EXPRESSED USING A SYNTHETIC GENE (BOIX ET AL. J.BIOL.CHEM. 274, 15605) BASED ON THE NP_002926 NATURAL VARIANT (THR97ARG)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.2
詳細: 0.1 M NA CITRATE, PH 5.2, 6% JEFFAMINE M-600, 10 MM KH2PO4/K2HPO4, PH 7, 10 MM FECL3.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8123
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8123 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→62.5 Å / Num. obs: 36817 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0110精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DYT

1dyt


解像度: 1.7→62.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.503 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21964 1944 5 %RANDOM
Rwork0.19141 ---
obs0.19283 36817 98.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.504 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å20 Å20 Å2
2--0.44 Å20 Å2
3----0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→62.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2158 0 73 310 2541
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0212306
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.281.9523156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3745266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.86122.167120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.40215341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0331532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1620.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0221846
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1371.51353
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.84622224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4513953
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0624.5931
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 147 -
Rwork0.274 2605 -
obs--97.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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